TopHat 2, похоже, не распознает или не использует назначенный каталог вывода

Question

Я пытаюсь настроить конвейер анализа данных в TopHat. По какой-то причине я не могу заставить программу использовать мой назначенный выходной каталог. Я пробовал следующие команды:

--output-dir "/path" \
--output-dir /path \
-o "/path" \
-o /path \

Тем не менее, все файлы продолжают записываться в./tophat_out

Кто-нибудь сталкивался с подобной проблемой?

Answer 1

Я тоже столкнулся с этой проблемой, указав все опции, прежде чем файлы генома и последовательности решат эту проблему.