Как я могу указать группы (например, хромосомы) на непрерывной оси, используя ggplot2?

Question

Это то, что я хочу построить:

Используя g gplot2, я могу построить правильные столбцы, но с номером локуса, указанным на оси x вместо номера хромосомы. Он просто отображает номер каждого столбца, например 1,2,...,500, но не показывает хромосому. Как мне этого добиться?

Воспроизводимый пример:

p <- ggplot(data = info, aes(x = number,y= Fst,fill = Chromesome))
p + geom_bar(stat = "identity") + labs(x = "Chromosome", y =Fst)

number Chromosome   Fst
1       1           0.5
2       1           0.6
3       2           0.7
4       2           0.9
5       3           0.7
6       3           0.1
7       4           0.3
8       4           0.4
9       5           0.5
10      5           0.6
11      6           0.7
12      6           0.8
13      7           0.9

Answer 1

Очевидным способом было бы использовать scale_x_continuous и установите ручные перерывы и метки, однако...

Один из способов, который я использовал ранее, - это использовать фасеты со свободными масштабами и пространством.

Создать случайные данные

info <- data.frame(number = 1:800,
                   Fst = runif(800),
                   Chromosome = rep(1:5, c(300, 200, 100, 100, 100)))

Ваш сюжет

Обратите внимание, что у вас были некоторые орфографические ошибки, которые привели к ошибкам.

p <- ggplot(data = info, aes(x = number, y = Fst, fill = factor(Chromosome))) +
  geom_bar(stat = "identity") + labs(x = "Chromosome", y = "Fst")

Добавить фасеты и настроить тему

p + facet_grid(~Chromosome, scales = 'free_x', space = 'free_x', switch = 'x') + 
  theme_classic() + 
  theme(axis.text.x = element_blank(),
        axis.ticks.x = element_blank(),
        panel.margin = unit(0, "lines"))

Вы можете отключить расширение оси, чтобы столбцы были точно рядом друг с другом, но лично мне очень нравятся промежутки.

p + facet_grid(~Chromosome, scales = 'free_x', space = 'free_x', switch = 'x') + 
  theme_classic() + 
  theme(axis.text.x = element_blank(),
        axis.ticks.x = element_blank(),
        panel.margin = unit(0, "lines")) +
  scale_x_continuous(expand = c(0, 0))