Как я могу изменить расстояние t-sne в R?

Question

Я пытаюсь использовать T-sne в R, Я хочу использовать dtw вместо евклидова расстояния. Как я могу изменить спецификацию в R?

Выполнение алгоритма на кураторских данных

library(Rtsne)

tsne <- Rtsne(train[,-1], dims = 2, perplexity=30, verbose=TRUE, max_iter = 500)
tSNE
exeTimeTsne<- system.time(Rtsne(train[,-1], dims = 2, perplexity=30, verbose=TRUE, max_iter = 500))

Answer 1

Вы можете предоставить любую матрицу расстояний в Rtsne используя метод по вашему выбору, и установив is_distance флаг TRUE. См. Раздел " Предоставление предварительно рассчитанных расстояний " в?Rtsne для получения дополнительной информации.

library(Rtsne)
library(vegan)

df = data.frame(A = c(4, 11, 17, 0, 2, 4, 8, 10, 2, 4),
                B = c(6, 10, 7, 2, 21, 3, 3, 0, 2, 17),
                C = c(5, 2, 3, 12, 12, 14, 0, 7, 8, 2),
                D = c(7, 16, 24, 18, 31, 8, 2, 21, 3, 13))


bc <- vegdist(df, method = "bray")
tSNE <- Rtsne(bc, is_distance = TRUE, dims = 2, perplexity = 2, verbose = TRUE, max_iter = 500)