Получение пути R-скрипта

Question

Есть ли способ программно найти путь к сценарию R внутри самого сценария?

Я спрашиваю об этом, потому что у меня есть несколько сценариев, которые используют RGtk2 и загрузите графический интерфейс из файла.glade.

В этих сценариях я обязан поставить setwd("path/to/the/script") инструкция в начале, иначе файл.glade (который находится в том же каталоге) не будет найден.

Это нормально, но если я перенесу сценарий в другой каталог или на другой компьютер, мне придется изменить путь. Я знаю, это не имеет большого значения, но было бы неплохо иметь что-то вроде:

setwd(getScriptPath())

Итак, существует ли подобная функция?

Answer 1

Использование source("yourfile.R", chdir = T)

Answer 2

Это работает для меня:

getSrcDirectory(function(x) {x})

Это определяет анонимную функцию (которая ничего не делает) внутри скрипта, а затем определяет исходный каталог этой функции, который является каталогом, в котором находится скрипт.

Answer 3

Только для RStudio:

setwd(dirname(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path))

Это работает при запуске ning или Sourceing вашего файла.

Answer 4

Используйте неявный аргумент "--file" в Rscript

При вызове сценария с использованием "Rscript" ( Rscript doc) полный путь к сценарию указывается в качестве системного параметра. Следующая функция использует это для извлечения каталога скриптов:

getScriptPath <- function(){
    cmd.args <- commandArgs()
    m <- regexpr("(?<=^--file=).+", cmd.args, perl=TRUE)
    script.dir <- dirname(regmatches(cmd.args, m))
    if(length(script.dir) == 0) stop("can't determine script dir: please call the script with Rscript")
    if(length(script.dir) > 1) stop("can't determine script dir: more than one '--file' argument detected")
    return(script.dir)
}

Answer 5

Если вы упаковываете свой код в пакет, вы всегда можете запросить части каталога пакета.
Вот пример из пакета RGtk2:

> system.file("ui", "demo.ui", package="RGtk2")
[1] "C:/opt/R/library/RGtk2/ui/demo.ui"
> 

Вы можете сделать то же самое с каталогом inst/glade/ в ваших источниках, которые станут каталогом glade/ в установленном пакете - и system.file() вычислит путь для вас после установки, независимо от ОС.

Answer 6

Этот ответ хорошо работает для меня:

script.dir <- dirname(sys.frame(1)$ofile)

Примечание: сценарий должен быть получен, чтобы вернуть правильный путь

Я нашел это в: https://support.rstudio.com/hc/communities/public/questions/200895567-can-user-obtain-the-path-of-current-Project-s-directory-

Но я все еще не понимаю, что такое sys.frame(1)$ofile. Я не нашел ничего об этом в документации R. Кто-то может это объяснить?

Answer 7

#' current script dir
#' @param
#' @return
#' @examples
#' works with source() or in RStudio Run selection
#' @export
z.csd <- function() {
    # http://stackru.com/questions/1815606/rscript-determine-path-of-the-executing-script
    # must work with source()
    if (!is.null(res <- .thisfile_source())) res
    else if (!is.null(res <- .thisfile_rscript())) dirname(res)
    # http://stackru.com/a/35842176/2292993  
    # RStudio only, can work without source()
    else dirname(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path)
}
# Helper functions
.thisfile_source <- function() {
    for (i in -(1:sys.nframe())) {
        if (identical(sys.function(i), base::source))
            return (normalizePath(sys.frame(i)$ofile))
    }

    NULL
}
.thisfile_rscript <- function() {
    cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
    cmdArgsTrailing <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
    cmdArgs <- cmdArgs[seq.int(from=1, length.out=length(cmdArgs) - length(cmdArgsTrailing))]
    res <- gsub("^(?:--file=(.*)|.*)$", "\\1", cmdArgs)

    # If multiple --file arguments are given, R uses the last one
    res <- tail(res[res != ""], 1)
    if (length(res) > 0)
        return (res)

    NULL
}

Answer 8

Я нашел то, что работает для меня. setwd(dirname(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path))

Answer 9

Многим из этих решений уже несколько лет. Хотя некоторые из них могут работать, есть веские причины не использовать каждый из них (см. Связанный источник ниже). У меня есть лучшее решение (тоже из источника): используйтеhere библиотека.

Исходный пример кода:

library(ggplot2)
setwd("/Users/jenny/cuddly_broccoli/verbose_funicular/foofy/data")
df <- read.delim("raw_foofy_data.csv")

Исправленный код

library(ggplot2)
library(here)

df <- read.delim(here("data", "raw_foofy_data.csv"))

Это решение является наиболее динамичным и надежным, потому что оно работает независимо от того, используете ли вы командную строку, RStudio, вызываете ли вы из сценария R и т. Д. Оно также чрезвычайно просто в использовании и является лаконичным.

