Пользователи Expert R, что в вашем.Rprofile?
Я всегда находил файлы профиля запуска других людей полезными и поучительными в отношении языка. Более того, хотя у меня есть некоторые настройки для Bash и Vim, у меня нет ничего для R.
Например, одна вещь, которую я всегда хотел, это разные цвета для ввода и вывода текста в оконном терминале и, возможно, даже подсветка синтаксиса.
24 ответа
Вот мой. Это не поможет вам с окраской, но я понял это из ESS и Emacs...
options("width"=160) # wide display with multiple monitors
options("digits.secs"=3) # show sub-second time stamps
r <- getOption("repos") # hard code the US repo for CRAN
r["CRAN"] <- "http://cran.us.r-project.org"
options(repos = r)
rm(r)
## put something this is your .Rprofile to customize the defaults
setHook(packageEvent("grDevices", "onLoad"),
function(...) grDevices::X11.options(width=8, height=8,
xpos=0, pointsize=10,
#type="nbcairo")) # Cairo device
#type="cairo")) # other Cairo dev
type="xlib")) # old default
## from the AER book by Zeileis and Kleiber
options(prompt="R> ", digits=4, show.signif.stars=FALSE)
options("pdfviewer"="okular") # on Linux, use okular as the pdf viewer
Я ненавижу каждый раз вводить полные слова "голова", "сводка", "имена", поэтому я использую псевдонимы.
Вы можете поместить псевдонимы в ваш файл.Rprofile, но вы должны использовать полный путь к функции (например, utils::head), иначе она не будет работать.
# aliases
s <- base::summary
h <- utils::head
n <- base::names
РЕДАКТИРОВАТЬ: чтобы ответить на ваш вопрос, вы можете использовать пакет colorout, чтобы иметь разные цвета в терминале. Здорово!:-)
options(stringsAsFactors=FALSE)
Хотя на самом деле этого нет в моем.Rprofile, потому что это может нарушить код моих соавторов, я бы хотел, чтобы это было по умолчанию. Зачем?
1) Векторы персонажей используют меньше памяти (но только);
2) Что еще более важно, мы бы избежали таких проблем, как:
> x <- factor(c("a","b","c"))
> x
[1] a b c
Levels: a b c
> x <- c(x, "d")
> x
[1] "1" "2" "3" "d"
а также
> x <- factor(c("a","b","c"))
> x[1:2] <- c("c", "d")
Warning message:
In `[<-.factor`(`*tmp*`, 1:2, value = c("c", "d")) :
invalid factor level, NAs generated
Факторы хороши, когда они вам нужны (например, реализуют упорядочение в графиках), но большую часть времени создают неудобства.
Мне нравится сохранять историю команд R и получать ее каждый раз, когда я запускаю R:
В оболочке или.bashrc:
export R_HISTFILE=~/.Rhistory
в.Rprofile:
.Last <- function() {
if (!any(commandArgs()=='--no-readline') && interactive()){
require(utils)
try(savehistory(Sys.getenv("R_HISTFILE")))
}
}
Вот мой. Я всегда использую основной репозиторий Cran, и у меня есть код, чтобы облегчить получение исходного кода пакета в разработке.
.First <- function() {
library(graphics)
options("repos" = c(CRAN = "http://cran.r-project.org/"))
options("device" = "quartz")
}
packages <- list(
"describedisplay" = "~/ggobi/describedisplay",
"linval" = "~/ggobi/linval",
"ggplot2" = "~/documents/ggplot/ggplot",
"qtpaint" = "~/documents/cranvas/qtpaint",
"tourr" = "~/documents/tour/tourr",
"tourrgui" = "~/documents/tour/tourr-gui",
"prodplot" = "~/documents/categorical-grammar"
)
l <- function(pkg) {
pkg <- tolower(deparse(substitute(pkg)))
if (is.null(packages[[pkg]])) {
path <- file.path("~/documents", pkg, pkg)
} else {
path <- packages[pkg]
}
source(file.path(path, "load.r"))
}
test <- function(path) {
path <- deparse(substitute(path))
source(file.path("~/documents", path, path, "test.r"))
}
Вот две функции, которые я считаю удобными для работы с окнами.
