Intruments Call Tree - битая смесь R, C++ и Fortran

Я пытаюсь профилировать функцию OpenMx, R-пакета, содержащего код C++ и Fortran, для процессорного времени. Моя операционная система - OS X 10.10. Я прочитал раздел по этой теме в руководстве по R. Этот раздел и этот пост заставляют меня попробовать инструменты. Вот что я сделал

  1. Открытые инструменты
  2. Выберите шаблон Time Profiler
  3. Прессованная запись
  4. Запустил мой R скрипт с использованием RStudio

Я получаю следующий вывод: Выход инструментов, Образец инструмента командной строки возвращает тот же результат.

Проблема в том, что это выглядит omxunsafedgemm_ будет вызван непосредственно из основного потока. Однако это низкоуровневая функция Фортрана. Он всегда вызывается функцией C++, называемой omxDGEMM, В этом примере omxDGEMM сначала вызывается omxCallRamExpection (так почти в нижней части дерева вызовов). Общее время omxDGEMM равно 0. Таким образом, информация профилирования в настоящее время бесполезна.

В оригинальной версии пакета omxDGEMM определяется как встроенный. Я изменил это в надежде, что это решит проблему. Это был не тот случай. omxunsafedgemm называется omxDGEMM как это

F77_CALL(omxunsafedgemm)(&transa, &transb,
                        &(nrow), &(ncol), &(nmid),
                        &alpha, a->data, &(a->leading), 
                        b->data, &(b->leading),&beta, result->data, &(result->leading));

Есть идеи, как получить разумный вывод профилировщика?

Источник

2 ответа

Решение

Эта проблема вызвана -O2 флаг компилятора gfortran, который R использует по умолчанию. -O2 флаг включает все этапы оптимизации, которые -O1 flag enable и многое другое (см. руководство по gcc, стр. 98). Один из флагов оптимизации, который -O1 Флаги позволяют это -fomit-frame-pointer, Инструментам нужны указатели фрейма, чтобы знать родителя фрейма вызова (см. Этот разговор).

Таким образом, изменяя

FFLAGS = -g -O2 $(LTO) в

FFLAGS = -g -O2 -fno-omit-frame-pointer $(LTO)

в ${R_HOME}/etc/Makeconf решает проблему. Для меня R_HOME=/Library//Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources

Просто опуская -O2 также решает проблему, но делает OpenMx значительно медленнее (в моем случае 200 против 30 секунд).

Источник

Если бинарный файл OpenMx поступил с веб-сайта OpenMx через getOpenMx.R, то он был бы скомпилирован с помощью gcc/gfortran. Если бы он пришел из CRAN, он был бы скомпилирован с компиляторами OS X LLVM и т. Д. (Но ему не хватало бы параллельных вычислений, потому что OpenMP не совместим с LLVM). Таким образом, вы можете попробовать другой двоичный файл, чтобы увидеть, лучше ли теги для профилирования. Пожалуйста, дайте нам знать, какую версию вы использовали и помогла ли смена версии.

Источник
Другие вопросы по тегам