Сравните модель подходит для двух GAM

Question

У меня есть матрица Expr со строками, представляющими переменные и образцы столбцов. У меня есть категорический вектор под названием groups (содержит "A","B" или "C") Я хочу проверить, какая из переменных "Expr" может быть объяснена тем фактом, что образец принадлежит group,

Моей стратегией было бы моделирование проблемы с обобщенной аддитивной моделью (с отрицательным биномиальным распределением). И затем я хочу использовать критерий отношения правдоподобия по-разному, чтобы получить значение ap для каждой переменной. Я делаю:

require(VGAM)
m <- vgam(Expr ~ group, family=negbinomial)
m_alternative <- vgam(Expr ~ 1, family=negbinomial)

а потом:

lr <- lrtest(m, m_alternative)

Последний шаг неверен, потому что он проверяет общее отношение правдоподобия двух моделей, а не переменную. Вместо одного значения p я хотел бы получить вектор значений p для каждой переменной.

Как я должен это делать? (Я очень плохо знаком с R, так что прости меня за мою глупость)

Answer 1

Похоже, вы хотите использовать Expr в качестве ваших предикторов. Думаю, вы можете иметь свою формулу в обратном направлении. Ответ должен быть слева, так что я думаю, что это группы в вашем случае.

Если Expr это data.frameВы можете сделать регрессию для всех переменных с

m <- vgam(group ~ ., Expr, family=negbinomial)

Если class(Expr)=="matrix", затем

m <- vgam(group ~ Expr, family=negbinomial)

вероятно, должно сработать, но вы можете просто получить слегка странные метки коэффициентов.