Первый преобразует \с /,
.repath <- function() {
cat('Paste windows file path and hit RETURN twice')
x <- scan(what = "")
xa <- gsub('\\\\', '/', x)
writeClipboard(paste(xa, collapse=" "))
cat('Here\'s your de-windowsified path. (It\'s also on the clipboard.)\n', xa, '\n')
}
Второй открывает рабочий каталог в новом окне проводника.
getw <- function() {
suppressWarnings(shell(paste("explorer", gsub('/', '\\\\', getwd()))))
}
У меня есть этот, более динамичный трюк для использования полной ширины терминала, который пытается прочитать из переменной среды COLUMNS (в Linux):
tryCatch(
{options(
width = as.integer(Sys.getenv("COLUMNS")))},
error = function(err) {
write("Can't get your terminal width. Put ``export COLUMNS'' in your \
.bashrc. Or something. Setting width to 120 chars",
stderr());
options(width=120)}
)
Таким образом, R будет использовать всю ширину, даже если вы измените размер окна терминала.
Вот из моего ~ /.Rprofile, предназначенного для Mac и Linux.
Это делает ошибки легче увидеть.
options(showWarnCalls=T, showErrorCalls=T)
Я ненавижу выбор меню CRAN, поэтому установите хороший.
options(repos=c("http://cran.cnr.Berkeley.edu","http://cran.stat.ucla.edu"))
Больше истории!
Sys.setenv(R_HISTSIZE='100000')
Следующее предназначено для запуска на Mac OSX из терминала (который я очень предпочитаю R.app, потому что он более стабилен, и вы можете организовать свою работу по каталогу; также убедитесь, что вы получили хороший ~ /.inputrc). По умолчанию вы получаете дисплей X11, который выглядит не так хорошо; это вместо этого дает кварцевый дисплей, такой же, как графический интерфейс. if Заявление должно поймать случай, когда вы запускаете R из терминала на Mac.
f = pipe("uname")
if (.Platform$GUI == "X11" && readLines(f)=="Darwin") {
# http://www.rforge.net/CarbonEL/
library("grDevices")
library("CarbonEL")
options(device='quartz')
Sys.unsetenv("DISPLAY")
}
close(f); rm(f)
И предварительно загрузить несколько библиотек,
library(plyr)
library(stringr)
library(RColorBrewer)
if (file.exists("~/util.r")) {
source("~/util.r")
}
где util.r - это случайный пакет с вещами, которые я использую в потоке.
Кроме того, поскольку другие люди упоминали ширину консоли, вот как я это делаю.
if ( (numcol <-Sys.getenv("COLUMNS")) != "") {
numcol = as.integer(numcol)
options(width= numcol - 1)
} else if (system("stty -a &>/dev/null") == 0) {
# mac specific? probably bad in the R GUI too.
numcol = as.integer(sub(".* ([0-9]+) column.*", "\\1", system("stty -a", intern=T)[1]))
if (numcol > 0)
options(width= numcol - 1 )
}
rm(numcol)
Это на самом деле не в .Rprofile потому что вы должны перезапускать его каждый раз, когда вы изменяете размер окна терминала. У меня есть это в util.r тогда я просто отправляю это по мере необходимости.
Большинство моих личных функций и загруженных библиотек находятся в скрипте Rfunctions.r
source("c:\\data\\rprojects\\functions\\Rfunctions.r")
.First <- function(){
cat("\n Rrrr! The statistics program for Pirates !\n\n")
}
.Last <- function(){
cat("\n Rrrr! Avast Ye, YO HO!\n\n")
}
#===============================================================
# Tinn-R: necessary packages
#===============================================================
library(utils)
necessary = c('svIDE', 'svIO', 'svSocket', 'R2HTML')
if(!all(necessary %in% installed.packages()[, 'Package']))
install.packages(c('SciViews', 'R2HTML'), dep = T)
options(IDE = 'C:/Tinn-R/bin/Tinn-R.exe')
options(use.DDE = T)
library(svIDE)
library(svIO)
library(svSocket)
library(R2HTML)
guiDDEInstall()
shell(paste("mkdir C:\\data\\rplots\\plottemp", gsub('-','',Sys.Date()), sep=""))
pldir <- paste("C:\\data\\rplots\\plottemp", gsub('-','',Sys.Date()), sep="")
plot.str <-c('savePlot(paste(pldir,script,"\\BeachSurveyFreq.pdf",sep=""),type="pdf")')
Вот мой:
.First <- function () {
options(device="quartz")
}
.Last <- function () {
if (!any(commandArgs() == '--no-readline') && interactive()) {
require(utils)
try(savehistory(Sys.getenv("R_HISTFILE")))
}
}
# Slightly more flexible than as.Date
# my.as.Date("2009-01-01") == my.as.Date(2009, 1, 1) == as.Date("2009-01-01")
my.as.Date <- function (a, b=NULL, c=NULL, ...) {
if (class(a) != "character")
return (as.Date(sprintf("%d-%02d-%02d", a, b, c)))
else
return (as.Date(a))
}
# Some useful aliases
cd <- setwd
pwd <- getwd
lss <- dir
asd <- my.as.Date # examples: asd("2009-01-01") == asd(2009, 1, 1) == as.Date("2009-01-01")
last <- function (x, n=1, ...) tail(x, n=n, ...)
