Ошибка при загрузке на bookdown.org

Question

Я пытался загрузить свою книгу на bookdown.org. Через полчаса (мне интересно, почему в RStudio Connect загружено так много файлов) я получил ошибку

2017/10/09 18:46:51.957709974 Quitting from lines 28-38 (wiss-arbeiten.Rmd) 2017/10/09 18:46:51.957825693 Error in loadNamespace(name) : there is no package called 'BiocInstaller' 2017/10/09 18:46:51.957885047 Calls: local ... try_bioc -> suppressMessages -> withCallingHandlers 2017/10/09 18:46:51.958782481 2017/10/09 18:46:51.960108826 Execution halted

Я установил BiocInstaller и повторил попытку несколько раз с тем же сообщением об ошибке.

Чтобы обеспечить репрезентацию, я установил bookdown с нуля и попытался загрузить его. Мне не удалось, но на этот раз с другим сообщением об ошибке:

    2017/10/09 21:52:18.435444168 output file: test-bookdown.knit.md
2017/10/09 21:52:18.435449884
2017/10/09 21:52:19.249176890 Latexmk: -latexoption=-halt-on-error bad option
2017/10/09 21:52:19.249238308 Latexmk: -interaction=batchmode bad option
2017/10/09 21:52:19.249408997
2017/10/09 21:52:19.249413953 Latexmk: Bad options specified
2017/10/09 21:52:19.249436980 Use
2017/10/09 21:52:19.249439476    latexmk -help
2017/10/09 21:52:19.249455810 to get usage information
GET /__api__/tasks/eHORYjLKgZlV4pom?first_status=137 524ms
2017/10/09 21:52:19.644109397
2017/10/09 21:52:19.644123280 Latexmk, John Collins, 7 May 2011. Version 4.24
2017/10/09 21:52:19.647906139 Error: Failed to compile test-bookdown.tex.
2017/10/09 21:52:19.647978929 In addition: Warning message:
2017/10/09 21:52:19.648059206 Your latexmk version seems to be too low. You may need to update the latexmk package or your LaTeX distribution.
2017/10/09 21:52:19.658900711 Please delete test-bookdown.Rmd after you finish debugging the error.
2017/10/09 21:52:19.658977638 Execution halted

но мне кажется, что с моими латексными версиями все в порядке: pdfTeX 3.14159265-2.6-1.40.18 (TeX Live 2017) и Latexmk, Джон Коллинз, 19 января 2017 года. Версия 4.52c

Я использую RStudio версии 1.1.383 и R версии 3.4.2 (2017-09-28) - "Короткое лето", платформа: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-разрядная версия) и bookdown 0.5.4

Есть идеи, что может быть не так?

Answer 1

Этот вопрос был перекрестно размещен по адресу https://github.com/rstudio/bookdown/issues/474 и там решен. Короче говоря, вы использовали bookdown::publish_book(render = "server"), что не очень хорошо поддерживается на данный момент на bookdown.org. Вы должны визуализировать книгу локально и использовать значение по умолчанию bookdown::publish_book(render = "none") вместо.