Заговор lmer приводит к граненому ggplot

Question

Я анализирую некоторые повторные измерения данных испытаний лекарств, и я не уверен, как изобразить результаты lmer при использовании граненых ggplots. Я сделал начальный график отдельных склонов из набора основных данных, но я делаю анализ lmer отдельно по полу.

Используя общедоступные данные, которые имеют только 2 группы лечения по сравнению с четырьмя, которые у меня есть, это воспроизводимый пример ниже. Он использует reshape2, lme4, а также ggplot2 пакеты.

CatAnx <- read.fwf(file=("http://www.stat.ufl.edu/~winner/data/cats_anxiety1.dat"),
               widths=c(-6,2,-5,3,-5,3,-7,1,-7,1,-7,1,-7,1,-7,1,-6,2,-6,2,-6,2,-6,2,-6,2))
colnames(CatAnx) <- c('ID','Weight','Age_Months','Gender','Environment','Origin','Treatment','Result','EmoTime1','EmoTime2',
                  'EmoTime3','EmoTime4','EmoTime5')
library("reshape2")
CatAnxRM <- melt(CatAnx, id.vars=c("ID", "Gender", "Treatment"), measure.vars=c("EmoTime1", "EmoTime2", "EmoTime3",
                                                                            "EmoTime4", "EmoTime5"))
CatAnxRM$Sex <- with(CatAnxRM, ifelse(Gender==1, "Neut Female", ifelse(Gender==2, "Neut Male", "Whole Female")))
CatAnxRM$Time <- with(CatAnxRM, ifelse(variable=="EmoTime1", 1, ifelse(variable=="EmoTime2", 2, ifelse(variable=="EmoTime3", 3,
                                  ifelse(variable=="EmoTime4", 4,5)))))
CatAnxRM.Male <- subset(CatAnxRM, Gender=="2")
library("lme4")
Male.lmer <- lmer(value ~ Treatment * Time + (Time + 1|ID), data=CatAnxRM.Male)
library("ggplot2")
AnxScores<-ggplot(CatAnxRM, aes(Time, value, colour=Sex))+
geom_line(aes(group = ID))+
labs(x="Time Anxiety Measured", y="Anxiety Score", title="Effect of Zylkene on Anxiety")+ 
facet_grid(. ~ Treatment)
AnxScores

Информация о наборе данных здесь.

Как построить правильную итоговую линию от lmer в обоих аспектах, которые отличаются на основе Treatment?

В моем примере из реальной жизни я также буду анализировать женщин, поэтому для каждого аспекта будет построено два набора линий.

Answer 1

Создать фрейм данных (например, lines.df) с перехватом (например, int) и уклон (slo) переменные, где каждая строка df соответствует одному фасету, а затем нанесите поверх графика:

+ geom_abline(aes(intercept = int, slope = slo), data = lines.df)

Answer 2

Не совсем понятно, что вы подразумеваете под "правильной итоговой строкой", но я адаптировал код в этом ответе к вашим данным. Вам нужен этот выход?

newdata <- with(CatAnxRM.Male, expand.grid(Treatment=unique(Treatment),
                                           Time=unique(Time), Sex = unique(Sex),
                                           ID=unique(ID)))

newdata$pred <- predict(Male.lmer, newdata)

p <- ggplot(newdata, aes(x=Time, y=pred, colour=Sex, group=ID))
p + geom_line() + ggtitle("Varying Slopes") + 
    facet_grid(. ~ Treatment)

И получить следующий вывод