OutOfMemoryError с использованием Pellet в качестве причины

Question

Я пытаюсь вывести данные с помощью Pellet, но мое приложение всегда дает сбой во время рассуждения из-за "OutOfMemoryError: Java heap space".

Как уже предлагалось, я уже пытался увеличить размер кучи, и в настоящее время я использую следующие аргументы виртуальной машины: "-XX:MaxPermSize=256m -Xmx6144m". Кроме того, я должен установить "PelletOptions.USE_CONTINUOUS = true", но до сих пор я мог задерживать сбои только на несколько минут. (Самый длинный пробег до сих пор: 30 мин.).

Я храню данные в тройном магазине Jena TDB. Его общий размер составляет 170 мб и состоит из 962117 заявлений. Онтология была смоделирована в Protege, и нет никаких несоответствий при обосновании с Hermit или Fact++ (конечно, никаких данных на данный момент нет). Операторы, которые я хотел бы вывести, были смоделированы с использованием эквивалентных классов (например: A и (hasX some X)), обратных свойств (hasX <-> isXOf) и некоторых переходных свойств. Есть 55 классов: 14 корневых классов, 11 эквивалентных классов (все подтипы одного корневого класса). На данный момент экземпляры 14 классов были добавлены в tripestore.

Я также использовал pellint для анализа моей онтологии, но я не уверен, какие выводы сделать из этого результата:

[Untyped classes]
- http://www.w3.org/2002/07/owl#AllDisjointClasses

[Untyped object roles]
- http://www.w3.org/2002/07/owl#topObjectPriority
- http://www.w3.org/2002/07/owl#members

[Untyped datatype roles]
- http://www.w3.org/2002/07/owl#qualifiedCardinality

[Untyped individuals]
- 4 BNodes

Это мой код для создания InfModel:

 Dataset dataset = TDBFactory.createDataset(..);
 Model model = dataset.getDefaultModel();

 OntModel ont = ModelFactory.createOntologyModel(PelletReasonerFactory.THE_SPEC,model);
 ont.read("file:.." , "RDF/XML");

 PelletOptions.USE_CONTINUOUS_RULES = true;
 Reasoner reasoner = PelletReasonerFactory.theInstance().create();
 reasoner = reasoner.bindSchema(ont);

 InfModel infModel = infModel = ModelFactory.createInfModel(reasoner, model);

и это по сути, как я запрашиваю данные:

 QueryExecution qe = QueryExecutionFactory.create("SELECT ...", infModel);
 Resultset rs = qe.execSelect();

 while(rs.hasNext())
 {
     QuerySolution sol = rs.nextSolution();
     ...
 }
 qe.close();

Как вы можете видеть, я получал различные исключения при запросах данных, подготовке или проверке InfModel. У вас есть идеи, что еще я мог бы попытаться устранить эту ошибку?

 java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space
 at java.util.Arrays.copyOf(Unknown Source)
 at java.lang.AbstractStringBuilder.expandCapacity(Unknown Source)
 at java.lang.AbstractStringBuilder.append(Unknown Source)
 at java.lang.StringBuilder.append(Unknown Source)
 at java.net.URLStreamHandler.parseURL(Unknown Source)
 at sun.net.www.protocol.file.Handler.parseURL(Unknown Source)
 at java.net.URL.<init>(Unknown Source)
 at java.net.URL.<init>(Unknown Source)
 at sun.misc.URLClassPath$FileLoader.getResource(Unknown Source)
 at sun.misc.URLClassPath.getResource(Unknown Source)
 at java.net.URLClassLoader$1.run(Unknown Source)
 at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
 at java.net.URLClassLoader.findClass(Unknown Source)
 at java.lang.ClassLoader.loadClass(Unknown Source)
 at sun.misc.Launcher$AppClassLoader.loadClass(Unknown Source)
 at java.lang.ClassLoader.loadClass(Unknown Source)
 at com.hp.hpl.jena.sparql.engine.iterator.QueryIteratorCheck.warn(QueryIteratorCheck.java:114)
 at com.hp.hpl.jena.sparql.engine.iterator.QueryIteratorCheck.dump(QueryIteratorCheck.java:95)
 at com.hp.hpl.jena.sparql.engine.iterator.QueryIteratorCheck.checkForOpenIterators(QueryIteratorCheck.java:68)
 at com.hp.hpl.jena.sparql.engine.iterator.QueryIteratorCheck.close(QueryIteratorCheck.java:50)
 at com.hp.hpl.jena.sparql.engine.iterator.QueryIteratorWrapper.closeIterator(QueryIteratorWrapper.java:50)
 at com.hp.hpl.jena.sparql.engine.iterator.QueryIteratorBase.close(QueryIteratorBase.java:184)
 at com.hp.hpl.jena.sparql.engine.iterator.QueryIteratorCloseable.close(QueryIteratorCloseable.java:39)
 at com.hp.hpl.jena.sparql.engine.QueryExecutionBase.close(QueryExecutionBase.java:180)


