Не могу установить пакет OpenMx в R

Question

Я использую R версии 3.5 на Mac. Когда я пытаюсь установить OpenMx

install.packages("OpenMx")

это в конечном счете терпит неудачу после связки предупреждающих сообщений.

Сначала предупреждение было

xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun

и обнаружил, что это может быть обработано, запустив

xcode-select --install

на терминале.

Когда я попытался установить OpenMx после установки xcode,

последние несколько строк сообщений:

optimize.c:35:15: warning: unused function 'f_bound' [-Wunused-function]
static double f_bound(int n, const double *x, void *data_)
              ^
optimize.c:51:15: warning: unused function 'f_noderiv' [-Wunused-function]
static double f_noderiv(int n, const double *x, void *data_)
              ^
optimize.c:57:15: warning: unused function 'f_direct' [-Wunused-function]
static double f_direct(int n, const double *x, int *undefined, void *data_)
              ^
optimize.c:79:21: warning: unused function 'initial_step' [-Wunused-function]
static nlopt_result initial_step(nlopt_opt opt, const double *x, double *step)
                    ^
optimize.c:101:12: warning: unused function 'finite_domain' [-Wunused-function]
static int finite_domain(unsigned n, const double *lb, const double *ub)
           ^
5 warnings generated.
clang -I"/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include" -DNDEBUG  -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library/Rcpp/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library/RcppEigen/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library/StanHeaders/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library/BH/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library/rpf/include" -I/usr/local/include   -fPIC  -Wall -g -O2  -c options.c -o options.o
gfortran   -fPIC  -g -O2  -c sadmvn.f -o sadmvn.o
make: gfortran: No such file or directory
make: *** [sadmvn.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘OpenMx’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library/OpenMx’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘OpenMx’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
‘/private/var/folders/f8/y98w5w9n3yz3sq2pthhw35xm0000gn/T/RtmpJtQ01E/downloaded_packages’

Есть ли способ это исправить?

Answer 1

install.packages("OpenMx") должен работать только на всех платформах под R 3.5. Возможно, вы пробовали до того, как CRAN завершил установку новых двоичных сборок для всех платформ. Просто попробуйте еще раз сейчас.

Если вы хотите собрать из исходного кода (не обязательно), вам необходимо установить весь набор инструментов MacOS для R >= 3.4, предоставленный в CRAN.

Answer 2

Это ключевое сообщение об ошибке:

make: gfortran: нет такого файла или каталога

Вам необходимо установить gfortran компилятор. Вы можете найти компиляторы и инструкции по загрузке / установке здесь: https://gcc.gnu.org/wiki/GFortranBinaries.

(Примечание: это решение также предоставляется в ответ на другой пакет R, здесь.)