Похоже, что в вашей системе нет инсталляторов, работающих на вашей системе - letsencypt
$ ./certbot-auto
/home/gautam/.local/share/letsencrypt/bin/letsencrypt
No installers seem to be present and working on your system; fix that or try running certbot with the "certonly" command
при использовании опции "certonly":
$ ./certbot-auto --apache certonly
Requesting root privileges to run certbot...
/home/gautam/.local/share/letsencrypt/bin/letsencrypt --apache certonly
The apache plugin is not working; there may be problems with your existing configuration.
The error was: NoInstallationError()
Я не могу узнать, на какой установщик он ссылается?