dyld: ленивая привязка символов не удалась: символ не найден: _Perl_xs_handshake: IO.bundle
Я сделал простой скрипт bioperl, используя следующие библиотеки
use warnings;
use strict;
use Bio::SeqIO;
use File::Basename;
use Getopt::Std;
Раньше он работал, но так как некоторые обновления Perl не удается с:
dyld: ленивая привязка символов не удалась: символ не найден: _Perl_xs_handshake Ссылка от: /opt/local/lib/perl5/site_perl/5.26/darwin-thread-multi-2level/auto/IO/IO.bundle Ожидается в: плоском пространстве имен
dyld: символ не найден: _Perl_xs_handshake Ссылка на: /opt/local/lib/perl5/site_perl/5.26/darwin-thread-multi-2level/auto/IO/IO.bundle Ожидается в: плоском пространстве имен
Я использую macport и иногда cpan (возможно, не очень хорошая идея!!) для поддержки моего ноутбука OSX (10.13.5)
Мой perl -V дает:
Сводка моей конфигурации perl5 (версия 5, версия 26, subversion 2):
Платформа: osname=darwin osvers=17.6.0 archname=darwin-thread-multi-2level uname='darwin highsierra.internal.macports.net 17.6.0 версия ядра darwin 17.6.0: вторник, 8 мая 15:22:16 pdt 2018; root:xnu-4570.61.1~1release_x86_64 x86_64 ' config_args='-des -Dprefix=/opt/local -Dscriptdir=/opt/local/bin -Dvendorprefix=/opt/local -Dusemultiplicity=y -Dusethreads -Duseshrplib -Dcc /usr/bin/clang -Dman1ext=13:00 -Dman3ext = 15:00 -Dinstallstyle=lib/perl5 -Dman1dir=/opt/local/share/man/man1p -Dman3dir=/opt/local/share/man/man3p -Dsitebin=/opt/local/libexec/perl5.26/sitebin -Dsiteman1dir=/opt/local/share/perl5.26/siteman/man1 -Dsiteman3dir=/opt/local/share/perl5.26/siteman/man3 -Dvendorbin=/opt/local/libexec/perl5.26 -Dvendorman1dir=/opt/local/share/perl5.26/man/man1 -Dvendorman3dir=/opt/local/share/perl5.26/man/man3 -Dpager=/usr/bin/less -sR -Dperlpath=/opt/local/bin/perl5.26 -Dstartperl=#!/opt/local/bin/perl5.26 -Acppflags=-I/opt/local/include -Accflags=-pipe -Os -Alddlflags=-L/opt/local/lib -Wl,-headerpad_max_install_names -Aldflags=-L/opt/local/lib -Wl,-headerpad_max_install_names 'подсказка = рекомендуется useposix=true d_sigaction= определить useithreads= определить usemultiplicity = определить usemultiplicity = определить use64 = определить use64bitall= определить uselongdouble=undef usemymalloc=n default_inc_exclude_dot = определить bincompat5005=undef Компилятор: cc='/usr/bin/clang' ccflags ='-fno-common -DPERL_DARWIN -mmacosx-version-min=10.13 -pipe -Os -fno-строго-псевдонимы -fstack-protector-strong -I/opt/local/include -DPERL_USE_SAFE_PUTENV' optimize='-O3' cppflags='-I/opt/local/include -fno-common -DPERL_DARWIN -mmacosx-version-min=10.13 -pipe -Os -fno-строго-псевдонимы -fstack-protector-strong -I/opt/local/include' ccversion='' gccversion='4.2.1 Совместимо с Apple LLVM 9.1.0 (clang-902.0.39.2)' gccosandvers='' intsize=4 longsize=8 ptrsize=8 doublesize=8 byteorder=12345678 doublekind=3 d_longlong= определить longlongsize=8 d_longdbl= определить longdblsize=16 longdblkind=3 ivtype='long' ivsize= n 'double' nvsize=8 Off_t='off_t' lseeksize=8 alignbytes=8 прототип = определить компоновщик и библиотеки: ld='/usr/bin/clang' ldflags =' -mmacosx-version-min=10,13 -L/opt/local/lib -Wl,-headerpad_max_install_names -fstack-protector-strong' libpth=/opt/local/lib /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/lib/clang/9.1.0/lib /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/lib /usr/lib libs=-lpthread -lgdbm -ldbm -ldl -lm -lutil -lc perllibs=-lpthread -ldl -lm -lutil -lc libc= so=dylib useshrplib=true libperl=libperl.dylib gnulibc_version='' Динамическое связывание: dlsrc=dl_dlopen.xs dlext=bundle d_dlsymun=undef ccdlflags=' ' cccdlflags=' ' lddlflags=' -mmacosx-version-min=10.13 -bundle -undefined динамический_pt / lookup -L -Wl, -headerpad_max_install_names -fstack-protector-strong '
Характеристики этого двоичного файла (из libperl): во время компиляции вариантов: HAS_TIMES МНОЖЕСТВЕННОСТЬ PERLIO_LAYERS PERL_COPY_ON_WRITE PERL_DONT_CREATE_GVSV PERL_IMPLICIT_CONTEXT PERL_MALLOC_WRAP PERL_OP_PARENT PERL_PRESERVE_IVUV PERL_USE_SAFE_PUTENV USE_64_BIT_ALL USE_64_BIT_INT USE_ITHREADS USE_LARGE_FILES USE_LOCALE USE_LOCALE_COLLATE USE_LOCALE_CTYPE USE_LOCALE_NUMERIC USE_LOCALE_TIME USE_PERLIO USE_PERL_ATOF USE_REENTRANT_API Построенный под Darwin Составлено на 19 июня 2018 13:45:49 %ENV: PERL5LIB="/opt/local/lib/perl5/site_perl/5.26::/opt/biotools/ensembl_main/bioperl-1.2.3:/opt/biotools/ensembl_main/bioperl-live:/opt/biotools/ensembl_main/ Ensembl / модули: / OPT / biotools / ensembl_main / Ensembl-compara / модули: / OPT / biotools / ensembl_main / Ensembl-вариации / модули: / OPT / biotools / ensembl_main / Ensembl-functgenomics / модули: / OPT / biotools / ensembl_main / Ensembl-внешние / модули: / OPT / biotools / ensembl_main / Ensembl-инструменты / модули: / OPT / biotools / circos / Библиотека: / OPT / biotools / circosapi / Lib: / Opt / biotools / GeneNomenclatureU Тильс / модули: /opt/biotools/Haplotyping-0.1.0/Perl: / OPT / biotools / HMMER / PfamScan: / опт / biotools / Kaviar: / опт / biotools / пита / Библиотека: / OPT / biotools / vcftools / Библиотека /perl5/site_perl/5.24:/work/MyScripts/modules:/work/MyScripts/pharmgkb:/opt/biotools/mummer/scripts" @INC: /opt/local/lib/perl5/site_perl/5.26/darwin-thread-multi-2level /opt/local/lib/perl5/site_perl/5.26 /opt/biotools/ensembl_main/bioperl-1.2.3 /opt/biotools/ensembl_main/bioperl-live /opt/biotools/ensembl_main/ensembl/modules /opt/ биоинструменты / ensembl_main / ensembl-сравнение / модули / opt / биоинструменты / ensembl_main / ensembl-вариации / модули / opt / биоинструменты /ensembl_main/ensembl-functgenomics/ модули / opt / биотоолы /ensembl_main/ensembl-external/modules /opt ensembl_main/ensembl-tools/modules /opt/biotools/circos/lib /opt/biotools/circosapi/lib /opt/biotools/GeneNomenclatureUtils/modules /opt/biotools/Haplotyping-0.1.0/Perl /opt/biotools/hmmer/PfamScan /opt/ биоинструменты / икра / opt / биоинструменты /pita/lib /opt/biotools/vcftools/lib/perl5/site_perl/5.24 /work/MyScripts/modules /work/MyScripts/pharmgkb /opt/biotools/mummer/scripts /opt/local/lib/perl5/site_perl/5.26/darwin-thread-multi-2level /opt/local/lib/perl5/site_perl/5.26 /opt/local/lib/perl5/vendor_perl/5.26/darwin-thread-multi-2level /opt/local/lib/perl5/vendor_perl/5.26 /opt/local/lib/perl5/5.26/darwin-thread-multi-2 уровень /opt/local/lib/perl5/5.26
Я подозреваю, что изменил какой-то путь или зависимость, но не нашел что. Любая идея?
заранее спасибо