Подавить установку выходов в R

Question

Это действительно начинает меня беспокоить... Я пробовал несколько методов, и, похоже, ни один из них не работает

Я запускаю установку из функции, которая генерирует много ненужных сообщений, которые я хотел бы подавить, но все методы, которые я пытался сделать, не сработали.

Часть кода, которую я пытаюсь подавить: install_github('ROAUth', 'duncantl')требуется пакет devtools быть загруженным заранее.

Во всяком случае, я пытался invisible, capture.output а также sink, ни одна из которых не работает... или, возможно, я не использую их правильно... в любом случае... какие-либо идеи?

Answer 1

suppressMessages отключит некоторые сообщения (те, которые были напечатаны через message), но не все.

Остальные сообщения поступают с закрытого звонка R CMD INSTALL через system2 функция. Я думаю, что это потому, что это вычеркнуто, что все обычные вещи, которые вы пытались (sink, capture.outputи т. д.) не работают. Обратите внимание, что system2 функция приходит с stderr а также stdout аргументы, которые, если обратиться к FALSE отключит все эти сообщения. К несчастью, system2 использования stdout = "" а также stderr = "" по умолчанию, и, кажется, нет возможности получить доступ к этим аргументам через devtools пакет.

Таким образом, один из способов, которым мне удалось запустить без каких-либо сообщений, это временно перезаписать system2 функционировать в базовой среде. Это не особенно элегантно, но работает:

# store a copy of system2
assign("system2.default", base::system2, baseenv())

# create a quiet version of system2
assign("system2.quiet", function(...)system2.default(..., stdout = FALSE,
                                                     stderr = FALSE), baseenv())

# overwrite system2 with the quiet version
assignInNamespace("system2", system2.quiet, "base")

# this is now message-free:
res <- eval(suppressMessages(install_github('ROAUth', 'duncantl'))) 

# reset system2 to its original version
assignInNamespace("system2", system2.default, "base")

Answer 2

Вот еще одна возможность. Преимущество здесь в том, что вам не нужно сбрасывать system2 после звонка install_github: system2 будет продолжать демонстрировать поведение по умолчанию для всех вызовов, кроме тех, которые были инициированы вызовом install_github():

# store a copy of system2
assign("system2.default", base::system2, baseenv())

# create a quiet version of system2
assign("system2.quiet", function(...)system2.default(..., stdout = FALSE,
                                                     stderr = FALSE), baseenv())
# redefine system2 to use system2.quiet if called from "install_github"
assignInNamespace("system2",
    function(...) {
        cls <- sys.calls()
        from_install_github <- 
            any(sapply(cls, "[[", 1) == as.name("install_github"))
        if(from_install_github) {
            system2.quiet(...)
        } else {
            system2.default(...)
        }},
    "base")


## Try it out
library(devtools)
suppressMessages(install_github('ROAUth', 'duncantl'))

Answer 3

Другой метод будет патч devtools функции, так что они позволяют вам передать stdout аргумент system2, Также не очень элегантно, но, возможно, вы могли бы убедить авторов пакета изменить devtools в этом случае. Вот мои залатаны build а также install функции:

library(devtools)

# New functions.
my.install<-function (pkg = ".", reload = TRUE, quick = FALSE, args = NULL, ...) 
{
    pkg <- as.package(pkg)
    message("Installing ", pkg$package)
    devtools:::install_deps(pkg)
    built_path <- devtools:::build(pkg, tempdir(),...) # pass along the stdout arg
    on.exit(unlink(built_path))
    opts <- c(paste("--library=", shQuote(.libPaths()[1]), sep = ""), 
        "--with-keep.source")
    if (quick) {
        opts <- c(opts, "--no-docs", "--no-multiarch", "--no-demo")
    }
    opts <- paste(paste(opts, collapse = " "), paste(args, collapse = " "))
    devtools:::R(paste("CMD INSTALL ", shQuote(built_path), " ", opts, sep = ""),...) # pass along the stdout arg
    if (reload) 
        devtools:::reload(pkg)
    invisible(TRUE)
}

my.build<-function (pkg = ".", path = NULL, binary = FALSE, ...) 
{
    pkg <- as.package(pkg)
    if (is.null(path)) {
        path <- dirname(pkg$path)
    }
    if (binary) {
        cmd <- paste("CMD INSTALL ", shQuote(pkg$path), " --build", 
            sep = "")
        ext <- if (.Platform$OS.type == "windows") 
            "zip"
        else "tgz"
    }
    else {
        cmd <- paste("CMD build ", shQuote(pkg$path), " --no-manual --no-resave-data", 
            sep = "")
        ext <- "tar.gz"
    }
    devtools:::R(cmd, path, ...) # pass along the stdout arg
    targz <- paste(pkg$package, "_", pkg$version, ".", ext, sep = "")
    file.path(path, targz)
}

# Patch package.
unlockBinding("install", as.environment("package:devtools"))
unlockBinding("build", as.environment("package:devtools"))
assignInNamespace('install', my.install, ns='devtools', envir=as.environment("package:devtools"));
assignInNamespace('build', my.build, ns='devtools', envir=as.environment("package:devtools"));
lockBinding("install", as.environment("package:devtools"))
lockBinding("build", as.environment("package:devtools"))

# Run with no messages.
suppressMessages(install_github('ROAUth','duncantl',stdout=NULL))

По сути, вы проходите вдоль ... в трех местах, дважды в install функция, и один раз в build функция.

Answer 4

В случае install.packages, Eсть quietпереключатель, который вы можете включить, чтобы подавить вывод.

Подробнее смотрите в документации install.packages .