Расположение общих библиотек для файлов Matlab Mex:

Question

Я пытаюсь написать функцию Matlab Mex, которая использует libhdf5; Моя установка Linux предоставляет совместно используемые библиотеки и заголовочные файлы libhdf5-1.8. Однако моя версия Matlab, r2007b, содержит libhdf5.so из версии 1.6. (Matlab .mat файлы начальной загрузки hdf5, видимо). Когда я компилирую mex, он в Segfaults в Matlab. Если я понижаю свою версию libhdf5 до 1.6 (не долгосрочный вариант), код компилируется и работает нормально.

вопрос: как мне решить эту проблему? как мне сказать, чтобы процесс компиляции mex связывался с /usr/lib64/libhdf5.so.6 вместо /opt/matlab/bin/glnxa64/libhdf5.so.0? Когда я пытаюсь сделать это с помощью -Wl,-rpath-link,/usr/lib64 в моей компиляции я получаю ошибки вроде:

/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/../../../../x86_64-pc-linux-gnu/bin/ld: warning: libhdf5.so.0, needed by /opt/matlab/matlab75/bin/glnxa64/libmat.so, may conflict with libhdf5.so.6
/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/../../../../lib64/crt1.o: In function `_start':
(.text+0x20): undefined reference to `main'
collect2: ld returned 1 exit status

    mex: link of 'hdf5_read_strings.mexa64' failed.

make: *** [hdf5_read_strings.mexa64] Error 1

извед. в крайнем случае следует загрузить локальную копию заголовков hdf5-1.6.5 и покончить с этим, но это не является перспективой (обновление версии Matlab будет в моем будущем.). есть идеи?

РЕДАКТИРОВАТЬ: за отличные предложения Рамашаланки, я

А) называется mex -v чтобы получить 3 gcc команды; последняя - команда компоновщика;

B) вызвал эту команду компоновщика с -v чтобы получить collect команда;

В) это называется collect2 -v -t и остальные флаги.

Соответствующие части моего вывода:

/usr/bin/ld: mode elf_x86_64
/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/../../../../lib64/crti.o
/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/crtbeginS.o
hdf5_read_strings.o
mexversion.o
-lmx (/opt/matlab/matlab75/bin/glnxa64/libmx.so)
-lmex (/opt/matlab/matlab75/bin/glnxa64/libmex.so)
-lhdf5 (/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/../../../../lib64/libhdf5.so)
/lib64/libz.so
-lm (/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/../../../../lib64/libm.so)
-lstdc++ (/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/libstdc++.so)
-lgcc_s (/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/libgcc_s.so)
/lib64/libpthread.so.0
/lib64/libc.so.6
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2
-lgcc_s (/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/libgcc_s.so)
/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/crtendS.o
/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/../../../../lib64/crtn.o

Итак, на самом деле libhdf5.so от /usr/lib64 на него ссылаются. Тем не менее, я считаю, что это переопределяется переменной среды LD_LIBRARY_PATH, который моя версия Matlab автоматически устанавливает во время выполнения, чтобы он мог найти свои собственные версии, например, libmex.so, так далее.

Я думаю, что crt_file.c пример работает либо б / у, он не использует функции, которые я использую (H5DOpen, у которого было изменение подписи при переходе с 1.6 на 1.8 (да, я использую -DH5_USE_16_API)), или, что менее вероятно, b/c не затрагивает те части внутреннего пространства Matlab, которые нуждаются в hdf5. извед.

Answer 1

Следующее работало в моей системе:

1. Установите hdf5 версии 1.8.4 (вы уже сделали это: я установил исходный код и скомпилировал его, чтобы убедиться, что он совместим с моей системой, что я получаю версии gcc и что я получаю статические библиотеки - например, двоичные файлы, предлагаемые для моей системы, icc конкретный).

