F2py ошибка преобразования символа (*) в сегментации

Question

Я пытаюсь использовать числовую модель Fortran90 с Python 3.5, используя f2py.

f2py -c module.f90 -m mod --fcompiler=gfortran

Модель представляет собой модуль Fortran, который содержит переменные, функции и подпрограммы. Я публикую здесь пример кода, который имеет все возможности численной модели

module modul

implicit none
integer :: inte
real :: re
integer, dimension(3) :: array
CHARACTER(*), PARAMETER :: chara = "helloWorld"

contains
    integer function fun()
        fun = array(1) + array(2) + array(3)
    end function

    subroutine subrout(a,b)
        real, intent(out) :: b
        integer, intent(out) :: a
        a = inte + fun()
        b = re
        write(*,*) chara
    end subroutine subrout

end module modul

Преобразование кода с помощью f2py работает правильно, но когда я импортирую модуль в Python, я получаю ошибку ошибки сегментации

>>> import mod
Segmentation fault (core dumped)

Я понял, что проблема зависит от неопределенного размера массива символов

CHARACTER(*), PARAMETER :: chara = "helloWorld"

так как, если я удаляю эту строку кода или назначаю фиксированное измерение массиву (например, CHARACTER(20)), модуль работает правильно в Python.

1. Есть ли способ заставить его работать без изменения кода на Фортране (модель длинная и сложная и, по возможности, я не хочу над ней работать)?

Массивы символов используются для определения строк в коде (например, сообщений об ошибках) и для обработки ввода / вывода из файлов. Одним из способов решения проблемы (если нет ответа на вопрос 1) может быть определение фиксированного максимального размера для всех строк символов (т. Е. INTEGER, PARAMETER:: lenChar = 100), а затем использовать

CHARACTER(lenChar), PARAMETER :: chara

вместо предыдущей декларации. В этом случае модуль успешно импортируется в Python, но когда я пытаюсь изменить содержимое массива, он требует ввода lenChar long (такая же проблема возникает с другими типами массива, такими как INTEGER или REAL, и не зависит от атрибута PARAMETER)

mod.modul.chara = "hello"
0-th dimension must be fixed to 100 but got 5
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
SystemError: error return without exception set

Это операция, которую модель должна обработать, поскольку "chara" может быть путем к данным, и ее нужно инициализировать во время выполнения.

2. Если нет ответа на вопрос (1), и мне нужно действовать таким образом, как я могу присвоить массиву вход, длина которого меньше длины массива?

System information:
OS: Ubuntu 16.04
Python 3.5.2
f2py Version:     2
numpy Version: 1.12.1
GNU Fortran (Ubuntu 5.4.0-6ubuntu1~16.04.4) 5.4.0 20160609

Answer 1

Отвечая на вопрос 2:

Строки в фортране обрабатываются как массив символов в f2py. Так что в вашем случае mod.modul.chara это массив 100 символы (в зависимости от длины, указанной в фортране). Накормить что-то вроде 'hello' в ручку вы можете сделать следующее:

for i,j in enumerate('hello'):
    mod.modul.chara[i]=j

Это должно позволить вам передать строку.

Answer 2

Вы, кажется, путаете строки переменной длины (что бы это ни было, что-то подобное в Fortran 2003), строковые константы и фиктивный аргумент, которые принимают длину передаваемого вами. Вероятно, вы хотите:

subroutine sub(ch)
  character(*), intent(in) :: ch

  print *, ch
end

Это нечто совершенно отличное от вашего примера. Здесь аргумент ch примет любую длину строки, которую вы передаете туда.

---

Проблема в предполагаемой длине символьной константы. Этого достаточно, чтобы вызвать ошибку

module m
  CHARACTER(*), PARAMETER :: chara = "helloWorld"
end module m

Это НЕ символьный массив, это скалярная строка символов предполагаемой длины.

Это в точности эквивалентно

module m
  CHARACTER(10), PARAMETER :: chara = "helloWorld"
end module m

Единственное отличие состоит в том, что компилятор получает длину автоматически в первом случае, если вам лень рассчитывать длину вручную (или вы время от времени меняете ее).

Последняя версия корректно работает в f2py:

f2py -c -m f2pychar f2pychar.f90 

ipython

In [1]: import f2pychar 

In [2]: print f2pychar.modul.chara
['h' 'e' 'l' 'l' 'o' 'W' 'o' 'r' 'l' 'd']

F2py должен это понимать, но, похоже, это не так. Это серьезная ошибка в f2py. Просто введите длину вручную, как в последнем примере выше. Нет никакой разницы, код euivalent.

---

На ваш номер (2). Это НЕ массив (в Фортране). Правила для массивов здесь не применяются. Но что более важно, это константа, вы ничего не можете ей присвоить, поэтому я не совсем понимаю, что вы имеете в виду. Если у вас есть символьная переменная, вы можете без проблем назначить более короткую строку:

character(10) :: ch = "abcd"