R: распараллеливание с foreach

Question

Я новичок в R. Я написал этот очень простой сценарий, чтобы подчеркнуть мою проблему. Если я запускаю это регулярно для цикла testdata обновляется на каждой итерации так, как я хочу.

a = 5
b = 4
c = 3
testdata = matrix(nrow=100, ncol=5)
for(j in 1:100){
testdata[j,1] <- a*j
testdata[j,2] <- b*j
testdata[j,3] <- c*j
testdata[j,4] <- (a+b)*j
testdata[j,5] <- (a+c)*j
}

Однако эта параллельная версия, использующая foreach, завершает вычисления, но они не обновляются в testdata.

a = 5
b = 4
c = 3
testdata = matrix(nrow=100, ncol=5)
library(foreach)
library(doParallel)
library(doMC)
registerDoMC()
getDoParWorkers()  # Checking the number of cores. 

foreach(j = 1:100) %dopar% {
  testdata[j,1] <- a*j
  testdata[j,2] <- b*j
  testdata[j,3] <- c*j
  testdata[j,4] <- (a+b)*j
  testdata[j,5] <- (a+c)*j
}

Я пытался следовать примерам здесь и в других местах в Интернете, но большинство примеров были слишком глубокими в R Shoptalk, и я не мог следовать. Как я могу заставить эту параллельную версию делать то, что делает непараллельная версия? Благодарю.

Answer 1

Вы должны проверить документы для foreach пакет. в foreach(j = 100) В разделе вашего кода вы можете указать аргумент .combine сказать foreach как собрать свои результаты. Поскольку вам нужен фрейм / матрица данных 5x100, вы должны логически записать вектор из пяти аргументов (т.е. c(a*j, b*j, c*j, (a+b)*j, (a+c)*j)), а также rbind их сделать один кадр данных. Проверьте мой код ниже:

a = 5
b = 4
c = 3

library(foreach)
library(doParallel) 
library(parallel)

## Assuming you want to use all of your cores
registerDoParallel(cores = detectCores())

## Specify your .combine argument below
foreach(j = 1:100, .combine = "rbind") %dopar% {
    c(a*j, b*j, c*j, (a+b)*j, (a+c)*j)
}

И это выплевывает:

           [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
result.1      5    4    3    9    8
result.2     10    8    6   18   16
result.3     15   12    9   27   24
result.4     20   16   12   36   32
result.5     25   20   15   45   40
...

Затем вы могли бы сделать еще один шаг, назначив это переменной, которую вы хотите:

...
testdata <- foreach(j = 1:100, .combine = "rbind") %dopar% {
                c(a*j, b*j, c*j, (a+b)*j, (a+c)*j)
            }
testdata <- as.data.frame(testdata, row.names = FALSE)

Надеюсь это поможет!