2. Сделайте целевой файл. У вас уже есть свой файл. Я использовал простой h5_crtfile.c отсюда (хорошая идея, чтобы начать с этого простого файла, сначала посмотрите на предупреждения). Я изменился main в mexFunction с обычными аргументами и в комплекте mex.h,

3. Укажите статическую библиотеку 1.8.4, которую вы хотите загрузить явно (полный путь без -L для этого необходим) и не включать -lhdf5 в LDFLAGS, Включить -t Опция, позволяющая убедиться, что динамическая библиотека hdf5 не загружается. Вам также нужно -lz, с zlib установлены. Для Дарвина нам также нужен -bundle в LDFLAGS:

   mex CFLAGS='-I/usr/local/hdf5/include' LDFLAGS='-t /usr/local/hdf5/lib/libhdf5.a -lz -bundle' h5_crtfile.c -v
   

   Для Linux вам нужен эквивалентный независимый от позиции вызов, например fPIC и возможно -shared, но у меня нет системы Linux с лицензией Matlab, поэтому я не могу проверить:

   mex CFLAGS='-fPIC -I/usr/local/hdf5/include' LDFLAGS='-t /usr/local/hdf5/lib/libhdf5.a -lz -shared' h5_crtfile.c -v
   

4. Запустить h5_crtfile мекс файл. Это работает без проблем на моей машине. Он просто делает H5Fcreate и H5Fclose для создания "file.h5" в текущем каталоге, и когда я звоню file file.h5 я получил file.h5: Hierarchical Data Format (version 5) data,

Обратите внимание, что если я включу -lhdf5 выше в шаге 3, тогда Matlab прерывается, когда я пытаюсь запустить исполняемый файл (потому что тогда он использует динамические библиотеки Matlab, которые для меня версии 1.6.5), так что это определенно решает проблему в моей системе.

Спасибо за вопрос. Мое решение выше определенно намного проще для меня, чем то, что я делал раньше. Надеюсь, вышесказанное работает для вас.

Answer 2

Я принимаю ответ Рамашаланки, потому что он привел меня к точному решению, которое я опубликую здесь только для полноты:

1. загрузите библиотеку hdf5-1.6.5 с веб-сайта hdf5 и установите файлы заголовков в локальный каталог;
2. скажите mex искать "hdf5.h" в этом локальном каталоге, а не в стандартном месте (например, /usr/include.)
3. скажите mex скомпилировать мой код и библиотеку общих объектов, предоставляемую matlab, и не использовать -ldfh5 флаг в LDFLAGS,

команда, которую я использовал, по сути:

/opt/matlab/matlab_default/bin/mex -v CC#gcc CXX#g++ CFLAGS#"-Wall -O3 -fPIC -I./hdf5_1.6.5/src -I/usr/include -I/opt/matlab/matlab_default/extern/include" CXXFLAGS#"-Wall -O3 -fPIC -I./hdf5_1.6.5/src -I/usr/include -I/opt/matlab/matlab_default/extern/include " -O -lmwblas -largeArrayDims -L/usr/lib64 hdf5_read_strings.c /opt/matlab/matlab_default/bin/glnxa64/libhdf5.so.0

это переводится mex в команды:

gcc -c -I/opt/matlab/matlab75/extern/include -DMATLAB_MEX_FILE -Wall -O3 -fPIC -I./hdf5_1.6.5/src -I/usr/include -I/opt/matlab/matlab_default/extern/include -O -DNDEBUG hdf5_read_strings.c
gcc -c -I/opt/matlab/matlab75/extern/include -DMATLAB_MEX_FILE -Wall -O3 -fPIC -I./hdf5_1.6.5/src -I/usr/include -I/opt/matlab/matlab_default/extern/include -O -DNDEBUG /opt/matlab/matlab75/extern/src/mexversion.c
gcc -O -pthread -shared -Wl,--version-script,/opt/matlab/matlab75/extern/lib/glnxa64/mexFunction.map -Wl,--no-undefined -o hdf5_read_strings.mexa64  hdf5_read_strings.o mexversion.o  -lmwblas -L/usr/lib64 /opt/matlab/matlab_default/bin/glnxa64/libhdf5.so.0 -Wl,-rpath-link,/opt/matlab/matlab_default/bin/glnxa64 -L/opt/matlab/matlab_default/bin/glnxa64 -lmx -lmex -lmat -lm -lstdc++

Это решение должно работать на всех моих различных целевых машинах и, по крайней мере, до тех пор, пока я не обновлюсь до Matlab R2009a, который, я считаю, использует hdf5-1.8. спасибо за всю помощь, извините за то, что я был настолько плотен с этим - я думаю, что я был чрезмерно привержен использованию упакованной версии hdf5, а не локального набора заголовочных файлов.

Обратите внимание, что все это было бы тривиально, если бы Mathworks предоставил набор заголовочных файлов с дистрибутивом Matlab...