ggplot2 & stat_ellipse: рисует эллипсы вокруг нескольких групп точек

Question

Это может быть простым, но я пытаюсь нарисовать эллипсы вокруг моих процедур на моем графике PCoA.

Мой фрейм данных (sc):

             MDS1        MDS2 Treatment
X1xF1 -0.19736183 -0.24299825   1xFlood
X1xF2 -0.17409568 -0.29727596   1xFlood
X1xF3 -0.15272444 -0.28553837   1xFlood
S1    -0.06643271  0.47049959     Start
S2    -0.15143350  0.31152966     Start
S3    -0.26156297  0.12296849     Start
X3xF1  0.29840827  0.04581617  3xFloods
X3xF2  0.50503749 -0.07011503  3xFloods
X3xF3  0.20016537 -0.05488630  3xFloods

и мой код:

ggplot(data=sc,(aes(x=MDS1,y=MDS2,colour = Treatment)))+geom_point(size=3)+
  ggtitle("PCoA of samples at 'class' level(method='Bray')\n",sep=''))+
  theme_bw()+guides(colour = guide_legend(override.aes = list(size=3)))+
  stat_ellipse()

Он строит PCoA нормально до stat_ellipse(). Я пробовал это с различными параметрами, и в лучшем случае я могу получить один эллипс для всего графика (хотя я не могу воспроизвести это сейчас).

То, что я ищу, - это три эллипса CI для трех процедур, окрашенные так же, как и процедуры. Любая помощь будет очень ценится!

Благодарю.

Answer 1

Здесь нет stat_ellipse(...) в ggplot пакет, так что вы, должно быть, получили его откуда-то еще. Заботиться, чтобы поделиться?? Есть как минимум две версии, которые мне известны, здесь и здесь. Кажется, что ни один из них не работает с вашим набором данных, что странно, потому что оба работали с другими наборами данных.

Я наконец остановился на варианте генерации эллипсов извне ggplotчто не так сложно на самом деле.

library(ggplot2)
library(ellipse)
centroids <- aggregate(cbind(MDS1,MDS2)~Treatment,sc,mean)
conf.rgn  <- do.call(rbind,lapply(unique(sc$Treatment),function(t)
  data.frame(Treatment=as.character(t),
             ellipse(cov(sc[sc$Treatment==t,1:2]),
                     centre=as.matrix(centroids[t,2:3]),
                     level=0.95),
             stringsAsFactors=FALSE)))

ggplot(data=sc,(aes(x=MDS1,y=MDS2,colour = Treatment)))+
  geom_point(size=3)+
  geom_path(data=conf.rgn)+
  ggtitle(paste("PCoA of samples at 'class' level(method='Bray')\n",sep=''))+
  theme_bw()+
  guides(colour = guide_legend(override.aes = list(size=3)))