Основной компонент функции Incanter

Question

Я пытался использовать principal-components функция от Incanter, чтобы сделать PCA и, кажется, не в порядке в его использовании. Я нашел в Интернете несколько примеров данных из учебника PCA и хотел попрактиковаться в них:

(def data [[0.69 0.49] [-1.31 -1.21] [0.39 0.99] [0.09 0.29] [1.29 1.09] 
           [0.49 0.79] [0.19 (- 0 0.31)] [(- 0 0.81) (- 0 0.81)] 
           [(- 0 0.31) (- 0 0.31)] [(- 0 0.71) (- 0 1.01)]])

После первой попытки реализовать PCA я попытался передать векторы матричной функции Инкантера, но обнаружил, что передаю слишком много аргументов. На этом этапе я решил попробовать вложенную векторную структуру, как определено выше, но хотел бы избежать этого маршрута.

Как бы я повернуть data в матрицу (Incanter), так что он будет принят в качестве входных данных для функции Incanter principal-components, Для простоты назовем новую матрицу fooMatrix.

Как только эта матрица, fooMatrix, будет построена, следующий код должен работать для извлечения первых двух основных компонентов

     (def pca (principal-components fooMatrix))
     (def components (:rotation pca))
     (def pc1 (sel components :cols 0))
     (def pc2 (sel components :cols 1)) 

и тогда данные могут быть спроецированы на основные компоненты

     (def principal1 (mmult fooMatrix pc1)) 
     (def principal2 (mmult fooMatrix pc2))

Answer 1

Проверьте API Incanter. Я верю, что ты просто хочешь (incanter.core/matrix data), Это ваши варианты матричной функции Инкантера. Возможно, А2 - это то, что вас интересует.

(def A (matrix [[1 2 3] [4 5 6] [7 8 9]])) ; produces a 3x3 matrix
(def A2 (matrix [1 2 3 4 5 6 7 8 9] 3)) ; produces the same 3x3 matrix
(def B (matrix [1 2 3 4 5 6 7 8 9])) ; produces a 9x1 column vector

Пример использования ваших данных:

user=> (use '[incanter core stats charts datasets])
nil
user=>(def data [0.69 0.49 -1.31 -1.21 0.39 0.99 0.09 0.29 1.29
                1.09 0.49 0.79 0.19 (- 0 0.31) (- 0 0.81) (- 0 0.81)
                (- 0 0.31) (- 0 0.31) (- 0 0.71) (- 0 1.01)])
user=>(def fooMatrix (matrix data 2))
user=>(principal-components fooMatrix)
{:std-dev (1.3877785387777999 0.27215937850413047), :rotation  A 2x2 matrix
 -------------
-7.07e-01 -7.07e-01 
-7.07e-01  7.07e-01 
}

Вуаля. Вложенная векторная структура исчезла.