Вложенная функция nlm внутри ddply/dlply

Question

Мне нужно интерполировать по группам большой массив данных, используя nlm функция. У меня нет проблем с использованием его на DF с одной группой:

#example data
df <- data.frame(var= cumsum(sort(rnorm(100, mean=20, sd=4))),
                 time= seq(from=0,to=550,length.out=100))
#create function
my_function <- function(Cini, time, theta,var){
  fy <- (theta[1]-(theta[1]- Cini)*exp((-theta[2]/100000)*(time-theta[3])))
  ssq<-sum((var-fy)^2)
  return(ssq)
}
th.start <- c(77, 148, 5)   #set starting parameters

#run nlm
my_fitt <- nlm(f=my_function, Cini=400, var = df$var,
               time=df$time, p=th.start)

Затем я попытался применить функцию в DF с несколькими группами, используя dlply функция:

#data with groups
df.2 <- data.frame(var= cumsum(sort(rnorm(300, mean=20, sd=4))),
                   time= rep(seq(from=0,to=1200,length.out=100),3),
                   groups=rep(c(1:3),each=100))
#run nlm
library(plyr)
my_fitt.2 <- dlply(df.2, .(groups),
               nlm(f=my_function, Cini=400, var  = df.2$var,time=df.2$time, p=th.start))

Однако я получаю сообщение: Error in fs[[i]](x, ...) : attempt to apply non-function, Я также пытался удалить df.2$, получение Error in time - theta[3] : non-numeric argument to binary operatorв этом примере и Error in f(x, ...) : object 'time.clos' not foundв моем оригинальном дф (time.closявляется одной из переменных).

Кроме того, я рекомендую использовать библиотеку dplyr

library(dplyr)
df.2 %>%
  group_by(groups) %>%
  nlm(f=my_function, Cini=400, v= var,
      time=time, p=th.start)

получение Error in f(x, ...) : unused argument (.), В чем может быть проблема?

Answer 1

Я не могу помочь с tidyverse окружающая среда, так как я больше в духе R. Я думаю, что проблема в вашем последнем звонке в том, что вы собираете группу data.frame к функции, которая принимает function объект в качестве первого аргумента. Это не может работать.

Позвольте мне предложить вам базовый способ R:

df.2 %>% 
  split(.$groups) %>% 
  lapply(function(xx) nlm(f=my_function, Cini=400, var = xx$var, time=xx$time, p=th.start))

Это производят list длины 3 (для трех групп) с вашими тремя результатами.

Answer 2

Рассмотрим базу R by (объектно-ориентированная оболочка tapply), который может поднамерять фрейм данных с помощью фактора (ов) и передавать поднастроенные фреймы данных в метод, такой как ваш nlm вызов, все, чтобы вернуть список объектов:

run_nlm <- function(sub_df) nlm(f=my_function, Cini=400, var=sub_df$var, 
                                time=sub_df$time, p=th.start)

# LIST OF nlm OUTPUTS (EQUAL TO NUMBER OF DISTINCT df$groups)
my_fitt_list <- by(df, df$groups, run_nlm)