# Set proxy for all web requests
Sys.setenv(http_proxy="http://192.168.0.200:80/")
# Search RPATH for file <fn>. If found, return full path to it
search.path <- function(fn,
paths = strsplit(chartr("\\", "/", Sys.getenv("RPATH")), split =
switch(.Platform$OS.type, windows = ";", ":"))[[1]]) {
for(d in paths)
if (file.exists(f <- file.path(d, fn)))
return(f)
return(NULL)
}
# If loading in an environment that doesn't respect my RPATH environment
# variable, set it here
if (Sys.getenv("RPATH") == "") {
Sys.setenv(RPATH=file.path(path.expand("~"), "Library", "R", "source"))
}
# Load commonly used functions
if (interactive())
source(search.path("afazio.r"))
# If no R_HISTFILE environment variable, set default
if (Sys.getenv("R_HISTFILE") == "") {
Sys.setenv(R_HISTFILE=file.path("~", ".Rhistory"))
}
# Override q() to not save by default.
# Same as saying q("no")
q <- function (save="no", ...) {
quit(save=save, ...)
}
# ---------- My Environments ----------
#
# Rather than starting R from within different directories, I prefer to
# switch my "environment" easily with these functions. An "environment" is
# simply a directory that contains analysis of a particular topic.
# Example usage:
# > load.env("markets") # Load US equity markets analysis environment
# > # ... edit some .r files in my environment
# > reload() # Re-source .r/.R files in my environment
#
# On next startup of R, I will automatically be placed into the last
# environment I entered
# My current environment
.curr.env = NULL
# File contains name of the last environment I entered
.last.env.file = file.path(path.expand("~"), ".Rlastenv")
# Parent directory where all of my "environment"s are contained
.parent.env.dir = file.path(path.expand("~"), "Analysis")
# Create parent directory if it doesn't already exist
if (!file.exists(.parent.env.dir))
dir.create(.parent.env.dir)
load.env <- function (string, save=TRUE) {
# Load all .r/.R files in <.parent.env.dir>/<string>/
cd(file.path(.parent.env.dir, string))
for (file in lss()) {
if (substr(file, nchar(file)-1, nchar(file)+1) %in% c(".r", ".R"))
source(file)
}
.curr.env <<- string
# Save current environment name to file
if (save == TRUE) writeLines(.curr.env, .last.env.file)
# Let user know environment switch was successful
print (paste(" -- in ", string, " environment -- "))
}
# "reload" current environment.
reload <- resource <- function () {
if (!is.null(.curr.env))
load.env(.curr.env, save=FALSE)
else
print (" -- not in environment -- ")
}
# On startup, go straight to the environment I was last working in
if (interactive() && file.exists(.last.env.file)) {
load.env(readLines(.last.env.file))
}
Сделайте так, чтобы data.frames отображались как "head", только без необходимости вводить "head"
print.data.frame <- function(df) {
if (nrow(df) > 10) {
base::print.data.frame(head(df, 5))
cat("----\n")
base::print.data.frame(tail(df, 5))
} else {
base::print.data.frame(df)
}
}
(Из Как сделать так, чтобы "голова" автоматически применялась к выводу?)
