Передача строки в возрасте в agraph.py. Проблема с networkx и pygraphviz
Учитывая этот начальный график:
import networkx as nx
G=nx.MultiGraph()
fromnodes=[0,0,1,1,1,1,1,2,3,4,5,5,5,7,8,9,10]
tonodes=[1,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16]
dupedgeind=0
for x,y in zip(fromnodes,tonodes):
if G.has_edge(x,y):
dupedgeind=dupedgeind+1
G.add_edge(x,y,key=dupedgeind)
else:
dupedgeind=0
G.add_edge(x,y,key=dupedgeind)
Кто-нибудь может воссоздать эту ошибку?
pos=nx.nx_agraph.pygraphviz_layout(G,prog='sfdp')
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "C:\Python27\lib\site-packages\networkx\drawing\nx_agraph.py", line 262, in pygraphviz_layout
A=to_agraph(G)
File "C:\Python27\lib\site-packages\networkx\drawing\nx_agraph.py", line 155, in to_agraph
A.add_edge(u,v,key=str(key),**str_edgedata)
File "C:\Python27\lib\site-packages\pygraphviz\agraph.py", line 484, in add_edge
eh = gv.agedge(self.handle, uh, vh, key, _Action.find)
KeyError: 'agedge: no key'
Эта проблема как-то связана с вызовом функции agege в graphviz, похоже, ей не нравится формат key параметр; когда я меняюсь (строка 480 из agraph.py):
...
eh = gv.agedge(self.handle, uh, vh, key , _Action.create)
...
в
...
eh = gv.agedge(self.handle, uh, vh, "a_string" , _Action.create)
...
это больше не терпит неудачу (но теряет ключевые метки).
Есть ли очевидный способ исправить это (так, чтобы key значения параметров сохраняются) - Ничто, что я пытаюсь, кажется, не работает.
Каковы наиболее разумные последующие шаги отладки?
Отсюда, кажется, что c Функция agege (которую я не вижу в бинарном файле.pyd) имеет следующий формат:
*agedge(Agraph_t *g, Agnode_t *t, Agnode_t *h, char *name, int createflag)
где char *name это ключ.
Я не могу понять, почему он не примет str dtype как в исходной ошибке.
Примечание версии:
networkx - 1.11, pygraphviz - 1.3.1 (устанавливается с http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/) Python 2.7 (32-разрядный - устанавливается через python(x,y)) в Windows 7 (64 бит), GraphViz - 2,38
Я также видел эту проблему, возникающую в следующих вопросах:
ОБНОВЛЕНИЕ 1
Я попытался настроить key ввод в функцию agege для нескольких вариантов массивов символов (например, (ct.c_char_p * len(key))(key) (ct является модулем ctypes) на основе этого). Это изменяет ошибку на:
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "C:\Python27\lib\site-packages\networkx\drawing\nx_agraph.py", line 262, in pygraphviz_layout
A=to_agraph(G)
File "C:\Python27\lib\site-packages\networkx\drawing\nx_agraph.py", line 155, in to_agraph
A.add_edge(u,v,str(key),**str_edgedata)
File "C:\Python27\lib\site-packages\pygraphviz\agraph.py", line 482, in add_edge
eh = gv.agedge(self.handle, uh, vh, (ct.c_char_p * len(key))(key), _Action.create)
TypeError: in method 'agedge', argument 4 of type 'char *'
ОБНОВЛЕНИЕ 2
Я могу заставить его работать (но не возвращать мультиграф), если я делаю это:
В agraph.py заменить линию
eh = gv.agedge(self.handle, uh, vh, key , _Action.create)
с
try:
# new
if key==0:
eh = gv.agedge(self.handle, uh, vh, str(0), _Action.create)
else:
eh = gv.agedge(self.handle, uh, vh, str(1), _Action.create)
Я не знаю, почему просто приведение к строке str(key) не работает.