Источник: https://www.tidyverse.org/articles/2017/12/workflow-vs-script/

Answer 10

В моем случае мне нужен был способ скопировать исполняемый файл для резервного копирования исходного скрипта вместе с его выходными данными. Это относительно важно в исследованиях. Что сработало для меня при запуске моего скрипта в командной строке, так это смесь других представленных здесь решений, которые выглядят так:

library(scriptName)
file_dir <- paste0(gsub("\\", "/", fileSnapshot()$path, fixed=TRUE))
file.copy(from = file.path(file_dir, scriptName::current_filename()) ,
          to = file.path(new_dir, scriptName::current_filename()))

В качестве альтернативы, можно добавить к имени файла дату и наш, чтобы помочь отличить этот файл от источника следующим образом:

file.copy(from = file.path(current_dir, current_filename()) ,
          to = file.path(new_dir, subDir, paste0(current_filename(),"_", Sys.time(), ".R")))

Answer 11

Я знаю, что этот вопрос устарел на данный момент, но я хотел бы ответить, потому что я сделал пакет для решения этой проблемы. Он называется «this.path» и доступен в CRAN, поэтому его можно установить, как и любой другой пакет, используя: install.packages («this.path»)

Он должен получить имя файла исполняемого скрипта при запуске R из RStudio, RGui, командной строки / / терминала (Rscript) и при использовании «источника».

Answer 12

Ни одно из решений, представленных до сих пор, не работает во всех обстоятельствах. Хуже того, многие решения используют , и, таким образом, ломают код, который ожидает, что рабочий каталог будет рабочим каталогом ,  то есть кодом, который выбрал пользователь кода (я понимаю, что вопрос касается setwd()но это не меняет того факта, что это вообще плохая идея).

R просто не имеет встроенного способа определить путь к текущему фрагменту кода.

Чистое решение требует систематического способа управления непакетным кодом. Это то, что делает «коробка» . С помощью «box» каталог, относящийся к текущему выполняемому коду, можно найти тривиально:

      box::file()

Однако цель «коробки» не в этом; это просто побочный эффект того, что он на самом деле делает: он реализует правильную современную модульную систему для R. Это включает в себя организацию кода в (вложенных) модулях и, следовательно, возможность загружать код из модулей относительно текущего кода.

Чтобы загрузить код с «коробкой», вы бы не использовали, например source(file.path(box::file(), 'foo.r')). Вместо этого вы должны использовать

      box::use(./foo)

Однако, box::file()по-прежнему полезен для поиска данных (например, вариант использования OP). Так, например, чтобы найти файл mygui.gladeиз текущего пути модуля, вы бы написали.

      glade_path = box::file('mygui.glade')

И (пока вы используете «коробочные» модули) это всегда работает, не требует никаких хаков и не использует setwd.

Answer 13

Спасибо за функцию, хотя мне пришлось немного ее настроить, как показано ниже (W10):

#Windows Command Prompt Commands
if(win==1){
  file_path<-shell('dir file_name', intern = TRUE)
  file_path<-file_path[4]
  file_path<-gsub(" Verzeichnis von ","",file_path)
  file_path<-chartr("\\","/",file_path)
  data_directory<-file_path
}

Answer 14

Как насчет использования системных команд и команд оболочки? С Windows One, я думаю, что когда вы открываете скрипт в RStudio, он устанавливает текущий каталог оболочки в каталог скрипта. Возможно, вам придется добавить cd C:\ например или любой диск, который вы хотите найти (например, shell('dir C:\\* имя_файла /s', intern = TRUE) - \\ для экранирования escape-символа). Будет работать только для файлов с уникальными именами, если вы не укажете дополнительные подкаталоги (для Linux я начал поиск с /). В любом случае, если вы знаете, как найти что-то в оболочке, это обеспечивает компоновку, чтобы найти это в R и вернуть каталог. Должно работать, независимо от того, используете ли вы скрипт или запускаете скрипт, но я не полностью изучил потенциальные ошибки.

#Get operating system
OS<-Sys.info()
win<-length(grep("Windows",OS))
lin<-length(grep("Linux",OS))

#Find path of data directory
#Linux Bash Commands
if(lin==1){
  file_path<-system("find / -name 'file_name'", intern = TRUE)
  data_directory<-gsub('/file_name',"",file_path)
}
#Windows Command Prompt Commands
if(win==1){
  file_path<-shell('dir file_name /s', intern = TRUE)
  file_path<-file_path[4]
  file_path<-gsub(" Directory of ","",file_path)
  filepath<-gsub("\\\\","/",file_path)
  data_directory<-file_path
}

#Change working directory to location of data and sources  
setwd(data_directory)