Печать списка вызывает блестящий в R
Как указано в этой ссылке, s moothjs перезаписывает функцию show. Было упомянуто, что это было решено в R3.3.0, но у меня все еще есть эта проблема.
DESeqdata <- list(DESeq = dds, colData = colData, Prepared_reads = Prepared_reads)
print(DES)
$ DESeq
Ошибка: lacejs: не удалось найти объект сеанса Shiny. Обычно это происходит, когда функция поступает из контекста, который не был настроен в сеансе Shiny.
class(DES)
[1] "список"
Запуск компонентов по отдельности DES[[1]] работает, но print(DES[[1]]) не. Наверное потому что DES[[1]] больше не список..?
Нужно ли обновлять блестящий или R или что-нибудь?
Информация о сессии:
> sessionInfo()
R version 3.3.3 (2017-03-06)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 14.04.5 LTS
locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8
[2] LC_NUMERIC=C
[3] LC_TIME=de_DE.UTF-8
[4] LC_COLLATE=en_US.UTF-8
[5] LC_MONETARY=de_DE.UTF-8
[6] LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
[7] LC_PAPER=de_DE.UTF-8
[8] LC_NAME=C
[9] LC_ADDRESS=C
[10] LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=de_DE.UTF-8
[12] LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] parallel stats4 stats graphics
[5] grDevices utils datasets methods
[9] base
other attached packages:
[1] shinyjs_0.9
[2] reshape_0.8.6
[3] ggplot2_2.2.1
[4] shinyBS_0.61
[5] digest_0.6.12
[6] SCAN.UPC_2.16.0
[7] sva_3.22.0
[8] genefilter_1.56.0
[9] mgcv_1.8-16
[10] nlme_3.1-131
[11] foreach_1.4.3
[12] affyio_1.44.0
[13] affy_1.52.0
[14] GEOquery_2.40.0
[15] oligo_1.38.0
[16] Biostrings_2.42.1
[17] XVector_0.14.0
[18] oligoClasses_1.36.0
[19] gplots_3.0.1
[20] fpc_2.1-10
[21] DESeq2_1.14.1
[22] SummarizedExperiment_1.4.0
[23] Biobase_2.34.0
[24] GenomicRanges_1.26.3
[25] GenomeInfoDb_1.10.3
[26] IRanges_2.8.1
[27] S4Vectors_0.12.1
[28] BiocGenerics_0.20.0
[29] data.table_1.10.4
[30] DT_0.2
[31] shiny_1.0.0
[32] BiocInstaller_1.24.0
loaded via a namespace (and not attached):
[1] bitops_1.0-6
[2] RColorBrewer_1.1-2
[3] httr_1.2.1
[4] prabclus_2.2-6
[5] tools_3.3.3
[6] backports_1.0.5
[7] R6_2.2.0
[8] rpart_4.1-10
[9] KernSmooth_2.23-15
[10] Hmisc_4.0-2
[11] DBI_0.6
[12] lazyeval_0.2.0
[13] colorspace_1.3-2
[14] trimcluster_0.1-2
[15] nnet_7.3-12
[16] gridExtra_2.2.1
[17] bit_1.1-12
[18] preprocessCore_1.36.0
[19] htmlTable_1.9
[20] diptest_0.75-7
[21] caTools_1.17.1
[22] scales_0.4.1
[23] checkmate_1.8.2
[24] DEoptimR_1.0-8
[25] mvtnorm_1.0-6
[26] robustbase_0.92-7
[27] stringr_1.2.0
[28] foreign_0.8-67
[29] base64enc_0.1-3
[30] htmltools_0.3.5
[31] htmlwidgets_0.8
[32] RSQLite_1.1-2
[33] mclust_5.2.2
[34] BiocParallel_1.8.1
[35] gtools_3.5.0
[36] acepack_1.4.1
[37] RCurl_1.95-4.8
[38] magrittr_1.5
[39] modeltools_0.2-21
[40] Formula_1.2-1
[41] Matrix_1.2-8
[42] Rcpp_0.12.9
[43] munsell_0.4.3
[44] stringi_1.1.2
[45] MASS_7.3-44
[46] zlibbioc_1.20.0
[47] flexmix_2.3-13
[48] plyr_1.8.4
[49] grid_3.3.3
[50] affxparser_1.46.0
[51] gdata_2.17.0
[52] miniUI_0.1.1
[53] lattice_0.20-34
[54] splines_3.3.3
[55] annotate_1.52.1
[56] locfit_1.5-9.1
[57] knitr_1.15.1
[58] geneplotter_1.52.0
[59] codetools_0.2-15
[60] XML_3.98-1.1
[61] latticeExtra_0.6-28
[62] httpuv_1.3.3
[63] gtable_0.2.0
[64] kernlab_0.9-25
[65] assertthat_0.1
[66] mime_0.5
[67] xtable_1.8-2
[68] ff_2.2-13
[69] class_7.3-14
[70] survival_2.40-1
[71] tibble_1.2
[72] iterators_1.0.8
[73] AnnotationDbi_1.36.2
[74] memoise_1.0.0
[75] cluster_2.0.5
1 ответ
Я не уверен в вашей ситуации. Но мне нужно было получить доступ к списку после закрытия блестящего приложения. Я смог получить доступ к списку после запуска:
unloadNamespace('shinyjs')