Загрузить пакет r в выбранной среде

Question

Я новичок в разработке пакетов R и переполнении стека, но мне нигде не удалось найти эту информацию.

Я пытаюсь загрузить мышь R пакета, не загрязняя мое пространство имен. Я пытался импортировать только те функции, которые я использую, но это не сработало. Поэтому я согласен на загрузку всего пакета в одной конкретной среде следующим образом:

e <- new.env()
load_package_into_environment(e, package = "mice")
eval(mice(data, m = m, maxit = max.iter, printFlag = F), envir = e)

Тем не менее, я не смог найти фактическую функцию для замены заполнителя "load_package_into_environment". Какая функция, если таковая имеется, будет выполнять это?

РЕДАКТИРОВАТЬ: Вот файлы, с которыми я работаю, и проблема, которую я должен дать более подробно.

Описание файла

Package: bug.example2
Title: Example of Package Loading Bug
Version: 0.0.0.9000
Authors@R: person("R", "Woodbridge", email = "[e-mail]", role = c("aut", "cre"))
Description: Creates a wrapper function for mice::mice function.
Depends:
    R (>= 3.2.3),
    data.table (>= 1.9.6)
License:
LazyData: true
Imports: mice
RoxygenNote: 5.0.1

Файл: NAMSPACE (автоматически генерируется roxygen)

import(data.table)
importFrom(mice,mice)
importFrom(mice,mice.impute.logreg)
importFrom(mice,mice.impute.pmm)
importFrom(mice,mice.impute.polr)
importFrom(mice,mice.impute.polyreg)

Файл: impute.R (использует функцию мышей из пакета мышей)

#' @import data.table
#' @importFrom mice mice
#' @importFrom mice mice.impute.pmm
#' @importFrom mice mice.impute.logreg
#' @importFrom mice mice.impute.polyreg
#' @importFrom mice mice.impute.polr
#' @export
impute <- function(data, m = 5, max.iter = 5){

mice_environment <- new.env()


#Impute missing data using mice function, output format is mids object
mice.out <- mice(data, m = m, maxit = max.iter, printFlag = F)

#save the m imputed data.frames as a list of data.tables
return.list <- lapply(1:m, function(x){
                                    as.data.table(complete(mice.out, x))
                                      })
names(return.list) <- paste0("imp.",1:m)
return.list
}

Файл: test-impute.R (использует пакет testthat для проверки функции вменения)

context("Impute missing values")
test_that("Output format is a list of lenght m and each element is a data.table",{
#Set up data
set.seed(200)
data <- iris
data$Species[runif(nrow(data)) < .1] <- NA
data$Sepal.Width[runif(nrow(data)) < .2] <- NA
setDT(data)

#Create imputed data
M <- 5
impute.output <- impute(data, m = M)

#Test output format
expect_is(impute.output, "list")
expect_equal(length(impute.output), M)
lapply(impute.output,expect_is, "data.table")
})

Ошибка вывода из testthat

1. Error: Output format is a list of lenght m and each element is a data.table -
The following functions were not found: mice.impute.pmm, mice.impute.polyreg
1: withCallingHandlers(eval(code, new_test_environment), error = capture_calls, message = function(c) invokeRestart("muffleMessage"))
2: eval(code, new_test_environment)
3: eval(expr, envir, enclos)
4: impute(data, m = M) at test-impute.R:12
5: mice(data, m = m, maxit = max.iter, printFlag = F) at          C:\repos\bug.example2/R/impute.R:11
6: check.method(setup, data)
7: stop(paste("The following functions were not found:", paste(fullNames[notFound], 
   collapse = ", ")))

Answer 1

Пакет "Мышь" внутренне вызывает методы вменения из глобальной среды. По мнению авторов, это позволяет предоставить собственные, собственные методы для вменения. Таким образом, пакет должен также предоставлять свои реализации по умолчанию в глобальной среде. Я считаю, что это хороший пример чистого суждения - внутренние методы теперь распознаются пакетом только через глобальную среду. Это побеждает цель упаковки кода в первую очередь. Если кто-то хочет разрешить использование внешних функций вашим пакетом, просто предоставьте API для передачи их в пакет.

Сообщение об ошибке, которое вы видите, вызывается функцией 'mice:::check_method':

notFound <- !vapply(fullNames, exists, logical(1), mode = "function", inherits = TRUE)

Мой обходной путь - реэкспорт методов, используемых внутренне "мышами", из моего собственного пакета (который внутренне использует "мышей", как и у вас). Просто вставьте один из ваших файлов R и запустите на нем roxygen2:

#' @importFrom mice mice

#' @export
mice.impute.pmm <- mice::mice.impute.pmm

#' @export
mice.impute.polyreg <- mice::mice.impute.polyreg

Конечно, вам нужно экспортировать другие методы, если они используются в ваших данных.

Моя точка зрения заключается в том, что если мне нужно загрязнять глобальную окружающую среду, я буду загрязнять ее минимально, только с помощью функций, необходимых для работы "мышей".

Answer 2

Вчера я получил ту же ошибку и открыл аналогичный вопрос (кстати, это уже было отклонено). Сегодня я нашел решение, я надеюсь, что оно работает и для вас, и, возможно, вы (или другие) можете пролить немного света на него.

Я разрабатываю пакет R и использую roxygen2 для документирования функций. Я перечислил мышей в разделе импорта в файле описания, так как я должен использовать функцию mice::mice. При сборке и проверке пакета все работает без сбоев, пока я фактически не запустил функцию, которая вызывает mice::mice, в этот момент я получаю ту же ошибку, что и вы.

Насколько я понимаю, именно это и вызывает проблему: в части документации функции, которая использует мышь, вам нужно добавить этот бит:

#' @importMethodsFrom mice
#' @importFrom mice mice

Обратите внимание, что с большинством пакетов, которые я использовал до сих пор, следующей строки было бы более чем достаточно:

#' @importFrom mice mice

Очевидно, для мышей требуется, чтобы вы также добавили директиву @importMethodsFrom. Я предполагаю, что это потому, что он использует классы S4, но я мало знаю о них, поэтому я просто знаю, что так оно и работает.

Я узнал об этом, прочитав раздел "S4" на этой странице: http://r-pkgs.had.co.nz/namespace.html

Итак, чтобы вернуться к вашему конкретному случаю, я предполагаю, что документы для вашей функции должны выглядеть примерно так

#' @import data.table
#' @importFrom mice mice
#' @importMethodsFrom mice
#' @export
impute <- function(data, m = 5, max.iter = 5){...}

Это работало нормально для меня. Надеюсь, это поможет и вам.