Символ H5dread_f отсутствует в библиотеках hdf5 (fortran)
Я столкнулся с проблемой при компиляции кода WRF-DA (код здесь)
Строка компиляции, которая терпит неудачу -
ftn -c -ip -O3 -w -ftz -fno-alias -align all -FR -convert big_endian -r8 -real-size `expr 8 \* 8` -i4 -I../external/crtm_2.2.3/libsrc -I/opt/cray/pe/hdf5/1.10.0.3/INTEL/16.0/include -L/opt/cray/pe/hdf5/1.10.0.3/INTEL/16.0/lib/ -lhdf5hl_fortran -lhdf5_fortran -lhdf5 da_radiance.f
da_radiance.f(5884): error #6285: There is no matching specific subroutine for this generic subroutine call. [H5DREAD_F]
call H5Dread_f(dhnd1, &
-----------^
Я попытался найти соответствующий символ в библиотеке, и, как и ожидалось, символа не было (вместо него присутствует h5dread_f_c).
nm /opt/cray/pe/hdf5/1.10.0.3/INTEL/16.0/lib/libhdf5*|grep -i h5dread_f
nm: /opt/cray/pe/hdf5/1.10.0.3/INTEL/16.0/lib/libhdf5.settings: File format not recognized
nm: /opt/cray/pe/hdf5/1.10.0.3/INTEL/16.0/lib/libhdf5_cpp_intel_160.la: File format not recognized
U h5dread_f_c
U h5dread_f_c
0000000000001290 T h5dread_f_c
0000000000035320 T h5dread_f_c
U h5dread_f_c
U h5dread_f_c
0000000000001290 T h5dread_f_c
0000000000035320 T h5dread_f_c
U h5dread_f_c
U h5dread_f_c
0000000000001290 T h5dread_f_c
0000000000035320 T h5dread_f_c
0000000000035320 T h5dread_f_c
0000000000035320 T h5dread_f_c
Я попытался скомпилировать hdf5-1.10.2. Быстро взглянув на код, я увидел, что эта функция, кажется, была объявлена (и прокомментирована) в fortran/src/H5Dff.F90 как -
! M. Scot Breitenfeld
! September 17, 2011
!
! Fortran2003 Interface:
!! SUBROUTINE h5dread_f(dset_id, mem_type_id, buf, hdferr, &
!! mem_space_id, file_space_id, xfer_prp)
!! INTEGER(HID_T), INTENT(IN) :: dset_id
!! INTEGER(HID_T), INTENT(IN) :: mem_type_id
!! TYPE(C_PTR) , INTENT(INOUT) :: buf
!! INTEGER , INTENT(OUT) :: hdferr
!! INTEGER(HID_T), INTENT(IN) , OPTIONAL :: mem_space_id
!! INTEGER(HID_T), INTENT(IN) , OPTIONAL :: file_space_id
!! INTEGER(HID_T), INTENT(IN) , OPTIONAL :: xfer_prp
!*****
SUBROUTINE h5dread_ptr(dset_id, mem_type_id, buf, hdferr, &
mem_space_id, file_space_id, xfer_prp)
Эта функция была прекращена в последних версиях HDF5? Если да, то, пожалуйста, поделитесь соответствующей (более старой) версией библиотеки (и соответствующими флагами компиляции) для HDF5, в которой я могу найти этот символ.
Пожалуйста, дайте мне знать, если я могу предоставить дополнительную информацию.
1 ответ
h5dread_f - это интерфейс, который отображается на одно из следующих
INTERFACE h5dread_f
MODULE PROCEDURE h5dread_reference_obj
MODULE PROCEDURE h5dread_reference_dsetreg
MODULE PROCEDURE h5dread_char_scalar
MODULE PROCEDURE h5dread_ptr
END INTERFACE
Кажется, что в функцию передаются недопустимые типы.
(спасибо Дэйву Аллуреду из группы HDF5)