ОБНОВЛЕНИЕ 3 - РЕДАКТИРОВАТЬ с функцией
Нашел функцию здесь - https://github.com/ellson/graphviz/blob/master/lib/cgraph/edge.c
Agedge_t *agedge(Agraph_t * g, Agnode_t * t, Agnode_t * h, char *name,
int cflag)
{
Agedge_t *e;
IDTYPE id;
int have_id;
have_id = agmapnametoid(g, AGEDGE, name, &id, FALSE);
if (have_id || ((name == NILstr) && (NOT(cflag) || agisstrict(g)))) {
/* probe for pre-existing edge */
Agtag_t key;
key = Tag;
if (have_id) {
key.id = id;
key.objtype = AGEDGE;
} else {
key.id = key.objtype = 0;
}
/* might already exist locally */
e = agfindedge_by_key(g, t, h, key);
if ((e == NILedge) && agisundirected(g))
e = agfindedge_by_key(g, h, t, key);
if (e)
return e;
if (cflag) {
e = agfindedge_by_key(agroot(g), t, h, key);
if ((e == NILedge) && agisundirected(g))
e = agfindedge_by_key(agroot(g), h, t, key);
if (e) {
subedge(g,e);
return e;
}
}
}
ОБНОВЛЕНИЕ 4:
Источник ошибки находится в этом файле pygraphviz, graphviz_wrap.c, строка 3921:
SWIGINTERN PyObject *_wrap_agedge(PyObject *SWIGUNUSEDPARM(self), PyObject *args) {
PyObject *resultobj = 0;
Agraph_t *arg1 = (Agraph_t *) 0 ;
Agnode_t *arg2 = (Agnode_t *) 0 ;
Agnode_t *arg3 = (Agnode_t *) 0 ;
char *arg4 = (char *) 0 ;
int arg5 ;
void *argp1 = 0 ;
int res1 = 0 ;
void *argp2 = 0 ;
int res2 = 0 ;
void *argp3 = 0 ;
int res3 = 0 ;
int res4 ;
char *buf4 = 0 ;
int alloc4 = 0 ;
int val5 ;
int ecode5 = 0 ;
PyObject * obj0 = 0 ;
PyObject * obj1 = 0 ;
PyObject * obj2 = 0 ;
PyObject * obj3 = 0 ;
PyObject * obj4 = 0 ;
Agedge_t *result = 0 ;
if (!PyArg_ParseTuple(args, char*)"OOOOO:agedge",&obj0,&obj1,&obj2,&obj3,&obj4)) SWIG_fail;
res1 = SWIG_ConvertPtr(obj0, &argp1,SWIGTYPE_p_Agraph_t, 0 | 0 );
if (!SWIG_IsOK(res1)) {
SWIG_exception_fail(SWIG_ArgError(res1), "in method '""agedge" "', argument " "1"" of type '" "Agraph_t *""'");
}
arg1 = (Agraph_t *)(argp1);
res2 = SWIG_ConvertPtr(obj1, &argp2,SWIGTYPE_p_Agnode_t, 0 | 0 );
if (!SWIG_IsOK(res2)) {
SWIG_exception_fail(SWIG_ArgError(res2), "in method '" "agedge" "', argument " "2"" of type '" "Agnode_t *""'");
}
arg2 = (Agnode_t *)(argp2);
res3 = SWIG_ConvertPtr(obj2, &argp3,SWIGTYPE_p_Agnode_t, 0 | 0 );
if (!SWIG_IsOK(res3)) {
SWIG_exception_fail(SWIG_ArgError(res3), "in method '" "agedge" "', argument " "3"" of type '" "Agnode_t *""'");
}
arg3 = (Agnode_t *)(argp3);
res4 = SWIG_AsCharPtrAndSize(obj3, &buf4, NULL, &alloc4);
if (!SWIG_IsOK(res4)) {
SWIG_exception_fail(SWIG_ArgError(res4), "in method '" "agedge" "', argument " "4"" of type '" "char *""'");
}
arg4 = (char *)(buf4);
ecode5 = SWIG_AsVal_int(obj4, &val5);
if (!SWIG_IsOK(ecode5)) {
SWIG_exception_fail(SWIG_ArgError(ecode5), "in method '" "agedge" "', argument " "5"" of type '" "int""'");
}
arg5 = (int)(val5);
{
result = (Agedge_t *)agedge(arg1,arg2,arg3,arg4,arg5);
if (!result) {
PyErr_SetString(PyExc_KeyError,"agedge: no key");
return NULL;
}
}
resultobj = SWIG_NewPointerObj(SWIG_as_voidptr(result), SWIGTYPE_p_Agedge_t, 0 | 0 );
if (alloc4 == SWIG_NEWOBJ) free((char*)buf4);
return resultobj;
fail:
if (alloc4 == SWIG_NEWOBJ) free((char*)buf4);
return NULL;
}
Или, это в этом, graphviz.i, строка 68.
