Невозможно установить Networkit с помощью sudo pip3 установить networkit

Question

Невозможно установить Networkit с помощью sudo pip3 установить networkit

Я пытался установить Networkit с помощью sudo pip3 установить networkit, как описано на их сайте, но я получаю эту ошибку!

Collecting networkit
  Downloading networkit-4.1.1.tar.gz (936kB)
    100% |████████████████████████████████| 942kB 1.6MB/s 
Installing collected packages: networkit
  Running setup.py install for networkit ... error
    Complete output from command /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/bin/python3.5 -u -c "import setuptools, tokenize;__file__='/private/tmp/pip-build-p2tcuarv/networkit/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /tmp/pip-ac3b1wc7-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile:
    /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/lib/python3.5/site-packages/Cython/Distutils/old_build_ext.py:30: UserWarning: Cython.Distutils.old_build_ext does not properly handle dependencies and is deprecated.
      "Cython.Distutils.old_build_ext does not properly handle dependencies "
    running install
    running build
    running build_py
    creating build
    creating build/lib.macosx-10.6-intel-3.5
    creating build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit
    copying networkit/__init__.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit
    copying networkit/algebraic.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit
    copying networkit/centrality.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit
    copying networkit/clique.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit
    copying networkit/coarsening.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit
    copying networkit/coloring.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit
    copying networkit/community.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit
    copying networkit/components.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit
    copying networkit/correlation.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit
    copying networkit/distance.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit
    copying networkit/dynamic.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit
    copying networkit/engineering.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit
    copying networkit/flow.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit
    copying networkit/generators.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit
    copying networkit/GEXFIO.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit
    copying networkit/globals.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit
    copying networkit/graph.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit
    copying networkit/graphio.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit
    copying networkit/GraphMLIO.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit
    copying networkit/linkprediction.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit
    copying networkit/matching.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit
    copying networkit/nxadapter.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit
    copying networkit/partitioning.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit
    copying networkit/plot.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit
    copying networkit/sampling.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit
    copying networkit/scd.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit
    copying networkit/simulation.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit
    copying networkit/sparsification.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit
    copying networkit/stats.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit
    copying networkit/stopwatch.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit
    copying networkit/structures.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit
    copying networkit/viztasks.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit
    copying networkit/workflows.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit
    creating build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/gephi
    copying networkit/gephi/__init__.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/gephi
    copying networkit/gephi/csv.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/gephi
    copying networkit/gephi/pyclient.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/gephi
    copying networkit/gephi/streaming.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/gephi
    creating build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/profiling
    copying networkit/profiling/__init__.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/profiling
    copying networkit/profiling/job.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/profiling
    copying networkit/profiling/multiprocessing_helper.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/profiling
    copying networkit/profiling/plot.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/profiling