sink(file = 'R.log', split=T)
options(scipen=5)
.ls.objects <- function (pos = 1, pattern, order.by = "Size", decreasing=TRUE, head = TRUE, n = 10) {
# based on postings by Petr Pikal and David Hinds to the r-help list in 2004
# modified by: Dirk Eddelbuettel (http://stackru.com/questions/1358003/tricks-to- manage-the-available-memory-in-an-r-session)
# I then gave it a few tweaks (show size as megabytes and use defaults that I like)
# a data frame of the objects and their associated storage needs.
napply <- function(names, fn) sapply(names, function(x)
fn(get(x, pos = pos)))
names <- ls(pos = pos, pattern = pattern)
obj.class <- napply(names, function(x) as.character(class(x))[1])
obj.mode <- napply(names, mode)
obj.type <- ifelse(is.na(obj.class), obj.mode, obj.class)
obj.size <- napply(names, object.size) / 10^6 # megabytes
obj.dim <- t(napply(names, function(x)
as.numeric(dim(x))[1:2]))
vec <- is.na(obj.dim)[, 1] & (obj.type != "function")
obj.dim[vec, 1] <- napply(names, length)[vec]
out <- data.frame(obj.type, obj.size, obj.dim)
names(out) <- c("Type", "Size", "Rows", "Columns")
out <- out[order(out[[order.by]], decreasing=decreasing), ]
if (head)
out <- head(out, n)
out
}
У меня часто есть цепочка отладочных вызовов, которые мне нужны, и раскомментирование их может быть очень утомительным. С помощью сообщества SO я выбрал следующее решение и вставил его в свой .Rprofile.site, # BROWSER там для моих задач Eclipse, так что у меня есть обзор вызовов браузера в окне просмотра задач.
# turn debugging on or off
# place "browser(expr = isTRUE(getOption("debug"))) # BROWSER" in your function
# and turn debugging on or off by bugon() or bugoff()
bugon <- function() options("debug" = TRUE)
bugoff <- function() options("debug" = FALSE) #pun intended
Мой не слишком причудливый
# So the mac gui can find latex
Sys.setenv("PATH" = paste(Sys.getenv("PATH"),"/usr/texbin",sep=":"))
#Use last(x) instead of x[length(x)], works on matrices too
last <- function(x) { tail(x, n = 1) }
#For tikzDevice caching
options( tikzMetricsDictionary='/Users/cameron/.tikzMetricsDictionary' )
Пост Стивена Тернера на.Rprofiles содержит несколько полезных псевдонимов и начальных функций.
Я часто использую его ht и hh.
#ht==headtail, i.e., show the first and last 10 items of an object
ht <- function(d) rbind(head(d,10),tail(d,10))
# Show the first 5 rows and first 5 columns of a data frame or matrix
hh <- function(d) d[1:5,1:5]
setwd("C://path//to//my//prefered//working//directory")
library("ggplot2")
library("RMySQL")
library("foreign")
answer <- readline("What database would you like to connect to? ")
con <- dbConnect(MySQL(),user="root",password="mypass", dbname=answer)
Я много работаю с базами данных mysql, поэтому подключение - это просто находка. Мне только жаль, что не было способа перечислить доступные базы данных, чтобы мне не пришлось запоминать все разные имена.
Вот небольшой фрагмент для экспорта таблиц в LaTeX. Он изменяет все имена столбцов на математический режим для многих отчетов, которые я пишу. Остальная часть моего.Rprofile довольно стандартна и в основном описана выше.
