Ни Цветовой ключ, ни Основной заголовок не отображаются (правильно) на тепловой карте (тепловая карта.2 в r)

Question

Я учусь использовать R и для упражнения использую экспериментальный набор ExpresionSet от Bioconductor: http://bioconductor.org/packages/release/data/experiment/html/leukemiasEset.html

Это так просто: моя тепловая карта не отображает цветовой ключ, а основной заголовок на левом сайте кажется обрезанным. Я отказался от проблемы отсутствия цветового ключа после поиска в Интернете, как ее решить, и не нашел решения. Но затем я добавил заголовок, и, поскольку он тоже не отображается должным образом, я подумал, что, возможно, обе вещи происходят по одной и той же (неизвестной для меня) причине...

Вот мой код:

difexp <- exprs(leukemiasEset)[c(which(adjPval < 0.01)),c(1:12, 25:36)]
heatmap.2(difexp,
      trace = "none",
      cexCol = 0.6,
      ColSideColors =     as.character(as.numeric(factor(leukemiasEset$LeukemiaType[c(1:12, 25:36)]))),
      main = "Differentially expressed genes in ALL and CLL samples",
      cex.main = 1.5,
      key = TRUE,
      keysize = 1.5,
      density.info = "histogram")

Куда:

pvalues <- c()
for(i in 1:nrow(exprs(leukemiasEset))) { 
R <- t.test(exprs(leukemiasEset)[i, leukemiasEset$LeukemiaType == "ALL"],
          exprs(leukemiasEset)[i, leukemiasEset$LeukemiaType == "CLL"], 
          var.equal = TRUE) 
pvalues <- c(pvalues, R$p.value)
}
adjPval <- p.adjust(pvalues, method = "fdr")

И вот как это выглядит:

Поскольку я новичок, я думаю, что это, вероятно, "легкая работа" для экспертов... большое спасибо заранее!

Answer 1

Используйте "\n", чтобы вставить новую строку в заголовок и поместить половину строки во вторую строку.

heatmap.2(difexp,
      trace = "none",
      cexCol = 0.6,
      ColSideColors = as.character(as.numeric(factor(leukemiasEset$LeukemiaType[c(1:12, 25:36)]))),
      main = "Differentially expressed genes\nin ALL and CLL samples",
      cex.main = 1.5,
      key = TRUE,
      keysize = 1.5,
      density.info = "histogram")