Складывать файлы из разных папок, используя R

Я сложил определенные tif-файлы изображения Landsat, как показано:

setwd("C:/Users/Landsat/L5__002072-09MAY-2006")
may2006<-list.files(".",pattern="*B[123457]\\.tif$", ignore.case=TRUE) 

[1] "LT05_L1TP_002072_20060509_20161121_01_T1_B1.TIF" 
[2] "LT05_L1TP_002072_20060509_20161121_01_T1_B2.TIF" 
[3] "LT05_L1TP_002072_20060509_20161121_01_T1_B3.TIF"
[4] "LT05_L1TP_002072_20060509_20161121_01_T1_B4.TIF"
[5] "LT05_L1TP_002072_20060509_20161121_01_T1_B5.TIF"
[7] "LT05_L1TP_002072_20060509_20161121_01_T1_B7.TIF"

landsat_stack <- stack(may2006)

Я хочу сделать то же самое, но для всех изображений папки Landsat (каждая папка была отдельным стеком)

setwd("C:/Users/Landsat")
foldersList <- normalizePath(list.dirs(full.names = TRUE, recursive = FALSE)) 

[1] "C:\\Users\\Landsat\\L5__002072-09MAY-2006"
[2] "C:\\Users\\Landsat\\L5_001073_02MAY-2006" 
[3] "C:\\Users\\Landsat\\L5_001073_14MAY-1987" 
[4] "C:\\Users\\Landsat\\L8__002072-7MAY-2017"

Можно ли сделать это одновременно для всех изображений? Сначала я подумал сделать один список со всеми tif-файлами (независимо от папки), а затем с помощью цикла складывает только те файлы, которые совпадают по имени (условие 1), но заканчивает этим шаблоном "B[123457]". (условие 2)

all_Landsat<-list.files(".",pattern="*B[123457]\\.tif$", ignore.case=TRUE, recursive= TRUE)
all_Landsat
[1] "L5__002072-09MAY-2006/LT05_L1TP_002072_20060509_20161121_01_T1_B1.TIF" 
[2] "L5__002072-09MAY-2006/LT05_L1TP_002072_20060509_20161121_01_T1_B2.TIF"
[3] "L5__002072-09MAY-2006/LT05_L1TP_002072_20060509_20161121_01_T1_B3.TIF" 
[4] "L5__002072-09MAY-2006/LT05_L1TP_002072_20060509_20161121_01_T1_B4.TIF"
[5] "L5__002072-09MAY-2006/LT05_L1TP_002072_20060509_20161121_01_T1_B5.TIF" 
[6] "L5__002072-09MAY-2006/LT05_L1TP_002072_20060509_20161121_01_T1_B7.TIF"
[7] "L5_001073_02MAY-2006/LT05_L1TP_001073_20060502_20161122_01_T1_B1.TIF"  
[8] "L5_001073_02MAY-2006/LT05_L1TP_001073_20060502_20161122_01_T1_B2.TIF" 
[9] "L5_001073_02MAY-2006/LT05_L1TP_001073_20060502_20161122_01_T1_B3.TIF"  
[10]"L5_001073_02MAY-2006/LT05_L1TP_001073_20060502_20161122_01_T1_B4.TIF" 
[11]"L5_001073_02MAY-2006/LT05_L1TP_001073_20060502_20161122_01_T1_B5.TIF"  
[12]"L5_001073_02MAY-2006/LT05_L1TP_001073_20060502_20161122_01_T1_B7.TIF" 
[13]"L5_001073_14MAY-1987/LM50010731987134AAA03_B1.TIF"                     
[14]"L5_001073_14MAY-1987/LM50010731987134AAA03_B2.TIF"                    
[15]"L5_001073_14MAY-1987/LM50010731987134AAA03_B3.TIF"                     
[16]"L5_001073_14MAY-1987/LM50010731987134AAA03_B4.TIF"                    
[17]"L8__002072-7MAY-2017/LC08_L1TP_002072_20170507_20170515_01_T1_B1.TIF"  
[18]"L8__002072-7MAY-2017/LC08_L1TP_002072_20170507_20170515_01_T1_B2.TIF" 
[19]"L8__002072-7MAY-2017/LC08_L1TP_002072_20170507_20170515_01_T1_B3.TIF"  
[20]"L8__002072-7MAY-2017/LC08_L1TP_002072_20170507_20170515_01_T1_B4.TIF" 
[21]"L8__002072-7MAY-2017/LC08_L1TP_002072_20170507_20170515_01_T1_B5.TIF"  
[22]"L8__002072-7MAY-2017/LC08_L1TP_002072_20170507_20170515_01_T1_B7.TIF"

Но я не могу найти правильный код для 2 условий:

for (i in all_Landsat){
    if (grep(pattern="+B[123457]\\.tif$", ignore.case=FALSE)){
    stack(i) 
  }
}
Источник

2 ответа

Я не проверял это, но надеюсь, что это работает:

setwd("C:/Users/Landsat")    
a<-list.dirs(getwd(),recursive = FALSE )
flist <- list()
stackfile <- list()
for (i in 1:length(a)){  
    flist[[i]] <-  list.files(a[i], recursive = TRUE, full.names = TRUE, pattern = "tif$")  

    stackfile[[i]] <- stack(flist[[i]])
}
Источник

Спасибо @anup. Я наконец решил проблему с этим кодом. Возвращает список изображений TIF, уложенных в папку.

setwd("C:/Users/Landsat")    
a<-list.dirs(getwd(),recursive = FALSE )

landsat<- apply(a,function (dir){  
    img<-stack(list.files(path=dir,ignore.case= TRUE, 
    pattern="*B[123457]\\.tif$", full.names= TRUE))
})
Источник
Другие вопросы по тегам