Пакет biwavelet: "cex.axis" не работает в plot.biwavelet(); Жук?
Я использую biwavelet пакет для проведения вейвлет-анализа. Однако, когда я хочу отрегулировать размер метки для оси, используя cex.axisРазмер этикетки не изменился. С другой стороны, cex.lab а также cex.main работают хорошо. Это ошибка? Ниже приведен воспроизводимый пример.
library(biwavelet)
t1 <- cbind(1:100, rnorm(100))
t2 <- cbind(1:100, rnorm(100))
# Continuous wavelet transform
wt.t1 <- wt(t1)
par(oma = c(0, 0.5, 0, 0), mar = c(4, 2, 2, 4))
plot(wt.t1,plot.cb = T,plot.phase = T,type = 'power.norm',
xlab = 'Time(year)',ylab = 'Period(year)',mgp=c(2,1,0),
main='Winter station 1',cex.main=0.8,cex.lab=0.8,cex.axis=0.8)
редактировать
Предыдущий вопрос на этом сайте был месяц назад: график вейвлетов: изменение оси X, Y и цвета, но не решен. Любая помощь на этот раз? Спасибо!
2 ответа
Да, это ошибка. Вот исправленная версия: my.plot.biwavelet()
Эта версия принимает аргумент cex.axis (по умолчанию 1), и вы можете изменить его при необходимости. Я кратко объясню вам, в чем проблема, в разделе "объяснение" в конце.
my.plot.biwavelet <- function (x, ncol = 64, fill.cols = NULL, xlab = "Time", ylab = "Period",
tol = 1, plot.cb = FALSE, plot.phase = FALSE, type = "power.corr.norm",
plot.coi = TRUE, lwd.coi = 1, col.coi = "white", lty.coi = 1,
alpha.coi = 0.5, plot.sig = TRUE, lwd.sig = 4, col.sig = "black",
lty.sig = 1, bw = FALSE, legend.loc = NULL, legend.horiz = FALSE,
arrow.len = min(par()$pin[2]/30, par()$pin[1]/40), arrow.lwd = arrow.len *
0.3, arrow.cutoff = 0.9, arrow.col = "black", xlim = NULL,
ylim = NULL, zlim = NULL, xaxt = "s", yaxt = "s", form = "%Y", cex.axis = 1,
...) {
if (is.null(fill.cols)) {
if (bw) {
fill.cols <- c("black", "white")
}
else {
fill.cols <- c("#00007F", "blue", "#007FFF",
"cyan", "#7FFF7F", "yellow", "#FF7F00", "red",
"#7F0000")
}
}
col.pal <- colorRampPalette(fill.cols)
fill.colors <- col.pal(ncol)
types <- c("power.corr.norm", "power.corr", "power.norm",
"power", "wavelet", "phase")
type <- match.arg(tolower(type), types)
if (type == "power.corr" | type == "power.corr.norm") {
if (x$type == "wtc" | x$type == "xwt") {
x$power <- x$power.corr
x$wave <- x$wave.corr
}
else {
x$power <- x$power.corr
}
}
if (type == "power.norm" | type == "power.corr.norm") {
if (x$type == "xwt") {
zvals <- log2(x$power)/(x$d1.sigma * x$d2.sigma)
if (is.null(zlim)) {
zlim <- range(c(-1, 1) * max(zvals))
}
zvals[zvals < zlim[1]] <- zlim[1]
locs <- pretty(range(zlim), n = 5)
leg.lab <- 2^locs
}
else if (x$type == "wtc" | x$type == "pwtc") {
zvals <- x$rsq
zvals[!is.finite(zvals)] <- NA
if (is.null(zlim)) {
zlim <- range(zvals, na.rm = TRUE)
}
zvals[zvals < zlim[1]] <- zlim[1]
locs <- pretty(range(zlim), n = 5)
leg.lab <- locs
}
else {
zvals <- log2(abs(x$power/x$sigma2))
if (is.null(zlim)) {
zlim <- range(c(-1, 1) * max(zvals))
}
zvals[zvals < zlim[1]] <- zlim[1]
locs <- pretty(range(zlim), n = 5)
leg.lab <- 2^locs
}
}
else if (type == "power" | type == "power.corr") {
zvals <- log2(x$power)
if (is.null(zlim)) {
zlim <- range(c(-1, 1) * max(zvals))
}
zvals[zvals < zlim[1]] <- zlim[1]
locs <- pretty(range(zlim), n = 5)
leg.lab <- 2^locs
}
else if (type == "wavelet") {
zvals <- (Re(x$wave))
if (is.null(zlim)) {
zlim <- range(zvals)
}
locs <- pretty(range(zlim), n = 5)
leg.lab <- locs
}
else if (type == "phase") {
zvals <- x$phase
if (is.null(zlim)) {
zlim <- c(-pi, pi)
}
locs <- pretty(range(zlim), n = 5)
leg.lab <- locs
}
if (is.null(xlim)) {
xlim <- range(x$t)
}
yvals <- log2(x$period)
if (is.null(ylim)) {
ylim <- range(yvals)
}
else {
ylim <- log2(ylim)
}
image(x$t, yvals, t(zvals), zlim = zlim, xlim = xlim,
ylim = rev(ylim), xlab = xlab, ylab = ylab, yaxt = "n",
xaxt = "n", col = fill.colors, ...)
