R design.matrix проблема - упал столбец в матрице дизайна?

Question

У меня возникла странная проблема при попытке настроить матрицу проектирования для последующего анализа парных дифференциальных выражений на данных RNAseq. Для матрицы дизайна у меня есть и информация о доноре, и каждое условие:

group<-factor(y$samples$group) #44 samples, 6 different conditions
sample<-factor(y$samples$samples) #44 samples, 11 different donors.
design<- model.matrix(~0+sample+group)
head(design)

      Donor11.CD8    Donor12.CD8    Donor14.CD8   Donor15.CD8   Donor16.CD8
1             1             0             0             0             0
2             1             0             0             0             0
3             1             0             0             0             0
4             1             0             0             0             0
5             1             0             0             0             0
6             1             0             0             0             0
       Donor17.CD8    Donor18.CD8   Donor19.CD8    Donor20.CD8   Donor3.CD8
1             0             0             0             0            0
2             0             0             0             0            0
3             0             0             0             0            0
4             0             0             0             0            0
5             0             0             0             0            0
6             0             0             0             0            0
        Donor4.CD8        Treatment2         Treatment3  Treatment4 Treatment5
1            0                  0                  0           0             0
2            0                  0                  0           0             1
3            0                  0                  0           1             0
4            0                  0                  0           0             0
5            0                  0                  1           0             0
6            0                  1                  0           0             0
        Treatment6
1             1
2             0
3             0
4             0
5             0
6             0
> 

Проблема в том, что я, кажется, теряю условие (лечение 1), когда формирую матрицу дизайна, и я не уверен почему.

Заранее большое спасибо за помощь!

Answer 1

Это не проблема. Обработка 1 обозначена всеми 0 для столбцов в матрице дизайна. Посмотрите на строку 4 - ноль для процедур со 2 по 6. Это означает, что это лечение 1. Это называется "контрастом лечения", потому что коэффициенты в модели противопоставляют названное лечение "базовому" уровню, в данном случае базовому уровню такое лечение1.