    copying networkit/profiling/profiling.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/profiling
    copying networkit/profiling/stat.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/profiling
    creating build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/test
    copying networkit/test/__init__.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/test
    copying networkit/test/test_algorithms.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/test
    copying networkit/test/test_community.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/test
    copying networkit/test/test_graphio.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/test
    copying networkit/test/test_sparsification.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/test
    creating build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/test/extension
    copying networkit/test/extension/__init__.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/test/extension
    copying networkit/test/extension/test.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/test/extension
    creating build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/test/gephi
    copying networkit/test/gephi/__init__.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/test/gephi
    creating build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/profiling/html
    copying networkit/profiling/html/measure.html -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/profiling/html
    copying networkit/profiling/html/overlay.html -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/profiling/html
    copying networkit/profiling/html/profile.html -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/profiling/html
    copying networkit/profiling/html/profiling.css -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/profiling/html
    copying networkit/profiling/html/profiling.js -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/profiling/html
    creating build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/profiling/latex
    copying networkit/profiling/latex/measure.tex -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/profiling/latex
    copying networkit/profiling/latex/profile.tex -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/profiling/latex
    creating build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/profiling/description
    copying networkit/profiling/description/descriptions.txt -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/profiling/description
    running build_ext
    initializing NetworKit compilation with: scons --optimize=Opt --target=Core -j8 --compiler=g++-4.8 --std=c++11
    scons: Reading SConscript files ...
    scons: done reading SConscript files.
    scons: Building targets ...
    g++-4.8 -o .buildOpt/algebraic/AdjacencyMatrix.o -c -std=c++11 -Wall -c -fmessage-length=0 -fPIC -fopenmp -O3 -DNDEBUG -DLOG_LEVEL=LOG_LEVEL_INFO networkit/cpp/algebraic/AdjacencyMatrix.cpp
    g++-4.8 -o .buildOpt/algebraic/CSRMatrix.o -c -std=c++11 -Wall -c -fmessage-length=0 -fPIC -fopenmp -O3 -DNDEBUG -DLOG_LEVEL=LOG_LEVEL_INFO networkit/cpp/algebraic/CSRMatrix.cpp
    g++-4.8 -o .buildOpt/algebraic/DenseMatrix.o -c -std=c++11 -Wall -c -fmessage-length=0 -fPIC -fopenmp -O3 -DNDEBUG -DLOG_LEVEL=LOG_LEVEL_INFO networkit/cpp/algebraic/DenseMatrix.cpp
    g++-4.8 -o .buildOpt/algebraic/DiagonalMatrix.o -c -std=c++11 -Wall -c -fmessage-length=0 -fPIC -fopenmp -O3 -DNDEBUG -DLOG_LEVEL=LOG_LEVEL_INFO networkit/cpp/algebraic/DiagonalMatrix.cpp
    g++-4.8 -o .buildOpt/algebraic/IncidenceMatrix.o -c -std=c++11 -Wall -c -fmessage-length=0 -fPIC -fopenmp -O3 -DNDEBUG -DLOG_LEVEL=LOG_LEVEL_INFO networkit/cpp/algebraic/IncidenceMatrix.cpp
    g++-4.8 -o .buildOpt/algebraic/LaplacianMatrix.o -c -std=c++11 -Wall -c -fmessage-length=0 -fPIC -fopenmp -O3 -DNDEBUG -DLOG_LEVEL=LOG_LEVEL_INFO networkit/cpp/algebraic/LaplacianMatrix.cpp
    g++-4.8 -o .buildOpt/algebraic/Matrix.o -c -std=c++11 -Wall -c -fmessage-length=0 -fPIC -fopenmp -O3 -DNDEBUG -DLOG_LEVEL=LOG_LEVEL_INFO networkit/cpp/algebraic/Matrix.cpp
    g++-4.8 -o .buildOpt/algebraic/NormalizedLaplacianMatrix.o -c -std=c++11 -Wall -c -fmessage-length=0 -fPIC -fopenmp -O3 -DNDEBUG -DLOG_LEVEL=LOG_LEVEL_INFO networkit/cpp/algebraic/NormalizedLaplacianMatrix.cpp
    /var/tmp//ccFjDjJZ.s:17:expecting string instruction after `rep'
    /var/tmp//ccFjDjJZ.s:56:expecting string instruction after `rep'
    scons: *** [.buildOpt/algebraic/DenseMatrix.o] Error 1
    /var/tmp//cch6WQOj.s:17:expecting string instruction after `rep'
    /var/tmp//cch6WQOj.s:56:expecting string instruction after `rep'
    /var/tmp//cch6WQOj.s:3864:expecting string instruction after `rep'
    /var/tmp//cch6WQOj.s:3869:expecting string instruction after `rep'
    scons: *** [.buildOpt/algebraic/Matrix.o] Error 1
    /var/tmp//ccjOB51r.s:17:expecting string instruction after `rep'
    scons: *** [.buildOpt/algebraic/CSRMatrix.o] Error 1
    scons: building terminated because of errors.
    scons returned an error, exiting setup.py

