GEXF расположение файловых узлов, в чем логика?

Question

Таким образом, у меня есть около 2,5 миллионов узлов, поступающих из разных источников, в основном филогенетических деревьев и других данных из баз данных. Я пытаюсь визуализировать карту сети, используя реализацию sigmajs, и нашел способ написать xml со сценариями. Я не могу понять, как рассчитываются положения x и y? Визуализация les_miserable ясно показывает, что она упорядочена, а документация gexf мало что говорит о том, как мы должны вычислять координаты x и y. Работа с позициями с использованием трех узлов не пролила свет на эту проблему, и веб-сайт gephi, похоже, не работает с моей стороны. Было бы очень полезно, если бы кто-то мог объяснить, как вычисляются координаты x и y в таких сложных сетевых картах, включающих 4 или 5 кластеров.

Answer 1

Координаты x и y (и z, если вы хотите 3D!) Вычисляются с помощью "макета", ForceAtlas является одним из этих макетов. Вы либо применяете макет в настольной версии Gephi, либо программно через программу Java, использующую библиотеку Java Gephi Toolkit, доступную здесь: https://gephi.org/toolkit/

Пример запуска макета: https://wiki.gephi.org/index.php/Toolkit_-_Layout_graph

Затем вы можете экспортировать свою сеть в формате, который сохраняет координаты узлов - формат gexf является хорошим. Скрипт для экспорта графика в формат gexf с помощью инструментария: https://wiki.gephi.org/index.php/Toolkit_-_Export_graph