Докеризация приложения, использующего пакет mxnet в R

Question

Я докеризую блестящее приложение, которое использует пакет 'mxnet'. После долгих усилий я пришел к выводу, что мне нужно собрать и установить пакет, а не просто установить его из репозитория dmlc. Ниже приведен упрощенный dockerfile, который пытается собрать и установить mxnet:

FROM r-base:latest


RUN apt-get update && apt-get install -y \
sudo \
gdebi-core \
pandoc \
pandoc-citeproc \
libcurl4-gnutls-dev \
libcairo2-dev/unstable \
libxt-dev \
libssl-dev

# Download and install shiny server
RUN wget --no-verbose https://s3.amazonaws.com/rstudio-shiny-server-os-   build/ubuntu-12.04/x86_64/VERSION -O "version.txt" && \
VERSION=$(cat version.txt)  && \
wget --no-verbose "https://s3.amazonaws.com/rstudio-shiny-server-os- build/ubuntu-12.04/x86_64/shiny-server-$VERSION-amd64.deb" -O ss-latest.deb && \
gdebi -n ss-latest.deb && \
rm -f version.txt ss-latest.deb

# Here comes the installation of other required packages:
# .......



#*** Here comes the problamatic bit: building Installing mxnet
RUN sudo apt-get update
RUN sudo apt-get install -y build-essential git libatlas-base-dev libopencv-dev

RUN git clone --recursive https://github.com/dmlc/mxnet
RUN cd mxnet; make -j$(nproc)

RUN Rscript -e "install.packages('devtools', repo = 'https://cran.rstudio.com')"

RUN cd R-package

RUN Rscript -e "library('devtools'); library('methods'); options(repos=c(CRAN='https://cran.rstudio.com')); install_deps(dependencies = TRUE)"


RUN cd ..

RUN make rpkg


COPY shiny-server.conf  /etc/shiny-server/shiny-server.conf
COPY /myapp/* /srv/shiny-server/

EXPOSE 80

COPY shiny-server.sh /usr/bin/shiny-server.sh

CMD ["/usr/bin/shiny-server.sh"]

После этого я получаю сообщение об ошибке:

can not cd to R-Package

Любая помощь?

Answer 1

Попробуй с

RUN cd mxnet; make -j$(nproc)\ && Rscript -e "install.packages('devtools', repo = 'https://cran.rstudio.com')"

ваш RUN cd .. не будет делать то, что вы ожидаете, это то же самое, что открыть терминал, делать cd abc/def а в другом терминале, который находится в /home/$USER, делаем cd .., вы не будете в ABC.

Вы должны сгруппировать свои команды RUN, чтобы ограничить количество слоев в вашем изображении, см.

https://docs.docker.com/engine/userguide/eng-image/dockerfile_best-practices/

Проверьте также директиву WORKDIR в Dockerfile

https://docs.docker.com/engine/reference/builder/

Вы можете проверить, что правильно сделано (или нет), запустив оболочку

docker run -it your_image /bin/bash

а затем проверьте, что присутствует или нет.