LAPACK/LAPACKE с C++ в LINUX --- Компиляция, компоновка и запуск?

Question

Введение: я разработал приложение на C++, которое использует LAPACK(LAPACKE) и MPI, все на Windows. В Windows работает нормально (компиляция и компоновка выполняются через Code::Blocks IDE), но выполнение выполняется слишком медленно. Поэтому я хочу перенести код на наш маленький "суперкомпьютер", работающий под CentOS Linux, где мы уже установили GNU C++, MPICH2 и LAPACK.

Вопросы: Как скомпилировать / связать и запустить код C++, который вызывает LAPACKE в Linux/CentOS? Должен ли я установить GNU Fortran на компьютере CentOS, чтобы скомпилировать / связать / запустить C++ с LAPACK(LAPACKE)?

БОЛЬШОЕ СПАСИБО!!!

Answer 1

Я предполагаю, что мой Debian достаточно близок к вашему CentOS, чтобы эти трюки работали...

1) Убедитесь, что LAPACKE установлен на вашем компьютере.

• Вы можете искать места, такие как /usr/include, /usr/local/include для файлов lapacke.h, lapacke_config.h, lapacke_mangling.h, lapacke_mangling_with_flags.h а также lapacke_utils.h,
• Вы можете искать места, такие как /usr/lib или же /usr/local/lib для статической библиотеки lapacke.a или динамическая библиотека lapacke.so или же lapacke.so.3,

Если эти файлы отсутствуют, рассмотрите возможность установки пакетов liblapacke а также liblapacke-dev, В качестве альтернативы (в частности, если у вас нет привилегий root), вы можете загрузить исходный текст пакета lapack и lapacke для netlib по адресу http://www.netlib.org/lapack/. Для компиляции LAPACKE переименуйте make.inc.example в make.incзатем введите:

    make
    make lapackelib

Включаемые файлы будут расположены в lapack-3.6.1/LAPACKE/include и библиотека будет в lapack-3.6.1, gcc а также gfortran Полезно перекомпилировать lapack и lapacke с нуля.

2) Давайте скомпилируем простой код на основе этого примера:

#include <iostream>
#include <string>
#include <fstream>

#include <stdlib.h>
#include <stdio.h>
#include <math.h>

#include <lapacke.h>
#include "mpi.h"

void print_matrix_rowmajor(const char* desc, lapack_int m, lapack_int n, double* a, lapack_int lda );

int main(int argc, char *argv[])
{
    MPI_Init(&argc,&argv);
    std::cout << "Start..." << std::endl;
    //std::string fn_VALS;

    /* Locals */
    double A[5][3] = {1,1,1,2,3,4,3,5,2,4,2,5,5,4,3};
    double b[5][2] = {-10,-3,12,14,14,12,16,16,18,16};
    lapack_int info,m,n,lda,ldb,nrhs;

    /* Initialization */
    m = 5;
    n = 3;
    nrhs = 2;
    lda = 3;
    ldb = 2;

    /* Print Entry Matrix */
    print_matrix_rowmajor( "Entry Matrix A", m, n, *A, lda );
    /* Print Right Rand Side */
    print_matrix_rowmajor( "Right Hand Side b", n, nrhs, *b, ldb );
    printf( "\n" );
    /* Executable statements */
    printf( "LAPACKE_dgels (row-major, high-level) Example Program Results\n" );
    /* Solve least squares problem*/
    info = LAPACKE_dgels(LAPACK_ROW_MAJOR,'N',m,n,nrhs,*A,lda,*b,ldb);

    /* Print Solution */
    print_matrix_rowmajor( "Solution", n, nrhs, *b, ldb );
    printf( "\n" );


    std::cout << "info = " << info << std::endl;




    std::cout << "Done :-) !!!" <<std::endl;
    MPI_Finalize();
    return 0;
}


////////////////////////////////////////////////////////* Auxiliary routine: printing a matrix */
void print_matrix_rowmajor(const char* desc, lapack_int m, lapack_int n, double* a, lapack_int lda )
{
    lapack_int i, j;
    printf( "\n %s\n", desc );
    for( i = 0; i < m; i++ )
    {
        for( j = 0; j < n; j++ )
        {
            printf( " %6.2f", a[i*lda+j]);
        }
        printf( "\n" );
    }
}
//=======================================

Команда для компиляции:

mpiCC main.cpp -o main -llapacke -llapack -lblas -lm -Wall

Если включаемые файлы находятся в определенной папке, используйте -I/usr/pathtolapackedoth, Аналогично, если библиотека находится в отдельной папке, попробуйте -L/usr/lib/pathtoliblapackedota, В зависимости от того, как был установлен MPICH2, вероятно, что mpiCC обертывания g++. Вы можете напечатать mpiCC --version Узнать больше. Чтобы запустить его, используя 2 процесса:

mpirun -np 2 main

Наконец, вам не нужно устанавливать GNU Fortran, установленный на компьютере CentOS, чтобы скомпилировать / связать / запустить C++ с LAPACK(LAPACKE). Действительно, это требуется, только если вы хотите перекомпилировать LAPACK с нуля.