    ----------------------------------------
Command "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/bin/python3.5 -u -c "import setuptools, tokenize;__file__='/private/tmp/pip-build-p2tcuarv/networkit/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /tmp/pip-ac3b1wc7-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile" failed with error code 1 in /private/tmp/pip-build-p2tcuarv/networkit/

1

python networkit

Источник

user7096758 31 окт '16 в 19:21

1 ответ

Другие вопросы по тегам python networkit

user7140427 13 ноя '16 в 10:44 2016-11-13 10:44 · Answer 1 · 2016-11-13 10:44

Вероятно, это связано с тем, что вы используете OSX. У меня НАГРУЗКА проблем с этим. Это общая проблема с NetworKit, что установка вызывает много странных проблем для MacOSX.

Попробуйте следовать этим советам или посмотрите, что я сделал, чтобы решить вашу проблему.

используйте флаг ARCHFLAGS="-arch x86_64" --- это было известно, чтобы исправить некоторые настройки конфигурации Mac
используйте компилятор c/ C++ gcc-4 (я рекомендую gcc 4.8, но с 4.9 все должно быть в порядке) --- ОБНОВЛЕНИЕ. Я успешно следовал этому руководству, используя gcc-6 [моя версия: Homebrew gcc 6.2.0 --without-multilib], поэтому, если вы хотите использовать gcc-6, все должно быть в порядке. ---
убедитесь, что у вас есть все зависимости
использовать современный python3 (например, самый новый 3.5)

Вот возможное пошаговое руководство, которое может вам помочь.

Шаг 1: Убедитесь, что у вас установлен gcc-4.8 или gcc-4.9 и установлен современный python3: например:

$ gcc-4.8 --version
gcc-4.8 (Homebrew gcc48 4.8.5) 4.8.5 ....
$ python3 --version
Python 3.5.2

((Если они не установлены, я рекомендую использовать homebrew для установки с помощью

$ brew install gcc48  # installs gcc-4.8 and g++-4.8

)

Если вам нужен homebrew, посмотрите http://brew.sh/ или просто запустите:

$ /usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"

)

Шаг 2: Отредактируйте ваши скрипты.profile или.bash_profile у себя дома (~), чтобы в вашем терминале были полезные настройки для установки NetworKit. Например:

Dir$ echo $HOME  # Check what this is set to -- it should be similar for you
/Users/GFenn
Dir$ echo ~  # this should be the same as above
/Users/GFenn
Dir$ cd
~$ nano .profile #[or use "vim" or "echo >> " if you prefer]

##WHILE IN .profile (or whatever), ADD THE FOLLOWING LINES AT THE END
# Temporary configurations to help install NetworKit
CC="gcc-4.8"
CXX="g++-4.8"
ARCHFLAGS="-arch x86_64"
alias gcc="gcc-4.8"
alias g++="g++4.8"
##WHEN NETWORKIT IS INSTALLED, YOU CAN DELETE THESE LINES OR COMMENT OUT WITH #s

Шаг 3: Загрузите эти настройки. Легко - просто закройте и снова откройте свой терминал

$ exit

Шаг 4: Установите зависимые или полезные модули python3:

 $ sudo pip3 install pandas seaborn scipy numpy matplotlib tabulate networkx cython sklearn ipython

(Если у вас уже есть эти модули, вам не нужно беспокоиться: но если вы хотите быть уверены, что у вас есть свежие модули:

$ sudo pip3 install --upgrade --force-reinstall pandas seaborn scipy numpy matplotlib tabulate networkx cython sklearn ipython

)

Шаг 5: Загрузите исходный код. [Я нашел, что это помогло лучше, чем pip3: но если вы хотите, попробуйте сначала простой метод $ sudo pip3 install networkit!]

EITHER: Go to https://networkit.iti.kit.edu/get_started.html and scroll to "Build NetworKit from Source" and loop for the source code download
OR: just open https://networkit.iti.kit.edu/uploads/NetworKit.zip to download [works as of 13th Nov 2016]

(Загрузка должна занять 2-5 минут)

Шаг 6: Установка. (информация основана на советах из https://networkit.iti.kit.edu/get_started.html -> Сборка NetworKit из источника -> Сборка NetworKit)

$ cd ~/Downloads
$ open NetworKit.zip #[if you need to unzip to source code]
$ cd NetworKit #[switch to the top folder of NetworKit]
$ sudo python3 setup.py build_ext --inplace #[run the script setup.py]

(Шаг 6 должен занять 5-10 минут.)

