R, python, сетка и limmbo: приведение массива 'float64' к 'int64' ошибка

Я пытаюсь использовать модуль Python limmbo ( https://github.com/HannahVMeyer/limmbo) с R через reticulate R пакет. Я успешно установил limmbo с Анакондой2. Я сейчас пытаюсь использовать функцию limmbo$core$vdbootstrap$LiMMBo$runBootstrapCovarianceEstimation, как в моем коде ниже. Когда я запускаю приведенный ниже код, я получаю ошибку о преобразовании float64 в целое число 64.

```{r}
library(reticulate)
import("limmbo") -> limmbo
```

Затем я запускаю код Python:

```{python}
import numpy
from numpy.random import RandomState
from numpy.linalg import cholesky as chol
from limmbo.core.vdsimple import vd_reml
from limmbo.io.input import InputData
random = RandomState(15)
N = 100
S = 1000
P = 3
snps = (random.rand(N, S) < 0.2).astype(float)
kinship = numpy.dot(snps, snps.T) / float(10)
y  = random.randn(N, P)
pheno = numpy.dot(chol(kinship), y)
pheno_ID = [ 'PID{}'.format(x+1) for x in range(P)]
samples = [ 'SID{}'.format(x+1) for x in range(N)]
datainput = InputData()
datainput.addPhenotypes(phenotypes = pheno,
phenotype_ID = pheno_ID, pheno_samples = samples)
datainput.addRelatedness(relatedness = kinship,
relatedness_samples = samples)
```

Проблема возникает, когда я пытаюсь запустить функцию R limmbo$core$vdbootstrap$LiMMBo$runBootstrapCovarianceEstimation:

```{r}
(limmbo$core$vdbootstrap$LiMMBo(py$datainput, timing = TRUE, iterations = 100, S = 2) -> foo)
limmbo$core$vdbootstrap$LiMMBo$runBootstrapCovarianceEstimation(foo, cpus = 1, seed = 12345)
```



Error in py_call_impl(callable, dots$args, dots$keywords) : 
  TypeError: Cannot cast array from dtype('float64') to dtype('int64') according to the rule 'safe'

Detailed traceback: 
  File "/Users/frederickboehm/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/limmbo/core/vdbootstrap.py", line 96, in runBootstrapCovarianceEstimation
    minCooccurrence=minCooccurrence)
  File "/Users/frederickboehm/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/limmbo/core/vdbootstrap.py", line 353, in __generateBootstrapMatrix
    rand_state = np.random.RandomState(seed)
  File "mtrand.pyx", line 644, in mtrand.RandomState.__init__
  File "mtrand.pyx", line 687, in mtrand.RandomState.seed
Calls: <Anonymous> ... eval -> eval -> <Anonymous> -> py_call_impl ->     .Call
Execution halted
Источник

2 ответа

Решение

Прежде всего, импортируйте свой модуль через np <- import("numpy", convert = FALSE),

И тогда вы можете воссоздать ваш массив с явным типом int64 используя reticulate::np_array(datainput, dtype = np$int64),

Вы можете узнать больше о том, как манипулировать и создавать свои массивы в этом уроке.

Надеюсь это поможет.

Источник

Учебник Юаня (ссылка в ответе выше) содержит предложения, которые позволили мне ответить на вопрос. Вот мой пересмотренный код R, который на данный момент работает:

np <- import("numpy", convert = FALSE)
(limmbo$core$vdbootstrap$LiMMBo(datainput, timing = TRUE, iterations = np_array(10, dtype = "int64"), S = np_array(2, dtype = "int64")) -> foo)
limmbo$core$vdbootstrap$LiMMBo$runBootstrapCovarianceEstimation(foo, cpus = np$int(1), seed = np_array(1232, dtype = "int64"))
Источник
Другие вопросы по тегам