Не могу использовать emmeans внутри карты

Question

Это работает:

testmodel=glm(breaks~wool,data=warpbreaks)
emmeans::emmeans(testmodel,"wool")

Это работает:

warpbreaks %>%
  group_by(tension) %>%
  do(models=glm(breaks~wool,data=.)) %>% 
  ungroup() %>%
  mutate(means=map(models,~emmeans::emmeans(.x,"wool")))

Это не:

warpbreaks %>%
  group_by(tension) %>% nest() %>%
  mutate(models=map(data,~glm(breaks~wool,data=.x))) %>%
  mutate(means=map(models,~emmeans::emmeans(.x,"wool")))

Error in is.data.frame(data) : object '.x' not found
Error in mutate_impl(.data, dots) : 
  Evaluation error: Perhaps a 'data' or 'params' argument is needed.

Есть идеи, что вызывает это?

Answer 1

Я понял. Проблема заключается в том, как emmeans пытается восстановить данные из объектов lm/glm: он пытается выполнить вызов, сохраненный в объекте, который завершается неудачей, если emmeans() вызывается в среде, отличной от исходного вызова glm():

emmeans:::recover_data.lm

Вот простой пример:

wb=warpbreaks
model=glm(breaks~wool,data=wb)
emmeans(model,"wool")
rm(wb)
emmeans(model,"wool")

Вот способ заставить emmeans() работать с map():

warpbreaks %>%
  group_by(tension) %>% nest() %>%
  mutate(models=map(data,~glm(breaks~wool,data=.x))) %>%
  mutate(means=map(models,~emmeans::emmeans(.x,"wool",data=.x$data)))

Кажется странным, что recover_data() не просто автоматически использует атрибут данных объектов lm/glm, а предполагает, что вызов будет функционировать в текущей среде...

Answer 2

Мы можем сделать это в два этапа

df1 <- warpbreaks %>%
            group_by(tension) %>%
            nest() %>%
            mutate(models = map(data,~glm(breaks~wool,data=.x)))                          

warpbreaks %>% 
      split(.$tension) %>% 
       map( ~glm(breaks ~ wool, data = .x) %>%
                emmeans(., "wool")) %>%
       mutate(df1, Means = .) 

# A tibble: 3 x 4
#   tension data              models    Means        
#  <fctr>  <list>            <list>    <list>       
#1 L       <tibble [18 x 2]> <S3: glm> <S4: emmGrid>
#2 M       <tibble [18 x 2]> <S3: glm> <S4: emmGrid>
#3 H       <tibble [18 x 2]> <S3: glm> <S4: emmGrid>