Шаг 7: посмотрите, сработало ли это. Закройте терминал снова (например, нажмите "Выйти из терминала" или запустите "$ exit"). Откройте заново и вернитесь в каталог ~/Downloads/NetworKit. Например, для меня у меня есть следующее:

$ python3
[GCC 4.2.1 Compatible Apple LLVM 8.0.0 (clang-800.0.38)] on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import networkit
/usr/local/lib/python3.5/site-packages/IPython/html.py:14: ShimWarning: The `IPython.html` package has been deprecated. You should import from `notebook` instead. `IPython.html.widgets` has moved to `ipywidgets`.
  "`IPython.html.widgets` has moved to `ipywidgets`.", ShimWarning)
>>> G = networkit.Graph(5)
>>> G.addEdge(0,1)
<_NetworKit.Graph object at 0x11405f1b0>
>>> G.toString()
b'Graph(name=G#3, n=5, m=1)'
>>> G.nodes()
[0, 1, 2, 3, 4]
>>> G.edges()
[(1, 0)]
>>> G.neighbors(3)
[]
>>> from networkit.generators import BarabasiAlbertGenerator
>>> g = BarabasiAlbertGenerator(5, 50, 8).generate()
>>> g.nodes()
[0, 1, 2, ...., 49]
>>> g.neighbors(5)
[4, 6, 21, 31, 38, 47]  # Will probably be different for you.
>>> quit()
$

Если кажется, что все работает выше. Поздравляю. Если нет, извините.. это не просто установить такие вещи! Надеемся, что некоторые из приведенных выше советов будут полезны в вашем окончательном решении о том, как его установить.

Шаг 8: Подтвердите местоположение. После успешного выполнения шага 7 я обнаружил, что модуль расположен неправильно. Чтобы увидеть, есть ли у вас такая же проблема, перейдите в новый каталог и повторите шаг 7. Например, следующее вызывает ошибки импорта для меня:

$ cd ~
$ python3
>>> import networkit
ImportErrors..

Чтобы исправить это. Вам нужно переместить весь каталог NetworKit в хорошее место, где Python3 может его найти. Вы можете переместить его в

/usr/local/lib/python3.5/site-packages/

что является одним из мест, где python3 ищет модули. Если вы используете этот метод, вы должны добавить /usr/local/lib/python3.5/site-packages/networkit к PYTHONPATH, используя:

$ export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:/usr/local/lib/python3.5/site-packages/networkit  # To make this change permanent, add this line to your ~/.profile file.

Однако мой рекомендуемый метод для выполнения шага 8 заключается в следующем:

- $ mkdir ~/Documents/MyPython3Modules   # create a place to save your own built modules -- you can do this step with the Finder app too
- copy/drag the NetworKit folder (~/Downloads/NetworKit) to the new MyPython3Modules folder. I found this is easier with the Finder.
- edit your .profile file from the Terminal
~$ nano .profile  # or .bash_profile or whatever
##Add the following lines
export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:~/Documents/MyPython3Modules  # Now any module import statements will look here too.
export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:~/Documents/MyPython3Modules/NetworKit   
# or replace '~' with '/Users/GFenn' or whatever
$

(Причиной второго дополнения PYTHONPATH является то, что NetworKit - это каталог с вещами, с фактическим модулем networkit внутри него [и он вызывает объекты в NetworKit, так что вы не можете просто переместить networkit вместо всего NetworKit]!)

Шаг 9: подтвердите успех. Закройте терминал снова и снова откройте. Перейдите в новый каталог от загрузок и от MyPython3Modules и посмотрите:

$ cd ~
$ cd Documents/Junk_dir  # Junk_dir is a boring folder in Documents
$ python3
>>> import networkit
/usr/local/Cellar/python3/3.5.2_3/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/lib/python3.5/site-packages/IPython/html.py:14: ShimWarning: The `IPython.html` package has been deprecated. You should import from `notebook` instead. `IPython.html.widgets` has moved to `ipywidgets`.
 "`IPython.html.widgets` has moved to `ipywidgets`.", ShimWarning)
>>> G = networkit.Graph(5)  # etc
>>> # all good
>>> quit()
$

Надеюсь, это руководство помогло.