Используя openmp в Windows R, поддерживает ли rtools openmp?

Я получил много сообщений об ошибках при попытке использовать openmp в коде C++ для сборки моего пакета R на Windows 7:

c:/rtools/mingw/bin/../lib/gcc/mingw32/4.5.0/libgomp.a(parallel.o):(.text+0x19): undefined      reference to `_imp__pthread_getspecific'
c:/rtools/mingw/bin/../lib/gcc/mingw32/4.5.0/libgomp.a(parallel.o):(.text+0x7a): undefined reference to `_imp__pthread_mutex_lock'
c:/rtools/mingw/bin/../lib/gcc/mingw32/4.5.0/libgomp.a(env.o):(.text+0x510): undefined reference to `_imp__pthread_mutex_init'

...

Rtools не поддерживает openmp? Кто-нибудь знает, как использовать openmp в пакетах Windows R, пожалуйста?

Источник

3 ответа

Решение

Нет, согласно обсуждениям в списке рассылки R-devel. Это также попало в список Rcpp-devel.

Сам R не использует OpenMP в Windows, поэтому в Rtools нет поддержки. На других ОС R, конечно, есть поддержка OpenMP.

Источник

В 2015 году Rtools имеет openmp поддержка под Windows, которая хорошо сочетается с Rcppp, Вот простой пример создания squares функция для числовых векторов:

// src/example.cpp

#include <Rcpp.h>
#include <omp.h>
// [[Rcpp::plugins(openmp)]]]

// [[Rcpp::export]]
Rcpp::NumericVector squares (Rcpp::NumericVector data)
{
  Rcpp::NumericVector result(data.size());
  #pragma omp parallel
  {
    Rcpp::Rcout << omp_get_num_threads() << std::endl;
    for (int i = 0; i < data.size(); i++) {
      result[i] = data[i] * data[i];
    }

  }
  return result;
}

Нам также нужно создать src/Makevars.win с openmp флаги компиляции. В этом примере образец src/Makevars будет работать на Linux:

# src/Makevars.win

PKG_CXXFLAGS = $(SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS)
PKG_LIBS = $(SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS)
Источник

Ссылаясь на эти сообщения (список рассылки R-devel), я попытался использовать OpenMP в пакетах Windows R с помощью TDM-GCC. Кажется, работает правильно.

Но я рекомендую использовать официально поддерживаемые ОС. Я не знаю, какие проблемы произойдут.

Источник
Другие вопросы по тегам