 java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space
 at shared.SharedObjectFactory.build(SharedObjectFactory.java:303)
 at aterm.pure.PureFactory.makeAppl(PureFactory.java:191)
 at aterm.pure.PureFactory.makeAppl(PureFactory.java:185)
 at aterm.pure.PureFactory.makeAppl(PureFactory.java:228)
 at org.mindswap.pellet.utils.ATermUtils.makeLiteral(ATermUtils.java:245)
 at org.mindswap.pellet.ABox.addLiteral(ABox.java:1696)
 at org.mindswap.pellet.tableau.completion.rule.SomeValuesRule.applySomeValuesRule(SomeValuesRule.java:174)
 at org.mindswap.pellet.tableau.completion.rule.SomeValuesRule.apply(SomeValuesRule.java:64)
 at org.mindswap.pellet.tableau.completion.rule.AbstractTableauRule.apply(AbstractTableauRule.java:64)
 at org.mindswap.pellet.tableau.completion.SROIQStrategy.complete(SROIQStrategy.java:157)
 at org.mindswap.pellet.ABox.isConsistent(ABox.java:1423)
 at org.mindswap.pellet.ABox.isConsistent(ABox.java:1260)
 at org.mindswap.pellet.KnowledgeBase.consistency(KnowledgeBase.java:1987)
 at org.mindswap.pellet.KnowledgeBase.isConsistent(KnowledgeBase.java:2061)
 at org.mindswap.pellet.jena.PelletInfGraph.prepare(PelletInfGraph.java:247)
 at org.mindswap.pellet.jena.PelletInfGraph.prepare(PelletInfGraph.java:230)
 at com.hp.hpl.jena.rdf.model.impl.InfModelImpl.prepare(InfModelImpl.java:89)


 java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space
 at org.mindswap.pellet.tableau.branch.DisjunctionBranch.tryBranch(DisjunctionBranch.java:197)
 at org.mindswap.pellet.tableau.branch.Branch.tryNext(Branch.java:117)
 at org.mindswap.pellet.tableau.completion.rule.ChooseRule.apply(ChooseRule.java:82)
 at org.mindswap.pellet.tableau.completion.rule.ChooseRule.apply(ChooseRule.java:56)
 at org.mindswap.pellet.tableau.completion.rule.AbstractTableauRule.apply(AbstractTableauRule.java:64)
 at org.mindswap.pellet.tableau.completion.SROIQStrategy.complete(SROIQStrategy.java:157)
 at org.mindswap.pellet.ABox.isConsistent(ABox.java:1423)
 at org.mindswap.pellet.ABox.isConsistent(ABox.java:1260)
 at org.mindswap.pellet.KnowledgeBase.consistency(KnowledgeBase.java:1987)
 at org.mindswap.pellet.KnowledgeBase.isConsistent(KnowledgeBase.java:2061)
 at org.mindswap.pellet.jena.PelletInfGraph.prepare(PelletInfGraph.java:247)
 at org.mindswap.pellet.jena.PelletInfGraph.prepare(PelletInfGraph.java:230)
 at org.mindswap.pellet.jena.PelletInfGraph.validate(PelletInfGraph.java:564)
 at com.hp.hpl.jena.rdf.model.impl.InfModelImpl.validate(InfModelImpl.java:111)

Answer 1

Запрос против infModel по всей видимости, Пеллет породил сотни тысяч owl:differentFrom заявления. Решение было использовать ModelExtractor:

ModelExtractor ext = new ModelExtractor(inf); 
Model m = ext.extractModel();
QueryExecution qe = QueryExecutionFactory.create("SELECT ...", m);