Настройка алгоритма Watershed, удаляющая все подключенные компоненты

Question

Я использую алгоритм водораздела, чтобы попытаться сегментировать касающиеся ядра. Типичное изображение может выглядеть так: или это:

Я пытаюсь применить алгоритм водораздела с этим кодом:

show(RGB_img)


%Convert to grayscale image
I = rgb2gray(RGB_img);

%Take structuring element of a disk of size 10, for the morphological transformations
%Attempt to subtract the background from the image: top hat is the
%subtraction of the open image from the original


%Morphological transformation to subtract background noise from the image
%Tophat is the subtraction of an opened image from the original. Remove all
%images smaller than the structuring element of 10
I1 = imtophat(I, strel('disk', 10));

%Increases contrast
I2 = imadjust(I1);
%show(I2,'contrast')
%Assume we have background and foreground and assess thresh as such 
level = graythresh(I2);
%Convert to binary image based on graythreshold
BW = im2bw(I2,level);
show(BW,'C');



BW = bwareaopen(BW,8);
show(BW,'C2');

BW = bwdist(BW) <= 1;
show(BW,'joined');
%Complement because we want image to be black and background white
C = ~BW;
%Use distance tranform to find nearest nonzero values from every pixel
D = -bwdist(C);

%Assign Minus infinity values to the values of C inside of the D image
%   Modify the image so that the background pixels and the extended maxima
%   pixels are forced to be the only local minima in the image (So you could
%   hypothetically fill in water on the image

D(C) = -Inf;

%Gets 0 for all watershed lines and integers for each object (basins)
L = watershed(D);
show(L,'L');

%Takes the labels and converts to an RGB (Using hot colormap)
fin = label2rgb(L,'hot','w');

% show(fin,'fin');
im = I;

%Superimpose ridgelines,L has all of them as 0 -> so mark these as 0(black)
im(L==0)=0;

clean_img = L;
show(clean_img)

По какой-то причине после C = ~BW; все изображение темнеет. Этот тот же самый блок кода работал с несколькими другими изображениями, все из которых были более "твердыми" или не такими зернистыми, как эти. Тем не менее, я думал, что компенсировал это BW = bwdist(BW) <= 1;, Я экспериментировал много, и я действительно не знаю, что происходит. Любая помощь будет отличной!

Ps. это изображение после BW = bwareaopen(BW,8);

Answer 1

Перед цилиндром вы должны выполнить закрытие и открытие, чтобы уменьшить шум.

Если вы выполняете открытие области на зашумленном изображении, вы можете получить результат на черно-белом изображении.

Так было бы:

1. Закрытие и открытие
2. Цилиндр
3. Открытие области, если все еще необходимо
4. Thresholding
5. Эрозия и расширение, чтобы найти внутренние и внешние маркеры соответственно
6. Водораздел (никогда не используйте водораздел без маркеров).