Скудные разреженные матрицы в качестве входных данных для petsc4py

Question

Я не могу найти способ, как эффективно загружать скудные разреженные матрицы, например csr_matrix в матрицу petsc4py, например PETSc.Mat().createAIJ, Я нашел эту ветку, но я не могу ее применить.

Я также был бы признателен за указатель, где этот материал фактически задокументирован. Примеры в demo директория объясняет только часть, и я не вижу никаких строк документации.

Answer 1

Ваша ссылка говорит, что для создания разреженной матрицы в PETSc, вы должны использовать такую ​​команду:

PETSc.Mat().createAIJ(size=(nrows,ncols), csr=(ai,aj,aa))

Согласно этому, ai, aj а также aa есть, в PETSc-говорят:

> i - row indices
> j - column indices
> a - matrix values

Это эквивалентно, соответственно, .indptr, .indices а также .data атрибуты scypy.sparse.csr_matrixсм. документы для деталей.

Итак, если ваша ссылка верна, должно работать следующее:

>>> from petsc4py import PETSc
>>> import scipy.sparse
>>> csr_mat = scipy.sparse.rand(1000, 1000, density=0.001, format='csr')
>>> petsc_mat = PETSc.Mat().createAIJ(size=csr_mat.shape,
...                                   csr=(csr_mat.indptr, csr_mat.indices,
...                                        csr_mat.data))

К сожалению, я не могу проверить это сам.