Отрицательная ошибка биномиального моделирования

Question

Лектор попросил меня откорректировать отрицательную биномиальную модель для моих данных (глядя на расстояние от участка наблюдения лесной моли, в котором наблюдались различные статусные группы (эндемичные, экзотические, местные).

Мой фрейм данных выглядел так (n=2466):

id         native.exotic urban_non bush.distance scientific_name
12469         exotic         0             0     Opodiphthera eucalypti
224769        native         1           170     Agrotis ipsilon
251928        native         1           405     Platyptilia falcatalis
524208        exotic         1          2010     Ctenoplusia limbirena

Мне посоветовали использовать MASS и запустить код

 m1 <- glm.nb(count ~ bush.distance*native.exotic, data=moth)
drop1(m1, test="Chisq")
xv <- (with(moth, seq(from=min(bush.distance), max(bush.distance), 
length.out=200)))
newdat <- expand.grid(bush.distance=xv, 
native.exotic=levels(moth$native.exotic))
newdat$fit <- predict(m1, newdata = newdat, type="response") +
geom_line(data = newdat, aes(x=bush.distance, y=fit))

Тем не менее, у меня нет переменной подсчета. Я использовал melt для преобразования моих данных в длинный формат, чтобы он выглядел так:

dist  status   count
   0  endemic  844
   1  endemic  8
   5  endemic  3
  10  endemic  5

Но все же, когда я запускаю код, я получаю такой результат:

m1 <- glm.nb(count ~ dist*status, data=bush_status)
Error: no valid set of coefficients has been found: please supply starting values

Мои знания R очень просты, поэтому я прошу прощения, если я не очень хорошо объяснил это, но любая помощь будет высоко ценится. Спасибо!

Answer 1

Обычно это параметр дисперсии, который вызывает проблемы для glm.nb, Вы должны попытаться указать начальное значение для него с помощью init.theta аргумент. пример

out1a <- glm.nb(Species~log(Area), data=gala, link=identity, init.theta=1)

Это может занять несколько проб и ошибок, но установка init.theta ценность то, что работало для меня.