box()
if (class(x$xaxis)[1] == "Date" | class(x$xaxis)[1] ==
"POSIXct") {
if (xaxt != "n") {
xlocs <- pretty(x$t) + 1
axis(side = 1, at = xlocs, labels = format(x$xaxis[xlocs],
form))
}
}
else {
if (xaxt != "n") {
xlocs <- axTicks(1)
axis(side = 1, at = xlocs, cex.axis = cex.axis)
}
}
if (yaxt != "n") {
axis.locs <- axTicks(2)
yticklab <- format(2^axis.locs, dig = 1)
axis(2, at = axis.locs, labels = yticklab, cex.axis = cex.axis)
}
if (plot.coi) {
polygon(x = c(x$t, rev(x$t)), lty = lty.coi, lwd = lwd.coi,
y = c(log2(x$coi), rep(max(log2(x$coi), na.rm = TRUE),
length(x$coi))), col = adjustcolor(col.coi,
alpha.f = alpha.coi), border = col.coi)
}
if (plot.sig & length(x$signif) > 1) {
if (x$type %in% c("wt", "xwt")) {
contour(x$t, yvals, t(x$signif), level = tol,
col = col.sig, lwd = lwd.sig, add = TRUE, drawlabels = FALSE)
}
else {
tmp <- x$rsq/x$signif
contour(x$t, yvals, t(tmp), level = tol, col = col.sig,
lwd = lwd.sig, add = TRUE, drawlabels = FALSE)
}
}
if (plot.phase) {
a <- x$phase
locs.phases <- which(zvals < quantile(zvals, arrow.cutoff))
a[locs.phases] <- NA
phase.plot(x$t, log2(x$period), a, arrow.len = arrow.len,
arrow.lwd = arrow.lwd, arrow.col = arrow.col)
}
box()
if (plot.cb) {
fields::image.plot(x$t, yvals, t(zvals), zlim = zlim, ylim = rev(range(yvals)),
xlab = xlab, ylab = ylab, col = fill.colors,
smallplot = legend.loc, horizontal = legend.horiz,
legend.only = TRUE, axis.args = list(at = locs,
labels = format(leg.lab, dig = 2)), xpd = NA)
}
}
Тестовое задание
library(biwavelet)
t1 <- cbind(1:100, rnorm(100))
t2 <- cbind(1:100, rnorm(100))
# Continuous wavelet transform
wt.t1 <- wt(t1)
par(oma = c(0, 0.5, 0, 0), mar = c(4, 2, 2, 4))
my.plot.biwavelet(wt.t1,plot.cb = T,plot.phase = T,type = 'power.norm',
xlab = 'Time(year)',ylab = 'Period(year)',mgp=c(2,1,0),
main='Winter station 1',cex.main=0.8,cex.lab=0.8,cex.axis=0.8)
Как и ожидалось, это работает.
объяснение
В plot.biwavelet() зачем проходить cex.axis с помощью ... не работает?
plot.biwavelet() Формирует ваш окончательный сюжет в основном в 3 этапа:
image(..., xaxt = "n", yaxt = "n")для генерации основного сюжета;axis(1, at = atTicks(1)); axis(2, at = atTicks(2))для добавления оси;fields::image.plot()для отображения цветовой легенды полосы.
Теперь, хотя эта функция принимает ... Кормят только первым image() звоните, а следующее axis(), (в том числе polygon(), contour() , phase.plot() ) и image.plot() не брать от ..., Когда позже звоню axis() Гибкая спецификация в отношении управления осями не поддерживается.
Я предполагаю, что во время разработки пакета возникла проблема, описанная в разделе: " Передача аргументов из аргумента"… "для правильной функции в R". Возможно, автор не осознал эту потенциальную проблему, оставив здесь ошибку. Мой ответ на этот пост, а также комментарии Роланда указывают на надежное решение.
Я не автор пакета, поэтому не могу решить, как он это исправит. Мое исправление жестокое, но работает для вас временная необходимость: просто добавьте cex.axis аргумент axis() вызов. Я связался с Тариком (автором пакета) по электронной почте, и я верю, что он даст вам гораздо лучшее объяснение и решение.
Я исправил эту проблему, передав ... аргумент axis в plot.biwavelet, Ваш код теперь должен работать как нужно. Обратите внимание, что изменения в cex.axis и другие axis аргументы будут влиять на все три оси (x, y, z).
Вы можете скачать новую версию (0.20.8) из biwavelet из GitHub, введя следующую команду на R консоль (это предполагает, что у вас есть пакет devtools уже установлено): devtools::install_github("tgouhier/biwavelet")
Спасибо за указание на ошибку!