Конвертировать molfile в fasta

Question

Я работаю над проектом биоинформатики.

Я хочу конвертировать файл MDL (molfile - .mol) в файл FASTA, используя python.

Может кто-нибудь сказать мне, как я могу сделать то же самое?

структура файла mol: http://en.wikipedia.org/wiki/Chemical_table_file
структура файла fasta: http://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format

Answer 1

RDKit предоставляет функцию MolToFASTA(mol) который выводит последовательность FASTA для входной молекулы. Должно пойти что-то вроде:

from rdkit.Chem.rdmolfiles import MolFromMolFile, MolToFASTA

mol = MolFromMolFile("yourFile.mol")
fa = MolToFASTA(mol)
# write the fa string to file

К сожалению, я не смог найти пример файла.mol ​​белка, чтобы проверить это.