Как показать событие произошло между двумя датами в R

Мой вопрос кажется простым, и я надеюсь, что это так.

У меня есть дата-фрейм, в котором указана дата диагноза заболевания, двоичная переменная, указывающая, какое лекарственное средство принимал пациент (или подвергалась воздействию и не подвергавшаяся воздействию группа), дата начала и окончания приема препарата, а также общая дата остановки.

ID    Diag_date    Treatment    End.date    Drug.start    drug.end
1        NA           0         15/03/2002   01/01/2002    01/02/2002
1        NA           1         15/03/2002   01/02/2002    01/03/2002
1        NA           0         15/03/2002   01/03/2002    NA
2    01/04/2002       1         01/05/2002   01/01/2015    01/02/2002
2    01/04/2002       0         01/05/2002   01/02/2002    01/03/2002
2    01/04/2002       0         01/05/2002   01/03/2002    NA

Как видите, дата постановки диагноза не меняется во времени, но даты начала и окончания приема препарата совпадают.

Желательно, чтобы я ответил на два вопроса:

1.) Как я могу передать общий End.date в финал drug.end для каждого ID?

2.) Как создать двоичный столбец, который показывает, происходит ли дата диагностики в интервале между Drug.start а также Drug.end?

Я хочу, чтобы мои окончательные данные выглядели следующим образом:

ID    Diag_date    Treatment    End.Date     Drug.start    Drug.end    Event
1        NA           0         15/03/2002   01/01/2002    01/02/2002   0
1        NA           1         15/03/2002   01/02/2002    01/03/2002   0
1        NA           0         15/03/2002   01/03/2002    15/03/2002   0 
2    01/04/2002       1         01/05/2002   01/01/2015    01/02/2002   0
2    01/04/2002       0         01/05/2002   01/02/2002    01/03/2002   0
2    01/04/2002       0         01/05/2002   01/03/2002    01/05/2002   1

Не у всех есть дата диагноза, потому что не у всех в образце было заболевание. Код, который я написал, выглядит следующим образом:

 for (i in 1:nrow(df)) {
   if ((df$Diag_date[i] >= df$Drug.start[i]) && ( df$Diag_date[i] <= df$Drug.stop[i])) {
df$Event[i] <- 1
} else {
df$Event[i] <- 0
  }
}

ошибка, которую я получаю при запуске этого кода:

missing value where TRUE/FALSE needed

Любая помощь приветствуется.

Источник

3 ответа

Решение

Ты можешь попробовать

library(dplyr)
df1 %>%
    mutate_each(funs(as.Date(., '%d/%m/%Y')), matches('start|end|date')) %>%
     mutate(drug.end= as.Date(ifelse(is.na(drug.end), End.date, 
                         drug.end),origin='1970-01-01'),
    Event= as.integer((Diag_date >= Drug.start & Diag_date<=drug.end) & 
                        !is.na(Diag_date))) #%>%
    #mutate_each(funs(format(., '%d/%m/%Y')), matches('start|end|date'))
 #    ID  Diag_date Treatment   End.date Drug.start   drug.end Event
 #1  1       <NA>         0 2002-03-15 2002-01-01 2002-02-01     0
 #2  1       <NA>         1 2002-03-15 2002-02-01 2002-03-01     0
 #3  1       <NA>         0 2002-03-15 2002-03-01 2002-03-15     0
 #4  2 2002-04-01         1 2002-05-01 2015-01-01 2002-02-01     0
 #5  2 2002-04-01         0 2002-05-01 2002-02-01 2002-03-01     0
 #6  2 2002-04-01         0 2002-05-01 2002-03-01 2002-05-01     1

Как отметил @David Arenburg, лучше сохранять столбцы "date" в качестве класса "Date". Если вам это нужно в формате "символ", просто раскомментируйте последнюю строку и запустите ее.

ПРИМЕЧАНИЕ. Удалено group_by как это было не нужно

Источник

Ее возможно data.table эквивалент

library(data.table)

# Converting to dates
Dates <- names(df)[c(2, 4:6)]
setDT(df)[, (Dates) := lapply(.SD, as.IDate, format = "%d/%m/%Y"), .SDcols = Dates] 

# First question
df[is.na(drug.end), drug.end := End.date] 

# Second question
df[Diag_date >= Drug.start & Diag_date <= drug.end, Event := 1L]
Источник

Ответа Акруна достаточно для решения проблемы. Предлагая более простой код.

A <- read.table("clipboard", header = T)
Dates <- c("Diag_date", "End.date", "Drug.start", "drug.end")


A[,Dates] <- lapply(A[,Dates],function(x) as.Date(x, format = "%d/%m/%Y"))
A$drug.end[is.na(A$drug.end)] <- as.character(A$End.date[is.na(A$drug.end)])
A$Event <- as.numeric((A$Diag_date >= A$Drug.start & A$Diag_date<=A$drug.end) & !is.na(A$Diag_date))
Источник
Другие вопросы по тегам