Используйте ggpairs для создания этого сюжета

Question

У меня есть некоторый код в приложении Shiny, который производит первый сюжет ниже. Как видите, размер шрифта зависит от размера коэффициента корреляции. Я хотел бы произвести нечто подобное с ggpairs (GGally) или ggplot2. Второе изображение ниже было создано со следующим кодом:

library(GGally)
ggpairs(df, 
  upper = list(params = c(size = 10)),
  lower = list(continuous = "smooth", params = c(method = "loess", fill = "blue"))
)

Как видите, размер корреляционного шрифта регулируется с помощью размера, но когда я задаю вектор размеров, используется только первое значение. Я также хотел бы удалить "Corr:" и добавить индикатор значимости. Использование цветов для знака коэффициента корреляции также было бы неплохо. В нижнем, method а также fill не связаны с smooth, Любые предложения о том, как получить 2-й сюжет, чтобы захватить больше возможностей 1-го, было бы здорово.

Данные Анскомба:

df <- structure(list(y1 = c(8.04, 6.95, 7.58, 8.81, 8.33, 9.96, 7.24, 
4.26, 10.84, 4.82, 5.68), x1 = c(10L, 8L, 13L, 9L, 11L, 14L, 
6L, 4L, 12L, 7L, 5L), y2 = c(9.14, 8.14, 8.74, 8.77, 9.26, 8.1, 
6.13, 3.1, 9.13, 7.26, 4.74), x2 = c(10L, 8L, 13L, 9L, 11L, 14L, 
6L, 4L, 12L, 7L, 5L), y3 = c(7.46, 6.77, 12.74, 7.11, 7.81, 8.84, 
6.08, 5.39, 8.15, 6.42, 5.73), x3 = c(10L, 8L, 13L, 9L, 11L, 
14L, 6L, 4L, 12L, 7L, 5L)), .Names = c("y1", "x1", "y2", "x2", 
"y3", "x3"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -11L))

# based mostly on http://gallery.r-enthusiasts.com/RGraphGallery.php?graph=137
panel.plot <- function(x, y) {
    usr <- par("usr"); on.exit(par(usr))
    par(usr = c(0, 1, 0, 1))
    ct <- cor.test(x,y)
    sig <- symnum(ct$p.value, corr = FALSE, na = FALSE,
                  cutpoints = c(0, 0.001, 0.01, 0.05, 0.1, 1),
                  symbols = c("***", "**", "*", ".", " "))
    r <- ct$estimate
    rt <- format(r, digits=2)[1]
    cex <- 0.5/strwidth(rt)

    text(.5, .5, rt, cex=cex * abs(r))
    text(.8, .8, sig, cex=cex, col='blue')
}
panel.smooth <- function (x, y) {
      points(x, y)
      abline(lm(y~x), col="red")
      lines(stats::lowess(y~x), col="blue")
}
pairs(df, lower.panel=panel.smooth, upper.panel=panel.plot)

Answer 1

Редактировать для GGally 1.0.1

поскольку params сейчас устарела, используйте wrap вот так:

ggpairs(df[, 1:2], 
        upper = list(continuous = wrap("cor", size = 10)), 
        lower = list(continuous = "smooth"))

Оригинальный ответ

Настройка сложных графиков не всегда доступна через список параметров. Это естественно: слишком много параметров, чтобы иметь в виду. Таким образом, единственный надежный вариант - изменить источник. Это особенно приятно, когда проект размещен на github.

Вот простая модификация, сделанная в раздвоенном репо. Самый простой способ обновить код и создать график ниже - скопировать и вставить функцию ggally_cor в вашей глобальной среде, затем переопределите ту же функцию в GGally Пространство имен:

# ggally_cor <- <...>
assignInNamespace("ggally_cor", ggally_cor, "GGally")
ggpairs(df[, 1:2], 
        upper = list(params = c(size = 10)), 
        lower = list(continuous = "smooth"))

Я удалил текстовую метку и добавил показатели значимости. Однако изменить цвет и размер не так просто, поскольку они отображаются ранее. Я все еще думаю об этом, но вы поняли идею и можете двигаться дальше со своими дальнейшими настройками.

Изменить: я обновил код, см. Мой последний коммит. Теперь он отображает размер метки на абсолютное значение корреляции. Вы можете сделать то же самое, если хотите другой цвет, хотя я думаю, что это, вероятно, не очень хорошая идея.