"Асимметричная" матрица парных расстояний

Question

Предположим, что нужно сравнить три последовательности: a, b и c. Традиционно результирующая матрица попарных расстояний 3 на 3 является симметричной, что указывает на то, что расстояние от a до b равно расстоянию от b до a.

Мне интересно, если TraMineR предоставляет какой-либо способ для создания асимметричной попарной матрицы расстояния.

Answer 1

Нет, TraMineR не дает "асимметричных" различий именно по причинам, подчеркнутым в комментарии Пэта.

Основной интерес вычисления парных различий между последовательностями заключается в том, что если у нас есть такие различия, мы можем, например,

• измерять расхождение между последовательностями, определять окрестности, находить медоиды,...
• запустить кластерные алгоритмы, самоорганизующиеся карты, MDS, ...
• сделать ANOVA-подобный анализ последовательностей
• выращивать деревья регрессии для последовательностей

Ввод несимметричной матрицы различий в этих процессах, скорее всего, приведет к не относящимся к делу результатам.

Именно из-за этого требования симметрии стоимость замещения, используемая для вычисления расстояний оптимального соответствия, ДОЛЖНА быть симметричной. Важно не интерпретировать затраты на замену как затраты на переключение из одного состояния в другое, но понимать их такими, какие они есть, то есть редактировать затраты. При сравнении двух последовательностей, напримерaabcc а также aadccмы можем сделать их равными либо путем замены произвольно b с d в первом или d с b во втором. Тогда не имело бы смысла не давать одинаковую стоимость для двух замен.

Надеюсь это поможет.