В любом случае, похоже, что строка ошибки "agege: no key" возвращается, если agedge не получается по любой причине... Возможно, это как-то связано с SWIG.
3 ответа
Попробуйте изменить имя переменной с "ключ" на что-то еще, например, "temp_key". Я имею в виду, что возможно, что вы (или любой ранее импортированный модуль) объявили переменную "key" нестрокового типа перед...?
Видимо, если работает:
eh = gv.agedge(self.handle, uh, vh, key , _Action.create)
не работает, но работает:
eh = gv.agedge(self.handle, uh, vh, "key" , _Action.create)
без проблем, это может относиться только к типу переменной "ключ".. вы пробовали это:
eh = gv.agedge(self.handle, uh, vh, str(key) , _Action.create)
или жеeh = gv.agedge(self.handle, uh, vh, unicode(key) , _Action.create)
Интеграция str()/unicode() в ваш оригинальный код дает:
import networkx as nx
G=nx.MultiGraph()
fromnodes=[0,0,1,1,1,1,1,2,3,4,5,5,5,7,8,9,10]
tonodes=[1,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16]
dupedgeind=0
for x,y in zip(fromnodes,tonodes):
if G.has_edge(x,y):
dupedgeind=dupedgeind+1
G.add_edge(x,y,key=str(dupedgeind))
#G.add_edge(x,y,key=unicode(dupedgeind))
else:
dupedgeind=0
G.add_edge(x,y,key=str(dupedgeind))
#G.add_edge(x,y,key=unicode(dupedgeind))
оба (версия str и unicode) отлично работает в Linux.
С наилучшими пожеланиями
Моя среда Python2.7 32-разрядная в Windows 7 64-разрядная, и я делаю проект, который использует pygraphviz/graphviz для рисования FSM. Во время использования я тоже сталкивался с такой же ошибкой
KeyError: 'agege: нет ключа'
В этом проекте есть закрытая проблема, в которой говорится, что ошибка появляется только при переходах, где состояние источника совпадает с состоянием назначения. Или, проще говоря, когда государство указывает на себя.
Я могу подтвердить, что я получаю ошибку, когда есть состояния, указывающие на себя, в то время как если я создаю график, у которого нет таких переходов, он работает и правильно генерирует файл изображения (.png) в моем случае.
https://github.com/tyarkoni/transitions/issues/133
PS Я не думаю, что это требует полного ответа, потому что это не полное решение. Но, к сожалению, мне не хватает очков репутации, чтобы комментировать.
Что сработало для меня: установить атрибутstrict=Falseна графике.
pygraphviz.AGraph(
directed=True,
strict=False,
)
Этот атрибут pygraphviz упоминается вadd_edgeдокументация метода :
Необязательный аргумент ключа позволяет назначить ключ краю. Это особенно полезно для различения параллельных ребер в многореберных графах (строгое =False).
Сообщение об ошибке «age: no key» не может быть более вводящим в заблуждение...