Инструмент График Поддержка GraphML для цветных вершин?

Question

Я пытаюсь использовать graph-tool для построения графа сети с цветными вершинами. Я пытаюсь построить график следующего графического файла отсюда, показанного ниже.

Тем не менее, цвет не отображается со следующим кодом:

g = Graph()
g= load_graph("filename.graphml", fmt="graphml")
graph_draw(g)

График отображается, но в вершинах нет цветов, только для красного по умолчанию. Я думал, что GraphML полностью поддерживается?

Документы Graph-Tool гласят: "Единственные форматы файлов, которые способны идеально сохранять внутренние карты свойств, - это" gt "и" graphml ". По этой причине они должны быть предпочтительнее других форматов, когда это возможно".

Разве цвет не является внутренним свойством?

Изначально я строил графики в DOT. У меня есть массив цветов, индекс которого зависит от имени узла - узлы являются целыми числами в порядке возрастания. Тем не менее, когда я использовал:

for v in g.vertices():
    v_prop[v] = colourarray[vertex]

Цвета не соответствуют правильному узлу. Это связано с тем, что load_graph, похоже, имеет собственное представление о том, какие узлы являются индексами. Кто-нибудь имеет представление о том, что я могу сделать здесь?

   <graphml xmlns="http://graphml.graphdrawing.org/xmlns" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://graphml.graphdrawing.org/xmlns http://graphml.graphdrawing.org/xmlns/1.0/graphml.xsd">
    <key id="d0" for="node" attr.name="color" attr.type="string">
    <default>yellow</default>
    </key>
    <key id="d1" for="edge" attr.name="weight" attr.type="double"/>
    <graph id="G" edgedefault="undirected">
    <node id="n0">
    <data key="d0">green</data>
    </node>
    <node id="n1"/>
    <node id="n2">
    <data key="d0">blue</data>
    </node>
    <node id="n3">
    <data key="d0">red</data>
    </node>
    <node id="n4"/>
    <node id="n5">
    <data key="d0">turquoise</data>
    </node>
    <edge id="e0" source="n0" target="n2">
    <data key="d1">1.0</data>
    </edge>
    <edge id="e1" source="n0" target="n1">
    <data key="d1">1.0</data>
    </edge>
    <edge id="e2" source="n1" target="n3">
    <data key="d1">2.0</data>
    </edge>
    <edge id="e3" source="n3" target="n2"/>
    <edge id="e4" source="n2" target="n4"/>
    <edge id="e5" source="n3" target="n5"/>
    <edge id="e6" source="n5" target="n4">
    <data key="d1">1.1</data>
    </edge>
    </graph>
    </graphml>

Answer 1

Вы связываете существование карты свойств с тем, что она фактически используется для рисования. Если вы хотите использовать карту свойств, вы должны сделать это явно:

graph_draw(g, vertex_fill_color=g.vp.color)

Пожалуйста, ознакомьтесь с документацией, которая содержит много примеров такого рода.

Присущие вершинам "имена", которые существуют в точечных и графических файлах, загружаются как внутренние карты свойств. В случае точки карта свойств называется "vertex_name":

g.vp.vertex_name

в случае graphml, если метка вершины не является канонической (то есть пронумерована от 0 до N-1), она сохраняется как "_graphml_vertex_id":

g.vp._graphml_vertex_id