Как экспортировать данные из R-скрипта в Java с помощью Rserve?

Question

Я использую Rserve для доступа к R-скрипту через мой Java-проект. Java-код запрашивает пользовательский ввод для ввода местоположения файла и сохраняет в переменной String. Затем эта переменная передается в функцию R, которая должна прочитать местоположение файла, выполнить некоторые процессы, а затем создать новую папку и записать обработанные данные в отдельные файлы, а затем распечатать на консоли, что все файлы были сгенерированы. Первоначально я проверил R-соединение с уменьшенной версией программы, и это сработало. Но когда я включаю шаги для записи данных в файлы, он показывает следующую ошибку: Введите путь к файлу:

/home/workspace/TestR/test_file
Exception in thread "main" org.rosuda.REngine.Rserve.RserveException: eval failed, request status: error code: 127
    at org.rosuda.REngine.Rserve.RConnection.eval(RConnection.java:234)
    at testMain.main(testMain.java:23)

Кроме того, код также не печатает никаких операторов на консоли, которые должны быть напечатаны через R из Rscript. Вот код Java:

import java.util.Scanner;

import org.rosuda.REngine.REXP;
import org.rosuda.REngine.REXPMismatchException;
import org.rosuda.REngine.REngineException;
import org.rosuda.REngine.Rserve.RConnection;
import org.rosuda.REngine.Rserve.RserveException;

public class testMain {
    static String dirPath;
    public static void main(String[] args) throws REXPMismatchException, REngineException {

        // For user input
        Scanner scanner = new Scanner(System.in );
        System.out.println("Enter the file path: ");

        dirPath = scanner.nextLine();

        RConnection c = new RConnection();
        // source the Palindrome function
        c.eval("source('/home/workspace/TestR/Main.R')");

        REXP valueReturned = c.eval("Main(\""+dirPath+"\")");
        //c.eval("Main(\""+dirPath+"\")");
        System.out.println(valueReturned.length());
    }

}

И вот сценарий R:

Main <- function(FILE_PATH)
{
  ## load libraries
  library(MALDIquant)
  library(MALDIquantForeign)
  library(dcemriS4)
  require(gridExtra) # also loads grid
  library(lattice)
  library(fields)
  library(matlab)
  library(rJava)

  #Call the source files of the function which this script will use
  source('/home/workspace/TestR/importAnalyzeFormat.R', echo=TRUE)
  source('/home/workspace/TestR/exportFile.R', echo=TRUE)
  source('/home/workspace/TestR/readRecalibratedSpectra.R', echo=TRUE)

  spectralDataObjects <- importAnalyzeFormat(FILE_PATH)

  p <- detectPeaks(spectralDataObjects, method="MAD", halfWindowSize=1, SNR=1)

  # Assign the p to preprocessedDataObjects
  preprocessedDataObjects<-p

  dir.create("PreprocessedSpectra", showWarnings = FALSE)
  setwd("PreprocessedSpectra")

  for(i in 1:length(preprocessedDataObjects))
  {
     coordinateValue<-metaData(preprocessedDataObjects[[i]])
     coordinates<-coordinateValue$imaging$pos 
     mzValues<-mass(preprocessedDataObjects[[i]])
     intensityValues<-intensity(preprocessedDataObjects[[i]])
     exportFile(coordinates,mzValues,intensityValues)
  }

  print("Files exported. Program will now terminate")
  print("############################################################")

  return(preprocessedDataObjects)
}

Может кто-нибудь, пожалуйста, помогите мне?

Answer 1

У вас есть ошибка в вашем скрипте, 127 означает, что есть исключение разбора.

Если вы используете что-то подобное, это выведет ошибку в сценарий.

с является резервным соединением в этом случае.

  c.assign(".tmp.", myCode);
    REXP r = c.parseAndEval("try(eval(parse(text=.tmp.)),silent=TRUE)");
    if (r.inherits("try-error")) System.err.println("Error: "+r.toString())
    else { // success .. }

Answer 2

Код ошибки 127 означает исключение при разборе.

Измените свою линию:

c.eval("источник ('/ дом / рабочее пространство /TestR/Main.R')");

в

c.eval("источник (\"/ дом / рабочее пространство /TestR/Main.R\")");

Теперь это должно работать.