Как установить доверительные интервалы в "emmeans"

Question

Я работал с пакетом emmeans, чтобы создать приблизительное среднее значение для моих данных с доверительным уровнем 0,95%. Хотя я не могу изменить его до уровня доверия в.99%. Любая помощь приветствуется. Обычно я бы использовал функцию "levels=", но, похоже, она не существует для emmeans.

library(emmeans)

emmeans(AcidLevels1, specs=~MAScore,)

Бест, Натан

Answer 1

emmeans предоставляет метод confint.emmGrid пересчитать доверительные интервалы и (возможно, что более важно) также скорректировать для проверки нескольких гипотез.

Поскольку вы не предоставляете пример данных, вот пример, использующий warpbreaks данные.

library(emmeans)
lm <- lm(breaks ~ wool * tension, data = warpbreaks)
emm <- emmeans(lm, ~ wool | tension);

Чтобы пересчитать доверительные интервалы на уровне 99% (без учета множественного тестирования), выполните следующие действия.

confint(emm, adjust = "none", level = 0.99)
#tension = L:
# wool   emmean       SE df lower.CL upper.CL
# A    44.55556 3.646761 48 34.77420 54.33691
# B    28.22222 3.646761 48 18.44086 38.00358
#
#tension = M:
# wool   emmean       SE df lower.CL upper.CL
# A    24.00000 3.646761 48 14.21864 33.78136
# B    28.77778 3.646761 48 18.99642 38.55914
#
#tension = H:
# wool   emmean       SE df lower.CL upper.CL
# A    24.55556 3.646761 48 14.77420 34.33691
# B    18.77778 3.646761 48  8.99642 28.55914
#
#Confidence level used: 0.99

Чтобы пересчитать КИ на уровне 99% и скорректировать множественные гипотезы с помощью поправки Бонферрони, вы можете сделать

confint(emm, adjust = "bonferroni", level = 0.99)
#tension = L:
# wool   emmean       SE df lower.CL upper.CL
# A    44.55556 3.646761 48 33.82454 55.28657
# B    28.22222 3.646761 48 17.49120 38.95324
#
#tension = M:
# wool   emmean       SE df lower.CL upper.CL
# A    24.00000 3.646761 48 13.26898 34.73102
# B    28.77778 3.646761 48 18.04676 39.50880
#
#tension = H:
# wool   emmean       SE df lower.CL upper.CL
# A    24.55556 3.646761 48 13.82454 35.28657
# B    18.77778 3.646761 48  8.04676 29.50880
#
#Confidence level used: 0.99
#Conf-level adjustment: bonferroni method for 2 estimates