Gephi видит несколько ребер между узлами как параллельные, даже если они имеют разные интервалы времени

Question

Я использую Gephi версии 0.82, R версии 3.1.2 и rgexf версии 0.13.8

Я создал динамический файл gexf, используя R-пакет rgexf. Gephi определяет формат времени, используемый в файле gexf. Однако, когда я пытаюсь открыть его, я получаю предупреждение "Параллельные ребра еще не поддерживаются..." (даже когда я проверяю, чтобы даты начала и конца ребер не совпадали) и все веса ребер за разные периоды времени объединены в край первого периода. Как я могу гарантировать, что Gephi распознает выходные данные из R? Вот код, который я использую в R

'library(igraph)    
library(XML)
library(Rook)
library(rgexf)

year=2013

nodes_ini <- read.csv("network labels.csv")  
edges_ini <- read.csv("network edges dynamic3.csv")

nodes_ini <- as.matrix(nodes_ini[])
edges_ini <- as.matrix(edges_ini[])

edges <- edges_ini[,1:2]
nodes <- nodes_ini[,1:2]
edges <- data.frame(edges)
nodes <- data.frame(nodes)

edgeweight <- edges_ini[,3]
edgeweight <- as.matrix(edgeweight)
nodesatt <-nodes_ini[,3:9]
nodesatt <- as.matrix(nodesatt)
nodesize <- nodesatt[,(2014-year)]
nodesize <- as.matrix(as.numeric(nodesize))

edgetimes <- as.matrix(edges_ini[,4:5])
edgetimesdate1 <- as.Date(edgetimes[,1], "%Y-%m-%d")
edgetimesdate2 <- as.Date(edgetimes[,2], "%Y-%m-%d")
edgetimesdate11 <- data.frame(edgetimesdate1)
edgetimesdate22 <- data.frame(edgetimesdate2)
edgetimesdate <- cbind(edgetimesdate11, edgetimesdate22)



write.gexf(nodes,edges,edgesWeight = edgeweight,tFormat = "date",edgeDynamic = edgetimesdate,nodesVizAtt = list(size=nodesize),defaultedgetype="directed",output="C:/Users/gorkem/Desktop/exercise/gephi/rgexf/first3.gexf")`

Answer 1

Дело в том, что вы используете версию с ошибкой ( http://cran.r-project.org/web/packages/rgexf/news.html). Начиная с версии 0.14.3 опция keepFactors обрабатывает факторные типы данных. Предыдущие версии этого не видели, поэтому метки ребер / узлов (и идентификаторы) были получены непосредственно из числовой части фактора. Теперь, если проблема не исчезнет, ​​сообщите об ошибке https://bitbucket.org/gvegayon/rgexf/issues и я постараюсь ее исправить.

С наилучшими пожеланиями,

Джордж

Answer 2

Однако, когда я пытаюсь открыть его, я получаю предупреждение "Параллельные ребра еще не поддерживаются..." (даже когда я проверяю, чтобы даты начала и конца ребер не совпадали) и все веса ребер за разные периоды времени объединены в край первого периода. Как я могу гарантировать, что Gephi распознает выходные данные из R?

Невозможно использовать Gephi v0.8.2 (параллельные ребра будут объединены безоговорочно).