R: TUKEY после одностороннего ANOVA

Question

Я провел односторонний ANOVA в R, но продолжаю получать сообщения об ошибках, когда я пытаюсь сделать Tukey post-hoc, чтобы увидеть, какие обработки отличаются друг от друга. (Я бы хотел, чтобы результаты оценивались (a, ab, b, bcd... и т. Д.)

Детали ДАННЫХ:

data = "abh2"

х = 6 процедур: "лечение"

y = показания влажности "влажный" (n=63 на обработку, всего =378)

Я запустил одностороннюю ANOVA:

anov <- anova(lm(moist~treatment, data=abh2))

. # РЕЗУЛЬТАТЫ указывают на то, что я могу перейти в специальное состояние (р<0,05):

Analysis of Variance Table

Response: moist
           Df Sum Sq Mean Sq F value    Pr(>F)    
treatment   5 1706.3  341.27  25.911 < 2.2e-16 ***

Я выбрал Tukey HSD и попытался запустить его двумя способами, но получил сообщения об ошибках для обоих:

Встроенная функция R:

TukeyHSD(anov)
# ERROR : no applicable method for 'TukeyHSD' applied to an object of class "c('anova', 'data.frame')"

Агрикола пакет:

    HSD.test(anov, "treatment", group=TRUE, console=TRUE)
    # ERROR : Error in HSD.test(anov, "treatment", group = TRUE, console = TRUE) :
argument "MSerror" is missing, with no default

Я обнаружил, что MSerror был

1) "# Старая версия HSD.test()" (но я только что обновил пакет Agricolae)

2) MSerror<-deviance (модель) / df

Итак, я попробовал:

HSD.test(anov, "treatment", MSerror=deviance(moist)/5, group=TRUE, console=TRUE)
 *but still* # ERROR: $ operator is invalid for atomic vectors

Может ли кто-нибудь помочь мне продвинуться отсюда? Это кажется довольно простой проблемой, но я потратил на это часы!

Большое спасибо:)

Answer 1

Спасибо за обратную связь с Энни-Клод, я понял, что R не распознает данные должным образом.

Я решил проблему с помощью этого кода, хотя:

library(agricolae)

model<-aov(moist~treatment, data=abh2)

out <- HSD.test(model,"treatment", group=TRUE,console=TRUE)

Похоже, что команда ANOVA, которую я первоначально использовал (из базового пакета R), просто не была понята тестом Тьюки, который я пытался выполнить впоследствии (с пакетом Agricolae).

Возьмите с собой сообщение для дома: попробуйте провести соответствующую серию анализов в одном пакете!

ps Для получения значений p:

summary(model)

они могут быть преобразованы в фрейм данных следующим образом:

as.data.frame (сводка (модель)[[1]])

Answer 2

Попробуйте указать ваше лечение как фактор с помощью следующего кода:

abh2$treatment <- factor(abh2$treatment)