# Puts $dollar signs in front and behind all column names col_{sub} -> $col_{sub}$
amscols<-function(x){
colnames(x) <- paste("$", colnames(x), "$", sep = "")
x
}
Я использую следующее, чтобы cacheSweave (или pgfSweave) работал с кнопкой "Компилировать PDF" в RStudio:
library(cacheSweave)
assignInNamespace("RweaveLatex", cacheSweave::cacheSweaveDriver, "utils")
Вот мой. Ничего особенного. Мысли о том, почему конкретный выбор:
- Я пошел с установкой по умолчанию для
stringsAsFactorsпотому что я нахожу чрезвычайно утомительным передавать его в качестве аргумента каждый раз, когда я читаю CSV. Тем не менее, это уже вызвало у меня небольшое раздражение при использовании кода, написанного на моем обычном компьютере, на компьютере, на котором не было моего.Rprofile. Я сохраняю это, тем не менее, поскольку проблемы, которые это вызвало, бледнеют по сравнению с проблемами, не заставляющими это каждый день вызывать. - Если вы не загружаете
utilsпакет доoptions(error=recover), он не может найти восстановление при помещении внутрьinteractive()блок. - я использовал
.dbдля моей настройки Dropbox, а неoptions(dropbox=...)потому что я использую это все время внутриfile.pathи это экономит много печатать. Ведущий.удерживает его от появленияls(),
Без дальнейших церемоний:
if(interactive()) {
options(stringsAsFactors=FALSE)
options(max.print=50)
options(repos="http://cran.mirrors.hoobly.com")
}
.db <- "~/Dropbox"
# `=` <- function(...) stop("Assignment by = disabled, use <- instead")
options(BingMapsKey="blahblahblah") # Used by taRifx.geo::geocode()
.First <- function() {
if(interactive()) {
require(functional)
require(taRifx)
require(taRifx.geo)
require(ggplot2)
require(foreign)
require(R.utils)
require(stringr)
require(reshape2)
require(devtools)
require(codetools)
require(testthat)
require(utils)
options(error=recover)
}
}
Вот мое, в том числе некоторые из упомянутых идей.
Вы можете захотеть взглянуть на две вещи:
- .set.width () / w () обновит ширину печати до размера терминала. К сожалению, я не нашел способа сделать это автоматически при изменении размера терминала - в документации R упоминается, что это делают некоторые интерпретаторы R.
- история сохраняется каждый раз вместе с отметкой времени и рабочим каталогом
,
.set.width <- function() {
cols <- as.integer(Sys.getenv("COLUMNS"))
if (is.na(cols) || cols > 10000 || cols < 10)
options(width=100)
options(width=cols)
}
.First <- function() {
options(digits.secs=3) # show sub-second time stamps
options(max.print=1000) # do not print more than 1000 lines
options("report" = c(CRAN="http://cran.at.r-project.org"))
options(prompt="R> ", digits=4, show.signif.stars=FALSE)
}
# aliases
w <- .set.width
.Last <- function() {
if (!any(commandArgs()=='--no-readline') && interactive()){
timestamp(,prefix=paste("##------ [",getwd(),"] ",sep=""))
try(savehistory("~/.Rhistory"))
}
}
Шахта включает options(menu.graphics=FALSE) потому что мне нравится отключать / подавлять всплывающее окно tcltk для выбора зеркала CRAN в R.
Я установил свою цветовую тему в своем профиле. Вот два других твика, которые я использую:
# Display working directory in the titlebar
# Note: This causes demo(graphics) to fail
utils::setWindowTitle(base::getwd())
utils::assignInNamespace("setwd",function(dir) {.Internal(setwd(dir));setWindowTitle(base::getwd())},"base")
# Don't print more than 1000 lines
options(max.print=2000)
Я нашел две функции действительно необходимыми: во-первых, когда я установил debug() на несколько функций, и я исправил ошибку, поэтому я хочу undebug() все функции - не по одной. undebug_all() Функция добавлена в качестве принятого ответа, здесь самая лучшая.
Во-вторых, когда я определил много функций и ищу конкретное имя переменной, его трудно найти во всех результатах ls(), включая имена функций. lsnofun() Функция, размещенная здесь, действительно хороша.
У меня есть переменная окружения R_USER_WORKSPACE, которая указывает на верхний каталог моих пакетов. В.Rprofile я определяю функцию devlib, которая устанавливает рабочий каталог (чтобы data() работал) и искал все файлы.R в подкаталоге R. Это очень похоже на функцию l() Хэдли выше.
devlib <- function(pkg) {
setwd(file.path(Sys.getenv("R_USER_WORKSPACE", "."), deparse(substitute(pkg)), "dev"))
sapply(list.files("R", pattern=".r$", ignore.case=TRUE, full.names=TRUE), source)
invisible(NULL)
}
.First <- function() {
setwd(Sys.getenv("R_USER_WORKSPACE", "."))
options("repos" = c(CRAN = "http://mirrors.softliste.de/cran/", CRANextra="http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin"))
}
.Last <- function() update.packages(ask="graphics")