Создание локального репозитория пакетов R

Question

Я хотел бы создать локальный репозиторий пакетов R, чтобы пользователи в моей компании могли устанавливать пакеты из него, а системные администраторы могли периодически обновлять локальный репозиторий. Доступ к зеркалам CRAN в настоящее время запрещен.

Есть ли простой способ сделать это?

Answer 1

Да, копия CRAN или репозиторий с локальными пакетами проста в настройке. Предположительно, вы хотите это для Windows, поэтому сделайте следующее:

1. Создайте каталог верхнего уровня на своем веб-сервере, скажем R/
2. Создайте там обычную иерархию: R/bin/windows/contrib/2.11, Если вам нужно поддерживать другие (более ранние) выпуски, просто создайте каталоги 2.10, 2.9,... сразу после 2.11 каталог.

3. Поместите нужные вам пакеты в каталог (скажем, 2.11), затем перейдите в этот каталог и выполните следующую команду для генерации PACKAGES а также PACKAGES.gz файлы для хранилища:

   tools::write_PACKAGES(".", type="win.binary")

Это все, что нужно сделать - теперь вы можете получить доступ к хранилищу, указав на адрес с помощью такой команды, как

update.packages(repos="http://my.local.server/R", ask=FALSE)

что я даже делаю в R/zzz.R для локальных пакетов, чтобы они сами обновлялись.

Отредактируйте примерно пять с лишним лет спустя: и пакет drat теперь автоматизирует большую часть этого, и особенно хорошо, если вы также используете GitHub для обслуживания хранилища через http/https (но также полезно для другого или локального хостинга).

Answer 2

Прочитайте раздел Руководства администратора.

Answer 3

Пакет miniCRAN также обеспечивает отличную функциональность для этого. Основным преимуществом является то, что вам не нужно полное зеркало, но вы можете настроить "мини" зеркало CRAN только с теми пакетами, которые вам нужны, включая их зависимости.

Answer 4

У меня также нет доступа к зеркалам CRAN для установки пакетов. В результате, вот некоторые шаги, которые я считаю полезными.

Во-первых, вы должны убедиться, что у вас есть следующий путь и его каталоги в вашей системе: "/R/src/contrib". Если у вас нет этого пути и этих каталогов, вам нужно их создать. Все файлы ваших пакетов R будут храниться в каталоге «contrib».

После того, как вы добавили файлы пакета в каталог «contrib», вы можете использоватьsetRepositoriesиз пакета utils для создания репозитория. Я бы рекомендовал добавить следующий код в ваш .Rprofile для локального репозитория:

      utils::setRepositories(ind = 0, addURLs = c(WORK = "file://<your higher directories>/R"))

После редактирования вашего .Rprofile перезапустите R.

ind = 0укажет, что вам нужен только локальный репозиторий. Дополнительные репозитории могут быть включены вaddURLs =option и разделены запятыми внутри вектора символов.

Затем создайте индекс репозитория со следующим кодом:

      tools::write_PACKAGES("/<your higher directories>/R/src/contrib", verbose = TRUE) 

Это создаст файлы PACKAGE, которые служат индексом репозитория.

Чтобы увидеть, какие пакеты находятся в вашем репозитории, запустите следующий код и посмотрите на результирующий фрейм данных:my_packages <- available.packages()

На этом этапе вы можете устанавливать пакеты из репозитория, не указывая полный путь к файлу установки пакета. Например, чтобы установить пакет dplyr , вы можете запустить следующее:

      install.packages("dplyr", dependencies = TRUE)

Если вы хотите сделать еще один шаг вперед и управлять меняющимся репозиторием, вы можете установить и использовать пакет miniCRAN . В противном случае вам потребуется выполнитьwrite_PACKAGESработать всякий раз, когда ваш репозиторий изменяется.

После установки пакета miniCRAN вы можете выполнить следующий код для создания репозитория miniCRAN :

       my_packages <- available.packages()

 miniCRAN::makeRepo(
  pkgs = my_packages[,1, 
  path = "/<your higher directories>/R",
  repos = getOption("repos"), 
  type = "source",
  Rversion = R.version, 
  download = TRUE, 
  writePACKAGES = TRUE,
  quiet = FALSE
 )

Вам нужно выполнить приведенный выше код только один раз для каждого репо.

Затем убедитесь, что каждый репозиторий miniCRAN создан. Вам нужно сделать это только один раз для каждого репо:

       pkgAvail(
  repos = getOption("repos"),
  type = "source",
  Rversion = R.version,
  quiet = FALSE
 )

Всякий раз, когда новые файлы пакетов помещаются в локальное репо, вы можете обновить индекс локального репо следующим образом:

      miniCRAN::updateRepoIndex("/<your higher directories>/R/")

Наконец, в качестве дополнительного шага, чтобы увидеть, находится ли новый пакет в индексе, создайте фрейм данных доступных пакетов и выполните поиск фрейма данных:

      my_packages <- available.packages(repos = "file://<your higher directories>/R/")

Этот подход работал довольно хорошо для меня, но, возможно, у других есть комментарии и предложения, которые могли бы его улучшить.