Построить виньетку пакета R, которая читает в файле примера.rda?

Question

У меня есть вопрос, аналогичный тому, что был опубликован здесь, и я попытался настроить мои папки аналогичным образом: ( Написание виньетки пакета R, которая читается в файле примера?)

Я пишу виньетку для пакета в R.

Я сделал файл.Rnw и поместил его в подкаталог inst/doc внутри моего пакета pV. В том же подкаталоге inst/doc я поместил пример папки, содержащей файл.rda с именем tree.rda.

Прежде чем я смогу запустить любую из функций в виньетке, я должен прочитать в файле tree.rda (это строки 13-21):

```{r}
library(pV)
library(plyr)
library(reshape2)
library(ggplot2)
library(stringr)
library(igraph)
system.file('tree.rda', 'example', package = 'pV')
load("tree.rda")
```

но получите ошибку:

* checking for file '/Users/MacOwner/Desktop/pV/DESCRIPTION' ... OK
* preparing 'pV':
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK
* installing the package to build vignettes
* creating vignettes ... ERROR
Quitting from lines 13-21 (pV.rmd) 
Error: processing vignette 'pV.rmd' failed with diagnostics:
cannot open the connection
Execution halted
Error: Command failed (1)

Как я могу успешно прочитать в файле.rda, чтобы моя следующая команда была (и показать первые строки файла tree.rda):

```{r}
head(tree)
```

и чтобы я мог использовать этот объект дерева в качестве входных данных для дополнительных функций, которые требуют его в качестве входных данных в последующих частях виньетки?

Answer 1

Если я понимаю ваш вопрос, вам нужно либо присвоить результат system.file или вложите команды. Так что либо:

file <- system.file('tree.rda', 'example', package = 'phyViz')
load(file)

или же

load(system.file('tree.rda', 'example', package = 'phyViz'))

должны сделать данные доступными. Попробуйте это в командной строке и сделайте ls() потом посмотреть, если это там.