Как я могу объединить несколько файлов с неравными строками в R

У меня есть около 100 текстовых файлов с двумя столбцами и около 320-500 строк, которые я хотел бы объединить в один файл.csv.

Например, у меня есть файл A, который выглядит следующим образом
AB
1 100
2 200
3 300
4 400

и файл B выглядит так
AB
1 100
2 200
3 300
4 400
5 300
6 400

Однако, когда я ввожу этот код в R: write.csv (data_list, ("file.csv"), row.names = FALSE, na=""),
Я получаю это сообщение об ошибке: "Error in data.frame(list(V1 = c(0.025, 0.035, 0.045, 0.055, 0.065, 0.075, : arguments imply differing number of rows: 500, 599, 508, 489, 547, 624, 587, 534, 499, 494, 566, 520, 541, 543, 615"


Я хочу, чтобы мои файлы выглядели так (файл, который объединяет все мои 100 текстовых файлов по двум столбцам):
Файл AB
AB
1 100
2 200
3 300
4 400
1 100
2 200
3 300
4 400
5 300
6 400
в одном гигантском CSV-файле. Пожалуйста, помогите мне, если это возможно. Я новичок в написании сценариев и предоставлю больше информации по мере необходимости.

Источник

2 ответа

Решение

Вот разные варианты достижения этого.

Код R:

# Option 1: Using plyr
library(plyr)
datafiles <-list.files (pattern='*.txt') 
dataset <- ldply(datafiles, read.table, header=F)

# Option 2: Using fread
library(data.table)
datafiles <-list.files (pattern='*.txt') 
dataset = rbindlist(lapply( datafiles, fread, header=F))

# Option 3: do.call method
dataset <- do.call("rbind",lapply(datafiles,
                              FUN=function(files){read.table(files,
                                                             header=FALSE)}))

# Option 4: Loops are any time slow so avoid, but have put here just for reference
for (file in datafiles){  
  # if the merged dataset doesn't exist, create it
  if (!exists("dataset")){
    dataset <- read.table(file, header=FALSE)
  }

  # if the merged dataset does exist, append to it
  if (exists("dataset")){
    temp_dataset <-read.table(file, header=FALSE)
    dataset<-rbind(dataset, temp_dataset)
    rm(temp_dataset)
  }  
}

# Writing to csv
write.csv (dataset, ("file.csv"), row.names = FALSE, na="")
Источник

Я думаю, что использование пакетных функций dplyr или plyr действительно излишне. Предложите попробовать write.table, (так как в желаемом выводе нет запятых):

write.table(file_A, file="comb_file.txt")
write.table(file_B, file="comb_file.txt", append=TRUE)

Вы, конечно, могли бы использовать write.csv но тогда результат не будет похож на то, что вы иллюстрировали.

Источник
Другие вопросы по тегам